+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Refined map of the ratcheted Listeria innocua 70S ribosome (head-swiveled) in complex with HflXr and pe/E-tRNA (structure II-D) | |||||||||||||||
![]() | Cryo-EM map of the Listeria innocua 70S ratcheted ribosome in complex with HflXr and pe/E-tRNA (structure II-D) | |||||||||||||||
![]() |
| |||||||||||||||
![]() | cryo-EM / recycling / HflXr / time-resolved / RIBOSOME | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||||||||
![]() | Seely SM / Basu RS / Gagnon MG | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanistic insights into the alternative ribosome recycling by HflXr. 著者: Savannah M Seely / Ritwika S Basu / Matthieu G Gagnon / ![]() 要旨: During stress conditions such as heat shock and antibiotic exposure, ribosomes stall on messenger RNAs, leading to inhibition of protein synthesis. To remobilize ribosomes, bacteria use rescue ...During stress conditions such as heat shock and antibiotic exposure, ribosomes stall on messenger RNAs, leading to inhibition of protein synthesis. To remobilize ribosomes, bacteria use rescue factors such as HflXr, a homolog of the conserved housekeeping GTPase HflX that catalyzes the dissociation of translationally inactive ribosomes into individual subunits. Here we use time-resolved cryo-electron microscopy to elucidate the mechanism of ribosome recycling by Listeria monocytogenes HflXr. Within the 70S ribosome, HflXr displaces helix H69 of the 50S subunit and induces long-range movements of the platform domain of the 30S subunit, disrupting inter-subunit bridges B2b, B2c, B4, B7a and B7b. Our findings unveil a unique ribosome recycling strategy by HflXr which is distinct from that mediated by RRF and EF-G. The resemblance between HflXr and housekeeping HflX suggests that the alternative ribosome recycling mechanism reported here is universal in the prokaryotic kingdom. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 255.1 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 25.5 KB 25.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 122.1 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 512 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 4.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 263.6 MB 475.8 MB 475.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cryo-EM map of the Listeria innocua 70S ratcheted ribosome in complex with HflXr and pe/E-tRNA (structure II-D) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Cryo-EM map of the Listeria innocua 70S ratcheted...
ファイル | emd_42572_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cryo-EM map of the Listeria innocua 70S ratcheted ribosome in complex with HflXr and pe/E-tRNA (structure II-D) Sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM map of the Listeria innocua 70S ratcheted...
ファイル | emd_42572_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cryo-EM map of the Listeria innocua 70S ratcheted ribosome in complex with HflXr and pe/E-tRNA (structure II-D) Half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM map of the Listeria innocua 70S ratcheted...
ファイル | emd_42572_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cryo-EM map of the Listeria innocua 70S ratcheted ribosome in complex with HflXr and pe/E-tRNA (structure II-D) Half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Listeria innocua 70S ribosome in complex with HflXr and pe/E-tRNA
全体 | 名称: Listeria innocua 70S ribosome in complex with HflXr and pe/E-tRNA |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Listeria innocua 70S ribosome in complex with HflXr and pe/E-tRNA
超分子 | 名称: Listeria innocua 70S ribosome in complex with HflXr and pe/E-tRNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#52 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 2.5 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10151 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 96000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
---|---|
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |