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- EMDB-42190: Eastern equine encephalitis virus (PE-6) VLP in complex with full... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42190
タイトルEastern equine encephalitis virus (PE-6) VLP in complex with full-length VLDLR (asymmetric unit)
マップデータEEEV PE-6 VLP in complex with full-length VLDLR focused reconstruction
試料Eastern equine encephalitis virus bound to human VLDLR receptor != Eastern equine encephalitis virus

Eastern equine encephalitis virus bound to human VLDLR receptor

  • ウイルス: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: E1 protein
    • タンパク質・ペプチド: E2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Isoform Short of Very low-density lipoprotein receptor
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードvirus / receptor / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


reelin receptor activity / VLDL clearance / glycoprotein transport / very-low-density lipoprotein particle binding / ventral spinal cord development / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / Reelin signalling pathway / low-density lipoprotein particle receptor activity / reelin-mediated signaling pathway / very-low-density lipoprotein particle clearance ...reelin receptor activity / VLDL clearance / glycoprotein transport / very-low-density lipoprotein particle binding / ventral spinal cord development / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / Reelin signalling pathway / low-density lipoprotein particle receptor activity / reelin-mediated signaling pathway / very-low-density lipoprotein particle clearance / very-low-density lipoprotein particle / T=4 icosahedral viral capsid / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / cargo receptor activity / lipid transport / apolipoprotein binding / clathrin-coated pit / VLDLR internalisation and degradation / cholesterol metabolic process / receptor-mediated endocytosis / memory / calcium-dependent protein binding / nervous system development / host cell cytoplasm / receptor complex / symbiont entry into host cell / lysosomal membrane / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / calcium ion binding / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / signal transduction / proteolysis / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein ...: / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / : / Calcium-binding EGF domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Very low-density lipoprotein receptor / Structural polyprotein / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å
データ登録者Adams LJ / Fremont DH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Structural and functional basis of VLDLR usage by Eastern equine encephalitis virus.
著者: Lucas J Adams / Saravanan Raju / Hongming Ma / Theron Gilliland / Douglas S Reed / William B Klimstra / Daved H Fremont / Michael S Diamond /
要旨: The very-low-density lipoprotein receptor (VLDLR) comprises eight LDLR type A (LA) domains and supports entry of distantly related alphaviruses, including Eastern equine encephalitis virus (EEEV) and ...The very-low-density lipoprotein receptor (VLDLR) comprises eight LDLR type A (LA) domains and supports entry of distantly related alphaviruses, including Eastern equine encephalitis virus (EEEV) and Semliki Forest virus (SFV). Here, by resolving multiple cryo-electron microscopy structures of EEEV-VLDLR complexes and performing mutagenesis and functional studies, we show that EEEV uses multiple sites (E1/E2 cleft and E2 A domain) to engage more than one LA domain simultaneously. However, no single LA domain is necessary or sufficient to support efficient EEEV infection. Whereas all EEEV strains show conservation of two VLDLR-binding sites, the EEEV PE-6 strain and a few other EEE complex members feature a single amino acid substitution that enables binding of LA domains to an additional site on the E2 B domain. These structural and functional analyses informed the design of a minimal VLDLR decoy receptor that neutralizes EEEV infection and protects mice from lethal challenge.
履歴
登録2023年10月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月17日-
マップ公開2024年1月17日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42190.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42190.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EEEV PE-6 VLP in complex with full-length VLDLR focused reconstruction
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 260 pix.
= 281.06 Å		1.08 Å/pix.
x 260 pix.
= 281.06 Å		1.08 Å/pix.
x 260 pix.
= 281.06 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.081 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.91531444 - 1.0720918
平均 (標準偏差)0.00043927282 (±0.036693476)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 281.06 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: EEEV PE-6 VLP in complex with full-length VLDLR...

ファイルemd_42190_additional_1.map
注釈EEEV PE-6 VLP in complex with full-length VLDLR focused reconstruction (unsharpened map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: EEEV PE-6 VLP in complex with full-length VLDLR...

ファイルemd_42190_half_map_1.map
注釈EEEV PE-6 VLP in complex with full-length VLDLR focused reconstruction (half map A)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: EEEV PE-6 VLP in complex with full-length VLDLR...

ファイルemd_42190_half_map_2.map
注釈EEEV PE-6 VLP in complex with full-length VLDLR focused reconstruction (half map B)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Eastern equine encephalitis virus bound to human VLDLR receptor

全体名称: Eastern equine encephalitis virus bound to human VLDLR receptor
要素
  • ウイルス: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: E1 protein
    • タンパク質・ペプチド: E2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Isoform Short of Very low-density lipoprotein receptor
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Eastern equine encephalitis virus

超分子名称: Eastern equine encephalitis virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / 詳細: Virus-like particle bound to human VLDLR receptor / NCBI-ID: 11021 / 生物種: Eastern equine encephalitis virus / Sci species strain: PE-6 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: E1 protein

分子名称: E1 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
株: PE-6
分子量理論値: 47.93518 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: YEHTAVMPNK VGIPYKALVE RPGYAPVHLQ IQLVNTRIIP STNLEYITCK YKTKVPSPVV KCCGATQCTS KPHPDYQCQV FSGVYPFMY GGAYCFCDTE NTQMSEAYVE RSEECSIDHA KAYKVHTGTV QAMVNITYGS VSWRSADVYV NGETPAKIGD A KLIIGPLS ...文字列:
YEHTAVMPNK VGIPYKALVE RPGYAPVHLQ IQLVNTRIIP STNLEYITCK YKTKVPSPVV KCCGATQCTS KPHPDYQCQV FSGVYPFMY GGAYCFCDTE NTQMSEAYVE RSEECSIDHA KAYKVHTGTV QAMVNITYGS VSWRSADVYV NGETPAKIGD A KLIIGPLS SAWSPFDNKV VVYGHEVYNY DFPEYGTGKA GSFGDLQSRT STSNDLYANT NLKLQRPQAG IVHTPFTQVP SG FERWKKD KGAPLNDVAP FGCSIALEPL RAENCAVGSI PISIDIPDAA FTRISETPTV SDLECKITEC TYAFDFGGIA TVA YKSSKA GNCPIHSPSG VAVIKENDVT LAESGSFTFH FSTANIHPAF KLQVCTSAVT CKGDCKPPKD HIVDYAAQHT ESFT SAISA TAWSWIKVLV GGTSAFIVLG LIATAVVALV LFFHRH

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #2: E2 protein

分子名称: E2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
株: PE-6
分子量理論値: 46.378191 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DLDTHFTQYK LARPYIADCP NCGHSRCDSP IAIEEVRGDA HAGVIRIQTS AMFGLKTDGV DLAYMSFMNG KTQKSIKIDN LHVRTSAPC SLVSHHGYYI LAQCPPGDTV TVGFHDGPNR HTCTVAHKVE FRPVGREKYR HPPEHGVELP CNRYTHKRAD Q GHYVEMHQ ...文字列:
DLDTHFTQYK LARPYIADCP NCGHSRCDSP IAIEEVRGDA HAGVIRIQTS AMFGLKTDGV DLAYMSFMNG KTQKSIKIDN LHVRTSAPC SLVSHHGYYI LAQCPPGDTV TVGFHDGPNR HTCTVAHKVE FRPVGREKYR HPPEHGVELP CNRYTHKRAD Q GHYVEMHQ PGLVADHSLL SIHSAKVKIT VPSGAQVKYY CKCPDVRKGI TSSDHTTTCT DVKQCRAYLI DNKKWVYNSG RL PRGEGDT FKGKLHVPFV PVKAKCIATL APEPLVEHKH RTLILHLHPD HPTLLTTRSL GSDANPTRQW IERPTTVNFT VTG EGLEYT WGNHPPKRVW AQESGEGNPH GWPHEVVVYY YNRYPLTTII GLCTCVAIIM VSCVTSVWLL CRTRNLCITP YKLA PNAQV PILLALLCC

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #3: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
株: PE-6
分子量理論値: 16.540656 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DKTFPIMLNG QVNGYACVVG GRVFKPLHVE GRIDNEQLAA IKLKKASIYD LEYGDVPQCM KSDTLQYTSD KPPGFYNWHH GAVQYENNR FTVPRGVGGK GDSGRPILDN KGRVVAIVLG GVNEGSRTAL SVVTWNQKGV TVKDTPEGSE PW

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #4: Isoform Short of Very low-density lipoprotein receptor

分子名称: Isoform Short of Very low-density lipoprotein receptor
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82.9995 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GRKAKCEPSQ FQCTNGRCIT LLWKCDGDED CVDGSDEKNC VKKTCAESDF VCNNGQCVPS RWKCDGDPDC EDGSDESPEQ CHMRTCRIH EISCGAHSTQ CIPVSWRCDG ENDCDSGEDE ENCGNITCSP DEFTCSSGRC ISRNFVCNGQ DDCSDGSDEL D CAPPTCGA ...文字列:
GRKAKCEPSQ FQCTNGRCIT LLWKCDGDED CVDGSDEKNC VKKTCAESDF VCNNGQCVPS RWKCDGDPDC EDGSDESPEQ CHMRTCRIH EISCGAHSTQ CIPVSWRCDG ENDCDSGEDE ENCGNITCSP DEFTCSSGRC ISRNFVCNGQ DDCSDGSDEL D CAPPTCGA HEFQCSTSSC IPISWVCDDD ADCSDQSDES LEQCGRQPVI HTKCPASEIQ CGSGECIHKK WRCDGDPDCK DG SDEVNCP SRTCRPDQFE CEDGSCIHGS RQCNGIRDCV DGSDEVNCKN VNQCLGPGKF KCRSGECIDI SKVCNQEQDC RDW SDEPLK ECHINECLVN NGGCSHICKD LVIGYECDCA AGFELIDRKT CGDIDECQNP GICSQICINL KGGYKCECSR GYQM DLATG VCKAVGKEPS LIFTNRRDIR KIGLERKEYI QLVEQLRNTV ALDADIAAQK LFWADLSQKA IFSASIDDKV GRHVK MIDN VYNPAAIAVD WVYKTIYWTD AASKTISVAT LDGTKRKFLF NSDLREPASI AVDPLSGFVY WSDWGEPAKI EKAGMN GFD RRPLVTADIQ WPNGITLDLI KSRLYWLDSK LHMLSSVDLN GQDRRIVLKS LEFLAHPLAL TIFEDRVYWI DGENEAV YG ANKFTGSELA TLVNNLNDAQ DIIVYHELVQ PSGKNWCEED MENGGCEYLC LPAPQINDHS PKYTCSCPSG YNVEENGR D CQRINVTTAV SEVSVPPKGT SHHHHHH

UniProtKB: Very low-density lipoprotein receptor

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 12 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 37.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 391827
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る