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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4282 | ||||||||||||
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タイトル | Apo form of UIC2 Fab complex of human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) | ||||||||||||
マップデータ | Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1Hm) complex with UIC2 Antigen binding fragment | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Membrane Transport Protein ABCB1 ABC Exporter Small molecule inhibitor Antibody complex / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of anion channel activity / carboxylic acid transmembrane transport / carboxylic acid transmembrane transporter activity / external side of apical plasma membrane / terpenoid transport / ceramide floppase activity / regulation of response to osmotic stress / ceramide translocation / floppase activity / Abacavir transmembrane transport ...positive regulation of anion channel activity / carboxylic acid transmembrane transport / carboxylic acid transmembrane transporter activity / external side of apical plasma membrane / terpenoid transport / ceramide floppase activity / regulation of response to osmotic stress / ceramide translocation / floppase activity / Abacavir transmembrane transport / Atorvastatin ADME / phosphatidylethanolamine flippase activity / phosphatidylcholine floppase activity / xenobiotic transport across blood-brain barrier / transepithelial transport / export across plasma membrane / ABC-type xenobiotic transporter / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / P-type phospholipid transporter / ABC-type xenobiotic transporter activity / phospholipid translocation / Prednisone ADME / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / xenobiotic metabolic process / regulation of chloride transport / stem cell proliferation / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / G2/M transition of mitotic cell cycle / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / cell surface / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.14 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Alam A / Locher KP | ||||||||||||
資金援助 | スイス, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018 タイトル: Structure of a zosuquidar and UIC2-bound human-mouse chimeric ABCB1. 著者: Amer Alam / Raphael Küng / Julia Kowal / Robert A McLeod / Nina Tremp / Eugenia V Broude / Igor B Roninson / Henning Stahlberg / Kaspar P Locher / 要旨: The multidrug transporter ABCB1 (P-glycoprotein) is an ATP-binding cassette transporter that has a key role in protecting tissues from toxic insult and contributes to multidrug extrusion from cancer ...The multidrug transporter ABCB1 (P-glycoprotein) is an ATP-binding cassette transporter that has a key role in protecting tissues from toxic insult and contributes to multidrug extrusion from cancer cells. Here, we report the near-atomic resolution cryo-EM structure of nucleotide-free ABCB1 trapped by an engineered disulfide cross-link between the nucleotide-binding domains (NBDs) and bound to the antigen-binding fragment of the human-specific inhibitory antibody UIC2 and to the third-generation ABCB1 inhibitor zosuquidar. Our structure reveals the transporter in an occluded conformation with a central, enclosed, inhibitor-binding pocket lined by residues from all transmembrane (TM) helices of ABCB1. The pocket spans almost the entire width of the lipid membrane and is occupied exclusively by two closely interacting zosuquidar molecules. The external, conformational epitope facilitating UIC2 binding is also visualized, providing a basis for its inhibition of substrate efflux. Additional cryo-EM structures suggest concerted movement of TM helices from both halves of the transporters associated with closing the NBD gap, as well as zosuquidar binding. Our results define distinct recognition interfaces of ABCB1 inhibitory agents, which may be exploited for therapeutic purposes. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4282.map.gz | 28.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4282-v30.xml emd-4282.xml | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4282.png | 124.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4282.cif.gz | 6.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4282 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4282 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4282_validation.pdf.gz | 516.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4282_full_validation.pdf.gz | 516.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4282_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_4282_validation.cif.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4282 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4282 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4282.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1Hm) complex with UIC2 Antigen binding fragment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.387 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Apo Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab
全体 | 名称: Apo Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Apo Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab
超分子 | 名称: Apo Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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分子量 | 理論値: 195 KDa |
-超分子 #2: Apo Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab
超分子 | 名称: Apo Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 142 KDa |
-超分子 #3: Apo Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab
超分子 | 名称: Apo Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 48.7 KDa |
-分子 #1: Apo form of Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) in complex with ...
分子 | 名称: Apo form of Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) in complex with Antigen binding fragment of UIC2. タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 141.283156 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MELEEDLKGR ADKNFSKMGK KSKKEKKEKK PAVSVLTMFR YAGWLDRLYM LVGTLAAIIH GVALPLMMLI FGEMTDIFAN AGNLEDLMS NITNRSDIND TGFFMNLEED MTTYAYYYTG IGAGVLIVAY IQVSFWLLAA GRQIHKIRQK FFHAIMNQEI G WFDVHDVG ...文字列: MELEEDLKGR ADKNFSKMGK KSKKEKKEKK PAVSVLTMFR YAGWLDRLYM LVGTLAAIIH GVALPLMMLI FGEMTDIFAN AGNLEDLMS NITNRSDIND TGFFMNLEED MTTYAYYYTG IGAGVLIVAY IQVSFWLLAA GRQIHKIRQK FFHAIMNQEI G WFDVHDVG ELNTRLTDDV SKINEGIGDK IGMFFQAMAT FFGGFIIGFT RGWKLTLVIL AISPVLGLSA GIWAKILSSF TD KELHAYA KAGAVAEEVL AAIRTVIAFG GQKKELERYN NNLEEAKRLG IKKAITANIS MGAAFLLIYA SYALAFWYGT TLV LSGEYS IGQVLTVFFS VLIGAFSVGQ ASPNIEAFAN ARGAAYEVFK IIDNKPSIDS FSKSGHKPDN IQGNLEFKNI HFSY PSRKE VQILKGLNLK VKSGQTVALV GNSGAGKSTT VQLMQRLYDP LDGMVSIDGQ DIRTINVRYL REIIGVVSQE PVLFA TTIA ENIRYGREDV TMDEIEKAVK EANAYDFIMK LPHQFDTLVG ERGAQLSGGQ KQRIAIARAL VRNPKILLLD EATCAL DTE SEAVVQAALD KAREGRTTIV IAHRLSTVRN ADVIAGFDGG VIVEQGNHDE LMREKGIYFK LVMTQTAGNE IELGNEA AK SKDEIDNLDM SSKDSGSSLI RRRSTRKSIA GPHDQDRKLS TKEALDEDVP PASFWRILKL NSTEWPYFVV GIFVAIIN G GLQPAFSVIF SKIIGVFTRI DDPETKRQNS NLFSLLFLIL GIISFITFFL QGFTFGKAGE ILTKRLRYMV FKSMLRQDV SWFDDPKNTT GALTTRLAND AAQVKGATGS RLAVIFQNIA NLGTGIIISF IYGWQLTLLL LAIVPIIAIA GVVEMKMLSG QALKDKKEL EGSGKIATEA IENFRTVVSL TREQKFETMY AQSLQIPYRN AMKKAHVFGI TFSFTQAMMY FSYAAAFRFG A YLVAHKLM SFEDVLLVFS AIVFGAMAVG QVSSFAPDYA KATVSASHII RIIEKTPEID SYSTQGLKPN MLEGNVQFSG VV FNYPTRP SIPVLQGLSL EVKKGQTLAL VGSSGAGKST VVQLLERFYD PMAGSVFLDG KEIKQLNVQW LRAQLGIVSQ EPI LFDTSI AENIAYGDNS RVVSYEEIVR AAKEANIHQF IDSLPDKYNT RVGDKGTQLS GGQKQRIAIA RALVRQPHIL LLDE ATCAL DTESEKVVQE ALDKAREGRT TIVIAHRLST IQNADLIVVI QNGKVKEHGT HQQLLAQKGI YFSMVSVQAG AKRS |
-分子 #2: UIC2 Antigen Binding Fragment Light chain
分子 | 名称: UIC2 Antigen Binding Fragment Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 24.321039 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: QVVMTQSPLS LPVSLGDQAS ISCRSSQSLL HSNGNTYLHW YLQKPGQSPK LLIYKVSNRF SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDLG VYFCSQSTHI PPWTFGGGTK LDIKRADAAP TVSIFPPSSE QLTSGGLSVV CFLNNFYPKD INVKWKIDGS E RQNGVLNS ...文字列: QVVMTQSPLS LPVSLGDQAS ISCRSSQSLL HSNGNTYLHW YLQKPGQSPK LLIYKVSNRF SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDLG VYFCSQSTHI PPWTFGGGTK LDIKRADAAP TVSIFPPSSE QLTSGGLSVV CFLNNFYPKD INVKWKIDGS E RQNGVLNS WTDQDSKDST YSMSSTLTLT KDEYERHNSY TCEATHKTST SPIVKSFNRN EC |
-分子 #3: UIC2 Antigen binding fragment Heavy chain
分子 | 名称: UIC2 Antigen binding fragment Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 24.381281 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: EVQLQESGPE LVKTGASVKI SCKASGYSFS NYYIHWVKQS HGKSLEWIGF ISCYNGATFY NQKFKGKATF TVDNSSSTAY MKFNSLTFE DSAVYYCARL PIQFGNFYPM DYWGQGTTVT VSSAKTTAPS VYPLAPVCGD TTGSSVTLGC LVKGYFPEPV T LTWNSGSL ...文字列: EVQLQESGPE LVKTGASVKI SCKASGYSFS NYYIHWVKQS HGKSLEWIGF ISCYNGATFY NQKFKGKATF TVDNSSSTAY MKFNSLTFE DSAVYYCARL PIQFGNFYPM DYWGQGTTVT VSSAKTTAPS VYPLAPVCGD TTGSSVTLGC LVKGYFPEPV T LTWNSGSL SSGVHTFPAV LQSDLYTLSS SVTVTSSTWP SQSITCNVAH PASSTKVDKK IEPRGPT |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #5: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子 | 名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: 3PE |
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分子量 | 理論値: 748.065 Da |
Chemical component information | ChemComp-3PE: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 0.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 517053 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |