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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42194 | |||||||||
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タイトル | Eastern equine encephalitis virus (PE-6) VLP in complex with VLDLR LA(1-3) (asymmetric unit) | |||||||||
マップデータ | EEEV PE-6 VLP in complex with VLDLR LA(1-3) focused reconstruction | |||||||||
試料 |
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キーワード | virus (ウイルス) / receptor (受容体) / VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) | |||||||||
生物種 | Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å | |||||||||
データ登録者 | Adams LJ / Fremont DH | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2024 タイトル: Structural and functional basis of VLDLR usage by Eastern equine encephalitis virus. 著者: Lucas J Adams / Saravanan Raju / Hongming Ma / Theron Gilliland / Douglas S Reed / William B Klimstra / Daved H Fremont / Michael S Diamond / 要旨: The very-low-density lipoprotein receptor (VLDLR) comprises eight LDLR type A (LA) domains and supports entry of distantly related alphaviruses, including Eastern equine encephalitis virus (EEEV) and ...The very-low-density lipoprotein receptor (VLDLR) comprises eight LDLR type A (LA) domains and supports entry of distantly related alphaviruses, including Eastern equine encephalitis virus (EEEV) and Semliki Forest virus (SFV). Here, by resolving multiple cryo-electron microscopy structures of EEEV-VLDLR complexes and performing mutagenesis and functional studies, we show that EEEV uses multiple sites (E1/E2 cleft and E2 A domain) to engage more than one LA domain simultaneously. However, no single LA domain is necessary or sufficient to support efficient EEEV infection. Whereas all EEEV strains show conservation of two VLDLR-binding sites, the EEEV PE-6 strain and a few other EEE complex members feature a single amino acid substitution that enables binding of LA domains to an additional site on the E2 B domain. These structural and functional analyses informed the design of a minimal VLDLR decoy receptor that neutralizes EEEV infection and protects mice from lethal challenge. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42194.map.gz | 63.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42194-v30.xml emd-42194.xml | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42194_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42194.png | 49.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42194.cif.gz | 3.9 KB | ||
その他 | emd_42194_additional_1.map.gz emd_42194_half_map_1.map.gz emd_42194_half_map_2.map.gz | 33.2 MB 62.2 MB 62.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42194 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42194 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42194.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | EEEV PE-6 VLP in complex with VLDLR LA(1-3) focused reconstruction | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.081 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: EEEV PE-6 VLP in complex with VLDLR LA(1-3)...
ファイル | emd_42194_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | EEEV PE-6 VLP in complex with VLDLR LA(1-3) focused reconstruction (unsharpened map) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: EEEV PE-6 VLP in complex with VLDLR LA(1-3)...
ファイル | emd_42194_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | EEEV PE-6 VLP in complex with VLDLR LA(1-3) focused reconstruction (half map A) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: EEEV PE-6 VLP in complex with VLDLR LA(1-3)...
ファイル | emd_42194_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | EEEV PE-6 VLP in complex with VLDLR LA(1-3) focused reconstruction (half map B) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Eastern equine encephalitis virus
全体 | 名称: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Eastern equine encephalitis virus
超分子 | 名称: Eastern equine encephalitis virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 11021 / 生物種: Eastern equine encephalitis virus / Sci species strain: PE-6 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 37.9 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |