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- EMDB-4301: Structure of the nuclear RNA exosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4301
タイトルStructure of the nuclear RNA exosome
マップデータStructure of the nuclear RNA exosome
試料
  • 複合体: Nuclear RNA exosome
    • 複合体: Nuclear RNA exosome
      • タンパク質・ペプチド: x 14種
    • 複合体: nucleic acid
      • RNA: x 1種
キーワードRNA exosome / Ribosome / pre-ribosome / Mtr4 / Helicase / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear mRNA surveillance of spliceosomal pre-mRNA splicing / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / TRAMP complex / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing ...nuclear mRNA surveillance of spliceosomal pre-mRNA splicing / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / TRAMP complex / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / RNA fragment catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / CUT catabolic process / cytoplasmic exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / exosome (RNase complex) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / nuclear exosome (RNase complex) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / histone mRNA catabolic process / rRNA catabolic process / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / 3'-5' RNA helicase activity / nuclear mRNA surveillance / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / poly(A) binding / rRNA primary transcript binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / poly(U) RNA binding / maturation of 5.8S rRNA / nonfunctional rRNA decay / regulation of telomere maintenance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / rRNA metabolic process / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / RNA processing / enzyme regulator activity / RNA endonuclease activity / mRNA processing / double-stranded RNA binding / manganese ion binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / double-stranded DNA binding / regulation of gene expression / endonuclease activity / tRNA binding / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / oxidoreductase activity / RNA helicase / mRNA binding / nucleotide binding / protein-containing complex binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exosome-associated factor Rrp47/DNA strand repair C1D / M-phase phosphoprotein 6 / M-phase phosphoprotein 6 / : / Exosome complex component CSL4, N-terminal domain / Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp6-like / : ...Exosome-associated factor Rrp47/DNA strand repair C1D / M-phase phosphoprotein 6 / M-phase phosphoprotein 6 / : / Exosome complex component CSL4, N-terminal domain / Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp6-like / : / PMC2NT (NUC016) domain / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / PIN domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / RRP4, S1 domain / Rrp44-like cold shock domain / Rrp44-like cold shock domain / : / KH domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / : / Ribonuclease II/R, conserved site / rRNA-processing arch domain / Ribonuclease II family signature. / Mtr4-like, beta-barrel domain / : / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / : / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / : / DSHCT (NUC185) domain / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / DSHCT / Sas10/Utp3/C1D / Sas10/Utp3/C1D family / : / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / HRDC domain superfamily / Prismane-like superfamily / 3'-5' exonuclease / Large family of predicted nucleotide-binding domains / PIN domain / K Homology domain, type 1 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / K Homology domain, type 1 superfamily / PIN-like domain superfamily / S1 domain profile. / HRDC-like superfamily / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Exosome complex component RRP43 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex protein LRP1 / Exosome complex component SKI6 / ATP-dependent RNA helicase DOB1 / Exosome complex component MTR3 / Exosome complex component RRP46 / M-phase phosphoprotein 6 homolog / Exosome complex component CSL4 / Exosome complex component RRP45 ...Exosome complex component RRP43 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex protein LRP1 / Exosome complex component SKI6 / ATP-dependent RNA helicase DOB1 / Exosome complex component MTR3 / Exosome complex component RRP46 / M-phase phosphoprotein 6 homolog / Exosome complex component CSL4 / Exosome complex component RRP45 / Exosome complex exonuclease DIS3 / Exosome complex component RRP40 / Exosome complex exonuclease RRP6 / Exosome complex component RRP42
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Schuller JM / Falk S
資金援助 ベルギー, 1件
OrganizationGrant number国
ERCEXORICO ベルギー
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structure of the nuclear exosome captured on a maturing preribosome.
著者: Jan Michael Schuller / Sebastian Falk / Lisa Fromm / Ed Hurt / Elena Conti /
要旨: The RNA exosome complex processes and degrades a wide range of transcripts, including ribosomal RNAs (rRNAs). We used cryo-electron microscopy to visualize the yeast nuclear exosome holocomplex ...The RNA exosome complex processes and degrades a wide range of transcripts, including ribosomal RNAs (rRNAs). We used cryo-electron microscopy to visualize the yeast nuclear exosome holocomplex captured on a precursor large ribosomal subunit (pre-60) during 7-to-5.8 rRNA processing. The cofactors of the nuclear exosome are sandwiched between the ribonuclease core complex (Exo-10) and the remodeled "foot" structure of the pre-60 particle, which harbors the 5.8 rRNA precursor. The exosome-associated helicase Mtr4 recognizes the preribosomal substrate by docking to specific sites on the 25 rRNA, captures the 3' extension of the 5.8 rRNA, and channels it toward Exo-10. The structure elucidates how the exosome forms a structural and functional unit together with its massive pre-60 substrate to process rRNA during ribosome maturation.
履歴
登録2018年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年3月14日-
マップ公開2018年3月21日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6fsz
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4301.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4301.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the nuclear RNA exosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 440 pix.
= 594. Å		1.35 Å/pix.
x 440 pix.
= 594. Å		1.35 Å/pix.
x 440 pix.
= 594. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.047356263 - 0.11682776
平均 (標準偏差)0.00011799472 (±0.00213669)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 594.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z594.000594.000594.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-0.0470.1170.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Nuclear RNA exosome

全体名称: Nuclear RNA exosome
要素
  • 複合体: Nuclear RNA exosome
    • 複合体: Nuclear RNA exosome
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP45
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component SKI6
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP43
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP46
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP42
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component MTR3
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP40
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP4
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component CSL4
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex exonuclease DIS3
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex exonuclease RRP6
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex protein LRP1
      • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent RNA helicase DOB1
      • タンパク質・ペプチド: M-phase phosphoprotein 6 homolog,M-phase phosphoprotein 6 homolog,Nuclear exosome-associated RNA binding protein,M-phase phosphoprotein 6 homolog
    • 複合体: nucleic acid
      • RNA: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

+
超分子 #1: Nuclear RNA exosome

超分子名称: Nuclear RNA exosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

+
超分子 #2: Nuclear RNA exosome

超分子名称: Nuclear RNA exosome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#15
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #3: nucleic acid

超分子名称: nucleic acid / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP...

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 7.158137 KDa
配列文字列:
AAAAUUUAAA UUUUUUUUUU UUU

+
分子 #2: Exosome complex component RRP45

分子名称: Exosome complex component RRP45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 33.79959 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: KDIEISASES KFILEALRQN YRLDGRSFDQ FRDVEITFGK EFGDVSVKMG NTKVHCRISC QIAQPYEDRP FEGLFVISTE ISPMAGSQF ENGNITGEDE VLCSRIIEKS VRRSGALDVE GLCIVAGSKC WAVRADVHFL DCDGGFIDAS CIAVMAGLMH F KKPDITVH ...文字列:
KDIEISASES KFILEALRQN YRLDGRSFDQ FRDVEITFGK EFGDVSVKMG NTKVHCRISC QIAQPYEDRP FEGLFVISTE ISPMAGSQF ENGNITGEDE VLCSRIIEKS VRRSGALDVE GLCIVAGSKC WAVRADVHFL DCDGGFIDAS CIAVMAGLMH F KKPDITVH GEQIIVHPVN EREPVPLGIL HIPICVTFSF FNPQDTEENI KGETNSEISI IDATLKEELL RDGVLTVTLN KN REVVQVS KAGGLPMDAL TLMKCCHEAY SIIEKITDQI LQLLKEDSEK RNKYAAMLTS ENAREI

UniProtKB: Exosome complex component RRP45

+
分子 #3: Exosome complex component SKI6

分子名称: Exosome complex component SKI6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 27.794926 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GHMSRLEIYS PEGLRLDGRR WNELRRFESS INTHPHAADG SSYMEQGNNK IITLVKGPKE PRLKSQMDTS KALLNVSVNI TKFSKFERS KSSHKNERRV LEIQTSLVRM FEKNVMLNIY PRTVIDIEIH VLEQDGGIMG SLINGITLAL IDAGISMFDY I SGISVGLY ...文字列:
GHMSRLEIYS PEGLRLDGRR WNELRRFESS INTHPHAADG SSYMEQGNNK IITLVKGPKE PRLKSQMDTS KALLNVSVNI TKFSKFERS KSSHKNERRV LEIQTSLVRM FEKNVMLNIY PRTVIDIEIH VLEQDGGIMG SLINGITLAL IDAGISMFDY I SGISVGLY DTTPLLDTNS LEENAMSTVT LGVVGKSEKL SLLLVEDKIP LDRLENVLAI GIAGAHRVRD LMDEELRKHA QK RVSNASA R

UniProtKB: Exosome complex component SKI6

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分子 #4: Exosome complex component RRP43

分子名称: Exosome complex component RRP43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 43.977805 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AESTTLETIE IHPITFPPEV LARISPELSL QRHLSLGIRP CLRKYEEFRD VAIENNTLSR YADAGNIDTK NNILGSNVLK SGKTIVITS ITGGIIEETS ASIKDLDDFG EEELFEVTKE EDIIANYASV YPVVEVERGR VGACTDEEMT ISQKLHDSIL H SRILPKKA ...文字列:
AESTTLETIE IHPITFPPEV LARISPELSL QRHLSLGIRP CLRKYEEFRD VAIENNTLSR YADAGNIDTK NNILGSNVLK SGKTIVITS ITGGIIEETS ASIKDLDDFG EEELFEVTKE EDIIANYASV YPVVEVERGR VGACTDEEMT ISQKLHDSIL H SRILPKKA LKVKAGVRSA NEDGTFSVLY PDELEDDTLN ETNLKMKRKW SYVLYAKIVV LSRTGPVFDL CWNSLMYALQ SV KLPRAFI DERASDLRMT IRTRGRSATI RETYEIICDQ TKSVPLMINA KNIAFASNYG IVELDPECQL QNSDNSEEEE VDI DMDKLN TVLIADLDTE AEETSIHSTI SILAAPSGNY KQLTLMGGGA KITPEMIKRS LLLSRVRADD LSTRFNI

UniProtKB: Exosome complex component RRP43

+
分子 #5: Exosome complex component RRP46

分子名称: Exosome complex component RRP46 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 26.913988 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GHGNNKEPNT KNRLDSAEKK KKMSVQAEIG ILDHVDGSSE FVSQDTKVIC SVTGPIEPKA RQELPTQLAL EIIVRPAKGV ATTREKVLE DKLRAVLTPL ITRHCYPRQL CQITCQILES GEDEAEFSLR ELSCCINAAF LALVDAGIAL NSMCASIPIA I IKDTSDII ...文字列:
GHGNNKEPNT KNRLDSAEKK KKMSVQAEIG ILDHVDGSSE FVSQDTKVIC SVTGPIEPKA RQELPTQLAL EIIVRPAKGV ATTREKVLE DKLRAVLTPL ITRHCYPRQL CQITCQILES GEDEAEFSLR ELSCCINAAF LALVDAGIAL NSMCASIPIA I IKDTSDII VDPTAEQLKI SLSVHTLALE FVNGGKVVKN VLLLDSNGDF NEDQLFSLLE LGEQKCQELV TNIRRIIQDN IS PRLVV

UniProtKB: Exosome complex component RRP46

+
分子 #6: Exosome complex component RRP42

分子名称: Exosome complex component RRP42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 29.294398 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GHMSLSVAEK SYLYDSLAST PSIRPDGRLP HQFRPIEIFT DFLPSSNGSS RIIASDGSEC IVSIKSKVVD HHVENELLQV DVDIAGQRD DALVVETITS LLNKVLKSGS GVDSSKLQLT KKYSFKIFVD VLVISSHSHP ISLISFAIYS ALNSTYLPKL I SAFDDLEV ...文字列:
GHMSLSVAEK SYLYDSLAST PSIRPDGRLP HQFRPIEIFT DFLPSSNGSS RIIASDGSEC IVSIKSKVVD HHVENELLQV DVDIAGQRD DALVVETITS LLNKVLKSGS GVDSSKLQLT KKYSFKIFVD VLVISSHSHP ISLISFAIYS ALNSTYLPKL I SAFDDLEV EELPTFHDYD MVKLDINPPL VFILAVVGNN MLLDPAANES EVANNGLIIS WSNGKITSPI RSVALNDSNV KS FKPHLLK QGLAMVEKYA PDVVRSLENL

UniProtKB: Exosome complex component RRP42

+
分子 #7: Exosome complex component MTR3

分子名称: Exosome complex component MTR3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 27.559869 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNVQDRRRLL GPAAAKPMAF SNTTTHVPEK KSTDLTPKGN ESEQELSLHT GFIENCNGSA LVEARSLGHQ TSLISAVYGP RSIRGSFTS QGTISIQLKN GLLEKYNTNE LKEVSSFLMG IFNSVVNLSR YPKSGIDIFV YLTYDKDLTN NPQDDDSQSK M TSSQISSL ...文字列:
MNVQDRRRLL GPAAAKPMAF SNTTTHVPEK KSTDLTPKGN ESEQELSLHT GFIENCNGSA LVEARSLGHQ TSLISAVYGP RSIRGSFTS QGTISIQLKN GLLEKYNTNE LKEVSSFLMG IFNSVVNLSR YPKSGIDIFV YLTYDKDLTN NPQDDDSQSK M TSSQISSL IPHCITSITL ALADAGIELV DMAGAGEANG TVVSFIKNGE EIVGFWKDDG DDEDLLECLD RCKEQYNRYR DL MISCLMN QET

UniProtKB: Exosome complex component MTR3

+
分子 #8: Exosome complex component RRP40

分子名称: Exosome complex component RRP40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 26.778551 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GHMSTFIFPG DSFPVDPTTP VKLGPGIYCD PNTQEIRPVN TGVLHVSAKG KSGVQTAYID YSSKRYIPSV NDFVIGVIIG TFSDSYKVS LQNFSSSVSL SYMAFPNASK KNRPTLQVGD LVYARVCTAE KELEAEIECF DSTTGRDAGF GILEDGMIID V NLNFARQL ...文字列:
GHMSTFIFPG DSFPVDPTTP VKLGPGIYCD PNTQEIRPVN TGVLHVSAKG KSGVQTAYID YSSKRYIPSV NDFVIGVIIG TFSDSYKVS LQNFSSSVSL SYMAFPNASK KNRPTLQVGD LVYARVCTAE KELEAEIECF DSTTGRDAGF GILEDGMIID V NLNFARQL LFNNDFPLLK VLAAHTKFEV AIGLNGKIWV KCEELSNTLA CYRTIMECCQ KNDTAAFKDI AKRQFKEILT VK EE

UniProtKB: Exosome complex component RRP40

+
分子 #9: Exosome complex component RRP4

分子名称: Exosome complex component RRP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 39.714445 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: RSMSEVITIT KRNGAFQNSS NLSYNNTGIS DDENDEEDIY MHDVNSASKS ESDSQIVTPG ELVTDDPIWM RGHGTYFLDN MTYSSVAGT VSRVNRLLSV IPLKGRYAPE TGDHVVGRIA EVGNKRWKVD IGGKQHAVLM LGSVNLPGGI LRRKSESDEL Q MRSFLKEG ...文字列:
RSMSEVITIT KRNGAFQNSS NLSYNNTGIS DDENDEEDIY MHDVNSASKS ESDSQIVTPG ELVTDDPIWM RGHGTYFLDN MTYSSVAGT VSRVNRLLSV IPLKGRYAPE TGDHVVGRIA EVGNKRWKVD IGGKQHAVLM LGSVNLPGGI LRRKSESDEL Q MRSFLKEG DLLNAEVQSL FQDGSASLHT RSLKYGKLRN GMFCQVPSSL IVRAKNHTHN LPGNITVVLG VNGYIWLRKT SQ MDLARDT PSANNSSSIK STGPTGAVSL NPSITRLEEE SSWQIYSDEN DPSISNNIRQ AICRYANVIK ALAFCEIGIT QQR IVSAYE ASMVYSNVGE LIEKNVMESI GSDILTAEKM RGNGN

UniProtKB: Exosome complex component RRP4

+
分子 #10: Exosome complex component CSL4

分子名称: Exosome complex component CSL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 32.805645 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
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MKHHHHHHPM ACNFQFPEIA YPGKLICPQY GTENKDGEDI IFNYVPGPGT KLIQYEHNGR TLEAITATLV GTVRCEEEKK TDQEEEREG TDQSTEEEKS VDASPNDVTR RTVKNILVSV LPGTEKGRKT NKYANNDFAN NLPKEGDIVL TRVTRLSLQR A NVEILAVE DKPSPIDSGI GSNGSGIVAA GGGSGAATFS VSQASSDLGE TFRGIIRSQD VRSTDRDRVK VIECFKPGDI VR AQVLSLG DGTNYYLTTA RNDLGVVFAR AANGAGGLMY ATDWQMMTSP VTGATEKRKC AKPF

UniProtKB: Exosome complex component CSL4

+
分子 #11: Exosome complex exonuclease DIS3

分子名称: Exosome complex exonuclease DIS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 113.983898 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GAMSVPAIAP RRKRLADGLS VTQKVFVRSR NGGATKIVRE HYLRSDIPCL SRSCTKCPQI VVPDAQNELP KFILSDSPLE LSAPIGKHY VVLDTNVVLQ AIDLLENPNC FFDVIVPQIV LDEVRNKSYP VYTRLRTLCR DSDDHKRFIV FHNEFSEHTF V ERLPNETI ...文字列:
GAMSVPAIAP RRKRLADGLS VTQKVFVRSR NGGATKIVRE HYLRSDIPCL SRSCTKCPQI VVPDAQNELP KFILSDSPLE LSAPIGKHY VVLDTNVVLQ AIDLLENPNC FFDVIVPQIV LDEVRNKSYP VYTRLRTLCR DSDDHKRFIV FHNEFSEHTF V ERLPNETI NDRNNRAIRK TCQWYSEHLK PYDINVVLVT NDRLNREAAT KEVESNIITK SLVQYIELLP NADDIRDSIP QM DSFDKDL ERDTFSDFTF PEYYSTARVM GGLKNGVLYQ GNIQISEYNF LEGSVSLPRF SKPVLIVGQK NLNRAFNGDQ VIV ELLPQS EWKAPSSIVL DSEHFDVNDN PDIEAGDDDD NNESSSNTTV ISDKQRRLLA KDAMIAQRSK KIQPTAKVVY IQRR SWRQY VGQLAPSSVD PQSSSTQNVF VILMDKCLPK VRIRTRRAAE LLDKRIVISI DSWPTTHKYP LGHFVRDLGT IESAQ AETE ALLLEHDVEY RPFSKKVLEC LPAEGHDWKA PTKLDDPEAV SKDPLLTKRK DLRDKLICSI DPPGCVDIND ALHAKK LPN GNWEVGVHIA DVTHFVKPGT ALDAEGAARG TSVYLVDKRI DMLPMLLGTD LCSLKPYVDR FAFSVIWELD DSANIVN VN FMKSVIRSRE AFSYEQAQLR IDDKTQNDEL TMGMRALLKL SVKLKQKRLE AGALNLASPE VKVHMDSETS DPNEVEIK K LLATNSLVEE FMLLANISVA RKIYDAFPQT AMLRRHAAPP STNFEILNEM LNTRKNMSIS LESSKALADS LDRCVDPED PYFNTLVRIM STRCMMAAQY FYSGAYSYPD FRHYGLAVDI YTHFTSPIRR YCDVVAHRQL AGAIGYEPLS LTHRDKNKMD MICRNINRK HRNAQFAGRA SIEYYVGQVM RNNESTETGY VIKVFNNGIV VLVPKFGVEG LIRLDNLTED PNSAAFDEVE Y KLTFVPTN SDKPRDVYVF DKVEVQVRSV MDPITSKRKA ELLLK

UniProtKB: Exosome complex exonuclease DIS3

+
分子 #12: Exosome complex exonuclease RRP6

分子名称: Exosome complex exonuclease RRP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 詳細: Inactive point mutant D296N / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 84.159586 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTSENPDVLL SRVINVVRAA SSLASQDVDF YKNLDRGFSK DLKSKADKLA DMANEIILSI DEHHESFELK EEDISDLWNN FGNIMDNLL EMSDHSLDKL NCAINSKSRG SDLQYLGEFS GKNFSPTKRV EKPQLKFKSP IDNSESHPFI PLLKEKPNAL K PLSESLRL ...文字列:
MTSENPDVLL SRVINVVRAA SSLASQDVDF YKNLDRGFSK DLKSKADKLA DMANEIILSI DEHHESFELK EEDISDLWNN FGNIMDNLL EMSDHSLDKL NCAINSKSRG SDLQYLGEFS GKNFSPTKRV EKPQLKFKSP IDNSESHPFI PLLKEKPNAL K PLSESLRL VDDDENNPSH YPHPYEYEID HQEYSPEILQ IREEIPSKSW DDSVPIWVDT STELESMLED LKNTKEIAVD LE HHDYRSY YGIVCLMQIS TRERDYLVDT LKLRENLHIL NEVFTNPSIV KVFHGAFMNI IWLQRDLGLY VVGLFDTYHA SKA IGLPRH SLAYLLENFA NFKTSKKYQL ADWRIRPLSK PMTAYARADT HFLLNIYDQL RNKLIESNKL AGVLYESRNV AKRR FEYSK YRPLTPSSEV YSPIEKESPW KILMYQYNIP PEREVLVREL YQWRDLIARR DDESPRFVMP NQLLAALVAY TPTDV IGVV SLTNGVTEHV RQNAKLLANL IRDALRNIKN TNEEATPIPS SETKADGILL ETISVPQIRD VMERFSVLCN SNISKS RAK PVTNSSILLG KILPREEHDI AYSKDGLPNK VKTEDIRIRA QNFKSALANL EDIIFEIEKP LVVPVKLEEI KTVDPAS AP NHSPEIDNLD DLVVLKKKNI QKKQPAKEKG VTEKDAVDYS KIPNILSNKP GQNNRQQKKR RFDPSSSDSN GPRAAKKR R PAAKGKNLSF KR

UniProtKB: Exosome complex exonuclease RRP6

+
分子 #13: Exosome complex protein LRP1

分子名称: Exosome complex protein LRP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 21.086297 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MEDIEKIKPY VRSFSKALDE LKPEIEKLTS KSLDEQLLLL SDERAKLELI NRYAYVLSSL MFANMKVLGV KDMSPILGEL KRVKSYMDK AKQYDNRITK SNEKSQAEQE KAKNIISNVL DGNKNQFEPS ISRSNFQGKH TKFENDELAE STTTKIIDST D HIRKASSK KSKRLDKVGK KKGGKK

UniProtKB: Exosome complex protein LRP1

+
分子 #14: ATP-dependent RNA helicase DOB1

分子名称: ATP-dependent RNA helicase DOB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 122.260094 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDSTDLFDVF EETPVELPTD SNGEKNADTN VGDTPDHTQD KKHGLEEEKE EHEENNSENK KIKSNKSKTE DKNKKVVVPM LADSFEQEA SREVDASKGL TNSETLQVEQ DGKVRLSHQV RHQVALPPNY DYTPIAEHKR VNEARTYPFT LDPFQDTAIS C IDRGESVL ...文字列:
MDSTDLFDVF EETPVELPTD SNGEKNADTN VGDTPDHTQD KKHGLEEEKE EHEENNSENK KIKSNKSKTE DKNKKVVVPM LADSFEQEA SREVDASKGL TNSETLQVEQ DGKVRLSHQV RHQVALPPNY DYTPIAEHKR VNEARTYPFT LDPFQDTAIS C IDRGESVL VSAHTSAGKT VVAEYAIAQS LKNKQRVIYT SPIKALSNQK YRELLAEFGD VGLMTGDITI NPDAGCLVMT TE ILRSMLY RGSEVMREVA WVIFDEVHYM RDKERGVVWE ETIILLPDKV RYVFLSATIP NAMEFAEWIC KIHSQPCHIV YTN FRPTPL QHYLFPAHGD GIYLVVDEKS TFREENFQKA MASISNQIGD DPNSTDSRGK KGQTYKGGSA KGDAKGDIYK IVKM IWKKK YNPVIVFSFS KRDCEELALK MSKLDFNSDD EKEALTKIFN NAIALLPETD RELPQIKHIL PLLRRGIGIH HSGLL PILK EVIEILFQEG FLKVLFATET FSIGLNMPAK TVVFTSVRKW DGQQFRWVSG GEYIQMSGRA GRRGLDDRGI VIMMID EKM EPQVAKGMVK GQADRLDSAF HLGYNMILNL MRVEGISPEF MLEHSFFQFQ NVISVPVMEK KLAELKKDFD GIEVEDE EN VKEYHEIEQA IKGYREDVRQ VVTHPANALS FLQPGRLVEI SVNGKDNYGW GAVVDFAKRI NKRNPSAVYT DHESYIVN V VVNTMYIDSP VNLLKPFNPT LPEGIRPAEE GEKSICAVIP ITLDSIKSIG NLRLYMPKDI RASGQKETVG KSLREVNRR FPDGIPVLDP VKNMKIEDED FLKLMKKIDV LNTKLSSNPL TNSMRLEELY GKYSRKHDLH EDMKQLKRKI SESQAVIQLD DLRRRKRVL RRLGFCTPND IIELKGRVAC EISSGDELLL TELIFNGNFN ELKPEQAAAL LSCFAFQERC KEAPRLKPEL A EPLKAMRE IAAKIAKIMK DSKIEVVEKD YVESFRHELM EVVYEWCRGA TFTQICKMTD VYEGSLIRMF KRLEELVKEL VD VANTIGN SSLKEKMEAV LKLIHRDIVS AGSLYL

UniProtKB: ATP-dependent RNA helicase DOB1

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分子 #15: M-phase phosphoprotein 6 homolog,M-phase phosphoprotein 6 homolog...

分子名称: M-phase phosphoprotein 6 homolog,M-phase phosphoprotein 6 homolog,Nuclear exosome-associated RNA binding protein,M-phase phosphoprotein 6 homolog
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15
詳細: Residues labeled as unknown - belongs to Mpp6 but the sequence is not known,Residues labeled as unknown - belongs to Mpp6 but the sequence is not known,Residues labeled as unknown - belongs ...詳細: Residues labeled as unknown - belongs to Mpp6 but the sequence is not known,Residues labeled as unknown - belongs to Mpp6 but the sequence is not known,Residues labeled as unknown - belongs to Mpp6 but the sequence is not known,Residues labeled as unknown - belongs to Mpp6 but the sequence is not known
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 4.101711 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)PNLIISNVG YSELRKPEGV ISGRKT FGD N

UniProtKB: M-phase phosphoprotein 6 homolog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 38.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 22439
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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