[日本語] English
万見
- EMDB-42213: Caenorhabditis elegans Otopetrin 8 (CeOtop8) in pH 8.0 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42213
タイトルCaenorhabditis elegans Otopetrin 8 (CeOtop8) in pH 8.0
マップデータ
試料
  • 複合体: CeOTOP8
    • タンパク質・ペプチド: Otopetrin-2
キーワードProton channel / Otop / C.elegans / Otopetrin / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性Otopetrin / Otopetrin / proton channel activity / proton transmembrane transport / membrane / plasma membrane / Otopetrin-2
機能・相同性情報
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Gan N / Jiang Y
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM140892 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Welch FoundationI-1578 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural mechanism of proton conduction in otopetrin proton channel.
著者: Ninghai Gan / Weizhong Zeng / Yan Han / Qingfeng Chen / Youxing Jiang /
要旨: The otopetrin (OTOP) proteins were recently characterized as extracellular proton-activated proton channels. Several recent OTOP channel structures demonstrated that the channels form a dimer with ...The otopetrin (OTOP) proteins were recently characterized as extracellular proton-activated proton channels. Several recent OTOP channel structures demonstrated that the channels form a dimer with each subunit adopting a double-barrel architecture. However, the structural mechanisms underlying some basic functional properties of the OTOP channels remain unresolved, including extracellular pH activation, proton conducting pathway, and rapid desensitization. In this study, we performed structural and functional characterization of the Caenorhabditis elegans OTOP8 (CeOTOP8) and mouse OTOP2 (mOTOP2) and illuminated a set of conformational changes related to the proton-conducting process in OTOP. The structures of CeOTOP8 reveal the conformational change at the N-terminal part of TM12 that renders the channel in a transiently proton-transferring state, elucidating an inter-barrel, Glu/His-bridged proton passage within each subunit. The structures of mOTOP2 reveal the conformational change at the N-terminal part of TM6 that exposes the central glutamate to the extracellular solution for protonation. In addition, the structural comparison between CeOTOP8 and mOTOP2, along with the structure-based mutagenesis, demonstrates that an inter-subunit movement at the OTOP channel dimer interface plays a central role in regulating channel activity. Combining the structural information from both channels, we propose a working model describing the multi-step conformational changes during the proton conducting process.
履歴
登録2023年10月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月21日-
マップ公開2024年8月21日-
更新2024年9月4日-
現状2024年9月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_42213.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42213.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.04 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.04 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.060613986 - 0.130729
平均 (標準偏差)0.00028557546 (±0.004286498)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 239.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_42213_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_42213_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : CeOTOP8

全体名称: CeOTOP8
要素
  • 複合体: CeOTOP8
    • タンパク質・ペプチド: Otopetrin-2

-
超分子 #1: CeOTOP8

超分子名称: CeOTOP8 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)

-
分子 #1: Otopetrin-2

分子名称: Otopetrin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 69.791508 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLMVDEQLKI GATPMYSPSH NPIVIADDME KGGSDSDSLP SSPTHHHELY RRPWIHEPRA TNFFVRLITS LYALILTIIS LVVEVSPTW RTDMWLAETI FYISMYGVGI LFFAYCYIFI IYPGPYNQLI SVLRKYKIIK NSEVWFIMQS QHNGEGAGTL Y LRLGALFF ...文字列:
MLMVDEQLKI GATPMYSPSH NPIVIADDME KGGSDSDSLP SSPTHHHELY RRPWIHEPRA TNFFVRLITS LYALILTIIS LVVEVSPTW RTDMWLAETI FYISMYGVGI LFFAYCYIFI IYPGPYNQLI SVLRKYKIIK NSEVWFIMQS QHNGEGAGTL Y LRLGALFF GSVGIVLFGL ELFLCIENVA CKKVAIAKMI VAIVFTFIQM HFIFCNSKIT VNSSRKIVAF GMMHLISVNL WT WFRFVLA KQEAKAHKKA QLKQTFRKYY SSSSSSSSEE IHELISAVLN STLNNTPATK TMEPVASRLF ALEHFGDVAT FLT TCIVEY SLIGAAIMFI LWKSIGQNNH QQSNSGKRKV KMRIDCSSSS TGLFAGIIFL IGSLVSMGMY TIFESLRNSS GAQL VFGIV DLSLFSIALG ACIIGLWRMR HLQYRLHAHG EVIDEILLII GLIGEILYCA VGIDVFITCR RSADLTVSAL PAFVF VIRM IQVVVQAAFI LTTSRLRCLS KYSMKYKPGK EIITFLLVSN VTLFVFHTFE GMKSSFGFSS KAATQYNYII YAVGPL LVF YRFHSSACLA EIWKHTYSTK SNEYDHEHMS LSDSNLTAIT PISDIKEIPS PQLLKH

UniProtKB: Otopetrin-2

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 48261
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る