[日本語] English
万見
- EMDB-43200: CryoEM structure of tryptase in complex with wild type anti-trypt... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43200
タイトルCryoEM structure of tryptase in complex with wild type anti-tryptase Fab E104.v1
マップデータ
試料
  • 複合体: Tryptase tetramer in complex with Fab E104.v1
    • 複合体: Tryptase tetramer
      • タンパク質・ペプチド: Tryptase alpha/beta-1
    • 複合体: anti-tryptase Fab E104.v1
      • タンパク質・ペプチド: Fab E104.v1 light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab E104.v1 heavy chain
キーワードantibody fragment / fab / protein engineering / tryptase / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptase / Activation of Matrix Metalloproteinases / extracellular matrix disassembly / serine-type peptidase activity / defense response / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Tryptase alpha/beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kung JE / Johnson MC / Sudhamsu J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Disulfi de constrained Fabs overcome target size limitation for high-resolution single-particle cryo-EM.
著者: Jennifer E Kung / Matthew C Johnson / Christine C Jao / Christopher P Arthur / Dimitry Tegunov / Alexis Rohou / Jawahar Sudhamsu /
要旨: High-resolution structures of proteins are critical to understanding molecular mechanisms of biological processes and in the discovery of therapeutic molecules. Cryo-EM has revolutionized structure ...High-resolution structures of proteins are critical to understanding molecular mechanisms of biological processes and in the discovery of therapeutic molecules. Cryo-EM has revolutionized structure determination of large proteins and their complexes, but a vast majority of proteins that underlie human diseases are small (< 50 kDa) and usually beyond its reach due to low signal-to-noise images and difficulties in particle alignment. Current strategies to overcome this problem increase the overall size of small protein targets using scaffold proteins that bind to the target, but are limited by inherent flexibility and not being bound to their targets in a rigid manner, resulting in the target being poorly resolved compared to the scaffolds. Here we present an iteratively engineered molecular design for transforming Fabs (antibody fragments), into conformationally rigid scaffolds (Rigid-Fabs) that, when bound to small proteins (~20 kDa), can enable high-resolution structure determination using cryo-EM. This design introduces multiple disulfide bonds at strategic locations, generates a well-folded Fab constrained into a rigid conformation and can be applied to Fabs from various species, isotypes and chimeric Fabs. We present examples of the Rigid Fab design enabling high-resolution (2.3-2.5 Å) structures of small proteins, Ang2 (26 kDa) and KRAS (21 kDa) by cryo-EM. The strategies for designing disulfide constrained Rigid Fabs in our work thus establish a general approach to overcome the target size limitation of single particle cryo-EM.
履歴
登録2023年12月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_43200.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43200.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 400 pix.
= 400. Å		1 Å/pix.
x 400 pix.
= 400. Å		1 Å/pix.
x 400 pix.
= 400. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.4
最小 - 最大-4.315599 - 13.145203
平均 (標準偏差)-0.0110850725 (±0.27943876)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 400.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_43200_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_43200_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Tryptase tetramer in complex with Fab E104.v1

全体名称: Tryptase tetramer in complex with Fab E104.v1
要素
  • 複合体: Tryptase tetramer in complex with Fab E104.v1
    • 複合体: Tryptase tetramer
      • タンパク質・ペプチド: Tryptase alpha/beta-1
    • 複合体: anti-tryptase Fab E104.v1
      • タンパク質・ペプチド: Fab E104.v1 light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab E104.v1 heavy chain

-
超分子 #1: Tryptase tetramer in complex with Fab E104.v1

超分子名称: Tryptase tetramer in complex with Fab E104.v1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

-
超分子 #2: Tryptase tetramer

超分子名称: Tryptase tetramer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #3: anti-tryptase Fab E104.v1

超分子名称: anti-tryptase Fab E104.v1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Tryptase alpha/beta-1

分子名称: Tryptase alpha/beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tryptase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.211066 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: AGSTHHHHHH DDDDKIVGGQ EAPRSKWPWQ VSLRVHGPYW MHFCGGSLIH PQWVLTAAHC VGPDVKDLAA LRVQLREQHL YYQDQLLPV SRIIVHPQFY TAQIGADIAL LELEEPVNVS SHVHTVTLPP ASETFPPGMP CWVTGWGDVD NDERLPPPFP L KQVKVPIM ...文字列:
AGSTHHHHHH DDDDKIVGGQ EAPRSKWPWQ VSLRVHGPYW MHFCGGSLIH PQWVLTAAHC VGPDVKDLAA LRVQLREQHL YYQDQLLPV SRIIVHPQFY TAQIGADIAL LELEEPVNVS SHVHTVTLPP ASETFPPGMP CWVTGWGDVD NDERLPPPFP L KQVKVPIM ENHICDAKYH LGAYTGDDVR IVRDDMLCAG NTRRDSCQGD SGGPLVCKVN GTWLQAGVVS WGEGCAQPNR PG IYTRVTY YLDWIHHYVP KKP

UniProtKB: Tryptase alpha/beta-1

-
分子 #2: Fab E104.v1 light chain

分子名称: Fab E104.v1 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.601156 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQSIKSVY NNRLGWYQQK PGKAPKLLIY ETSILTSGVP SRFSGSGSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC AGGFDRSGDT TFGQGTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQSIKSVY NNRLGWYQQK PGKAPKLLIY ETSILTSGVP SRFSGSGSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC AGGFDRSGDT TFGQGTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE QDSKDSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTHQGLSSPV TKSFNRGEC

-
分子 #3: Fab E104.v1 heavy chain

分子名称: Fab E104.v1 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.232307 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EVQLVESGPG LVKPSETLSL TCTVSRFSLI GYAITWIRQP PGKGLEWIGG ISSAATTFYS SWAKSRVTIS VDTSKNQFSL KLSSVTAAD TAVYYCARDP RGYGAALDRL DLWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列:
EVQLVESGPG LVKPSETLSL TCTVSRFSLI GYAITWIRQP PGKGLEWIGG ISSAATTFYS SWAKSRVTIS VDTSKNQFSL KLSSVTAAD TAVYYCARDP RGYGAALDRL DLWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCDKT HT

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 5.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMMOPS
800.0 mMsodium chlorideNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 54.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 253508
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cisTEM

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6vvu


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8vgh:
CryoEM structure of tryptase in complex with wild type anti-tryptase Fab E104.v1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る