[日本語] English
万見
- EMDB-42850: AaegOR10 structure bound to o-cresol -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42850
タイトルAaegOR10 structure bound to o-cresol
マップデータ
試料
  • 複合体: AaegOR10 heterotetramer bound to o-cresol
    • 複合体: Aedes aegypti OR10
      • タンパク質・ペプチド: Odorant receptor OR10
    • 複合体: Apocrypta bakeri Orco
      • タンパク質・ペプチド: Odorant receptor Orco
  • リガンド: o-cresol
キーワードMosquito olfactory receptor OR10 / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性Olfactory receptor, insect / 7tm Odorant receptor / olfactory receptor activity / odorant binding / シグナル伝達 / identical protein binding / 細胞膜 / Odorant receptor / Odorant receptor
機能・相同性情報
生物種Aedes aegypti (ネッタイシマカ) / Apocrypta bakeri (昆虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhao J / del Marmol J
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)5R00DC019401 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Structural basis of odor sensing by insect heteromeric odorant receptors
著者: Zhao J / Chen AQ / Ryu J / del Marmol J
履歴
登録2023年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_42850.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42850.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 330 pix.
= 273.9 Å		0.83 Å/pix.
x 330 pix.
= 273.9 Å		0.83 Å/pix.
x 330 pix.
= 273.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.13
最小 - 最大-1.1482375 - 1.5733052
平均 (標準偏差)0.000025983181 (±0.031006062)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ330330330
Spacing330330330
セルA=B=C: 273.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_42850_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_42850_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : AaegOR10 heterotetramer bound to o-cresol

全体名称: AaegOR10 heterotetramer bound to o-cresol
要素
  • 複合体: AaegOR10 heterotetramer bound to o-cresol
    • 複合体: Aedes aegypti OR10
      • タンパク質・ペプチド: Odorant receptor OR10
    • 複合体: Apocrypta bakeri Orco
      • タンパク質・ペプチド: Odorant receptor Orco
  • リガンド: o-cresol

-
超分子 #1: AaegOR10 heterotetramer bound to o-cresol

超分子名称: AaegOR10 heterotetramer bound to o-cresol / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

-
超分子 #2: Aedes aegypti OR10

超分子名称: Aedes aegypti OR10 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Aedes aegypti (ネッタイシマカ)

-
超分子 #3: Apocrypta bakeri Orco

超分子名称: Apocrypta bakeri Orco / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Apocrypta bakeri (昆虫)

-
分子 #1: Odorant receptor OR10

分子名称: Odorant receptor OR10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
分子量理論値: 43.491168 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASILDCPIV SVNARVWRFW SFVLKHDAMR YISIIPVTVM TFFMFTDLCR SWGNIQELII KAYFAVLYFN AVLRTLILVK DRKLYENFM QGISNVYFEI SHIDDHKIQS LLKSYTVRAR MLSISNLALG AIISTCFVVY PIFTGERGLP YGMFIPGLDS F RSPHYEII ...文字列:
MASILDCPIV SVNARVWRFW SFVLKHDAMR YISIIPVTVM TFFMFTDLCR SWGNIQELII KAYFAVLYFN AVLRTLILVK DRKLYENFM QGISNVYFEI SHIDDHKIQS LLKSYTVRAR MLSISNLALG AIISTCFVVY PIFTGERGLP YGMFIPGLDS F RSPHYEII YIVQVVLTFP GCCMYIPFTS FFASTTLFGL VQIKTLQRQL QTFKDNINSQ DKEKVKAKVV KLIEDHKRII TY VSELNSL VTYICFVEFL SFGMMLCALL FLLNVIENHA QIVIVAAYIF MIISQIFAFY WHANEVREES MNLAEAAYSG PWV ELDNSI KKKLLLIILR AQQPLEITVG NVYPMTLEMF QSLLNASYSY FTLLRRVYN

UniProtKB: Odorant receptor

-
分子 #2: Odorant receptor Orco

分子名称: Odorant receptor Orco / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Apocrypta bakeri (昆虫)
分子量理論値: 53.204953 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKFKHQGLVA DLLPNIRVMQ GVGHFMFNYY SEGKKFPHRI YCIVTLLLLL LQYGMMAVNL MMESDDVDDL TANTITMLFF LHPIVKMIY FPVRSKIFYK TLAIWNNPNS HPLFAESNAR FHALAITKMR RLLFCVAGAT IFSVISWTGI TFIEDSVKRI T DPETNETT ...文字列:
MKFKHQGLVA DLLPNIRVMQ GVGHFMFNYY SEGKKFPHRI YCIVTLLLLL LQYGMMAVNL MMESDDVDDL TANTITMLFF LHPIVKMIY FPVRSKIFYK TLAIWNNPNS HPLFAESNAR FHALAITKMR RLLFCVAGAT IFSVISWTGI TFIEDSVKRI T DPETNETT IIPIPRLMIR TFYPFNAMSG AGHVFALIYQ FYYLVISMAV SNSLDVLFCS WLLFACEQLQ HLKAIMKPLM EL SATLDTV VPNSGELFKA GSADHLRESQ GVQPSGNGDN VLDVDLRGIY SNRQDFTATF RPTAGTTFNG GVGPNGLTKK QEM LVRSAI KYWVERHKHV VRLVTAVGDA YGVALLLHML TTTITLTLLA YQATKVNGVN VYAATVIGYL LYTLGQVFLF CIFG NRLIE ESSSVMEAAY SCHWYDGSEE AKTFVQIVCQ QCQKAMSISG AKFFTVSLDL FASVLGAVVT YFMVLVQLK

UniProtKB: Odorant receptor

-
分子 #3: o-cresol

分子名称: o-cresol / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: JZ0
分子量理論値: 108.138 Da
Chemical component information

ChemComp-JZ0:
o-cresol / o-クレゾ-ル / O-Cresol

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 55.2 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 58.2 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model generated in cryoSPARC
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 496871
Image recording ID1
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る