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- EMDB-42462: Human Plasminogen bound to streptococcal surface enolase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42462
タイトルHuman Plasminogen bound to streptococcal surface enolase
マップデータMain map of human plasminogen bound to SEN on the surface of a lipid
試料
  • 複合体: Human plasminogen bound to streptococcal enolase on the surface of a lipid vesicle
    • タンパク質・ペプチド: Plasminogen
キーワードGlycolysis / plasminogen binder / membrane protein / LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / tissue regeneration / Signaling by PDGF / mononuclear cell migration / positive regulation of fibrinolysis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / protein antigen binding ...plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / tissue regeneration / Signaling by PDGF / mononuclear cell migration / positive regulation of fibrinolysis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / protein antigen binding / Dissolution of Fibrin Clot / myoblast differentiation / biological process involved in interaction with symbiont / labyrinthine layer blood vessel development / muscle cell cellular homeostasis / Activation of Matrix Metalloproteinases / apolipoprotein binding / extracellular matrix disassembly / negative regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of fibrinolysis / fibrinolysis / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / protein processing / kinase binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / : / protease binding / blood microparticle / endopeptidase activity / protein domain specific binding / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / serine-type endopeptidase activity / external side of plasma membrane / glutamatergic synapse / enzyme binding / cell surface / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, plasmin / divergent subfamily of APPLE domains / : / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily ...Peptidase S1A, plasmin / divergent subfamily of APPLE domains / : / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Tjia-Fleck S / Readnour BM / Castellino FJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL013423 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Streptococcus surface alpha enolase exposed dimers were found to be the active form on lipid surface that binds to human plasminogen
著者: Tjia-Fleck S / Readnour BM / Castellino FJ
履歴
登録2023年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月12日-
マップ公開2024年6月12日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42462.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42462.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map of human plasminogen bound to SEN on the surface of a lipid
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.54 Å/pix.
x 336 pix.
= 181.104 Å		0.54 Å/pix.
x 336 pix.
= 181.104 Å		0.54 Å/pix.
x 336 pix.
= 181.104 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.539 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008
最小 - 最大-0.095187455 - 0.06657795
平均 (標準偏差)0.00033086995 (±0.004134603)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 181.10399 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A of human plasminogen bound to...

ファイルemd_42462_half_map_1.map
注釈half map A of human plasminogen bound to SEN on the surface of a lipid
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B of human plasminogen bound to...

ファイルemd_42462_half_map_2.map
注釈half map B of human plasminogen bound to SEN on the surface of a lipid
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human plasminogen bound to streptococcal enolase on the surface o...

全体名称: Human plasminogen bound to streptococcal enolase on the surface of a lipid vesicle
要素
  • 複合体: Human plasminogen bound to streptococcal enolase on the surface of a lipid vesicle
    • タンパク質・ペプチド: Plasminogen

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超分子 #1: Human plasminogen bound to streptococcal enolase on the surface o...

超分子名称: Human plasminogen bound to streptococcal enolase on the surface of a lipid vesicle
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 91 KDa

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分子 #1: Plasminogen

分子名称: Plasminogen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 88.544461 KDa
組換発現生物種: Drosophila (ハエ)
配列文字列: EPLDDYVNTQ GASLFSVTKK QLGAGSIEEC AAKCEEDEEF TCRAFQYHSK EQQCVIMAEN RKSSIIIRMR DVVLFEKKVY LSECKTGNG KNYRGTMSKT KNGITCQKWS STSPHRPRFS PATHPSEGLE ENYCRNPDND PQGPWCYTTD PEKRYDYCDI L ECEEECMH ...文字列:
EPLDDYVNTQ GASLFSVTKK QLGAGSIEEC AAKCEEDEEF TCRAFQYHSK EQQCVIMAEN RKSSIIIRMR DVVLFEKKVY LSECKTGNG KNYRGTMSKT KNGITCQKWS STSPHRPRFS PATHPSEGLE ENYCRNPDND PQGPWCYTTD PEKRYDYCDI L ECEEECMH CSGENYDGKI SKTMSGLECQ AWDSQSPHAH GYIPSKFPNK NLKKNYCRNP DRELRPWCFT TDPNKRWELC DI PRCTTPP PSSGPTYQCL KGTGENYRGN VAVTVSGHTC QHWSAQTPHT HNRTPENFPC KNLDENYCRN PDGKRAPWCH TTN SQVRWE YCKIPSCDSS PVSTEQLAPT APPELTPVVQ DCYHGDGQSY RGTSSTTTTG KKCQSWSSMT PHRHQKTPEN YPNA GLTMN YCRNPDADKG PWCFTTDPSV RWEYCNLKKC SGTEASVVAP PPVVLLPDVE TPSEEDCMFG NGKGYRGKRA TTVTG TPCQ DWAAQEPHRH SIFTPETNPR AGLEKNYCRN PDGDVGGPWC YTTNPRKLYD YCDVPQCAAP SFDCGKPQVE PKKCPG RVV GGCVAHPHSW PWQVSLRTRF GMHFCGGTLI SPEWVLTAAH CLEKSPRPSS YKVILGAHQE VNLEPHVQEI EVSRLFL EP TRKDIALLKL SSPAVITDKV IPACLPSPNY VVADRTECFI TGWGETQGTF GAGLLKEAQL PVIENKVCNR YEFLNGRV Q STELCAGHLA GGTDSCQGDS GGPLVCFEKD KYILQGVTSW GLGCARPNKP GVYVRVSRFV TWIEGVMRNN

UniProtKB: Plasminogen

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4776 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2500000
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 14 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1024556
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 3次元分類クラス数: 14 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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