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万見
- EMDB-42435: Major interface of Streptococcal surface enolase dimer from AP53 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42435
タイトルMajor interface of Streptococcal surface enolase dimer from AP53 group A streptococcus bound to a lipid vesicle
マップデータSEN dimer map on the surface of lipid major dimer interface
試料
  • 複合体: Streptococcal surface enolase major interface embedded into the surface of a lipid vesicle
    • タンパク質・ペプチド: Enolase
キーワードGlycolysis / plasminogen binder / membrane protein / LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / peptidoglycan-based cell wall / glycolytic process / cell surface / magnesium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Tjia-Fleck S / Readnour BM / Castellino FJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL013423 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Streptococcus surface alpha enolase exposed dimers were found to be the active form on lipid surface that binds to human plasminogen
著者: Tjia-Fleck S / Readnour BM / Castellino FJ
履歴
登録2023年10月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月27日-
マップ公開2023年12月27日-
更新2023年12月27日-
現状2023年12月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42435.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42435.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 37.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SEN dimer map on the surface of lipid major dimer interface
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 214 pix.
= 230.692 Å		1.08 Å/pix.
x 214 pix.
= 230.692 Å		1.08 Å/pix.
x 214 pix.
= 230.692 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.078 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0678
最小 - 最大-1.7132988 - 1.7777559
平均 (標準偏差)-0.00038992535 (±0.021561516)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ214214214
Spacing214214214
セルA=B=C: 230.69199 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: SEN dimer map on the surface of lipid combined dimer interfaces

ファイルemd_42435_additional_1.map
注釈SEN dimer map on the surface of lipid combined dimer interfaces
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: SEN dimer half map on the surface of lipid major dimer interface B

ファイルemd_42435_half_map_1.map
注釈SEN dimer half map on the surface of lipid major dimer interface B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: SEN dimer half map on the surface of lipid major dimer interface A

ファイルemd_42435_half_map_2.map
注釈SEN dimer half map on the surface of lipid major dimer interface A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Streptococcal surface enolase major interface embedded into the s...

全体名称: Streptococcal surface enolase major interface embedded into the surface of a lipid vesicle
要素
  • 複合体: Streptococcal surface enolase major interface embedded into the surface of a lipid vesicle
    • タンパク質・ペプチド: Enolase

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超分子 #1: Streptococcal surface enolase major interface embedded into the s...

超分子名称: Streptococcal surface enolase major interface embedded into the surface of a lipid vesicle
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
分子量理論値: 95 KDa

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分子 #1: Enolase

分子名称: Enolase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phosphopyruvate hydratase
由来(天然)生物種: Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
分子量理論値: 47.543281 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: HMSIITDVYA REVLDSRGNP TLEVEVYTES GAFGRGMVPS GASTGEHEAV ELRDGDKSRY LGLGTQKAVD NVNNIIAEAI IGYDVRDQQ AIDRAMIALD GTPNKGKLGA NAILGVSIAV ARAAADYLEV PLYTYLGGFN TKVLPTPMMN IINGGSHSDA P IAFQEFMI ...文字列:
HMSIITDVYA REVLDSRGNP TLEVEVYTES GAFGRGMVPS GASTGEHEAV ELRDGDKSRY LGLGTQKAVD NVNNIIAEAI IGYDVRDQQ AIDRAMIALD GTPNKGKLGA NAILGVSIAV ARAAADYLEV PLYTYLGGFN TKVLPTPMMN IINGGSHSDA P IAFQEFMI MPVGAPTFKE GLRWGAEVFH ALKKILKERG LVTAVGDEGG FAPKFEGTED GVETILKAIE AAGYEAGENG IM IGFDCAS SEFYDKERKV YDYTKFEGEG AAVRTSAEQV DYLEELVNKY PIITIEDGMD ENDWDGWKVL TERLGKRVQL VGD DFFVTN TEYLARGIKE NAANSILIKV NQIGTLTETF EAIEMAKEAG YTAVVSHRSG ETEDSTIADI AVATNAGQIK TGSL SRTDR IAKYNQLLRI EDQLGEVAQY KGIKSFYNLK K

UniProtKB: Enolase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 29.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3300000
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7ugu

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: UCSF ChimeraX / 使用した粒子像数: 525846
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 7
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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