+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4208 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Subtomogram average of Rift Valley fever virus pentamer at pH 5.0 in absence of target membrane | |||||||||
![]() | Subtomogram average of Rift Valley fever virus pentamer without a target membrane at pH 5.0 | |||||||||
![]() |
| |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
![]() | Sai L / Huiskonen JT | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Shielding and activation of a viral membrane fusion protein. 著者: Steinar Halldorsson / Sai Li / Mengqiu Li / Karl Harlos / Thomas A Bowden / Juha T Huiskonen / ![]() ![]() 要旨: Entry of enveloped viruses relies on insertion of hydrophobic residues of the viral fusion protein into the host cell membrane. However, the intermediate conformations during fusion remain unknown. ...Entry of enveloped viruses relies on insertion of hydrophobic residues of the viral fusion protein into the host cell membrane. However, the intermediate conformations during fusion remain unknown. Here, we address the fusion mechanism of Rift Valley fever virus. We determine the crystal structure of the Gn glycoprotein and fit it with the Gc fusion protein into cryo-electron microscopy reconstructions of the virion. Our analysis reveals how the Gn shields the hydrophobic fusion loops of the Gc, preventing premature fusion. Electron cryotomography of virions interacting with membranes under acidic conditions reveals how the fusogenic Gc is activated upon removal of the Gn shield. Repositioning of the Gn allows extension of Gc and insertion of fusion loops in the outer leaflet of the target membrane. These data show early structural transitions that enveloped viruses undergo during host cell entry and indicate that analogous shielding mechanisms are utilized across diverse virus families. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.5 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 45.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4197C ![]() 4198C ![]() 4199C ![]() 4200C ![]() 4201C ![]() 4202C ![]() 4203C ![]() 4204C ![]() 4205C ![]() 4206C ![]() 4207C ![]() 4209C ![]() 4210C ![]() 4211C ![]() 6f8pC ![]() 6f9bC ![]() 6f9cC ![]() 6f9dC ![]() 6f9eC ![]() 6f9fC C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Subtomogram average of Rift Valley fever virus pentamer without a target membrane at pH 5.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Rift Valley fever virus
全体 | 名称: ![]() ![]() |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Rift Valley fever virus
超分子 | 名称: Rift Valley fever virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: Cultured in Vero cells / NCBI-ID: 11588 / 生物種: Rift Valley fever virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
---|---|
宿主 | 生物種: ![]() |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Glycoprotein shell / 直径: 1100.0 Å / T番号(三角分割数): 12 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 5 / 詳細: PBS |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
詳細 | Unfixed sample with added liposomes |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-8 / 平均露光時間: 3.2 sec. / 平均電子線量: 150.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 259 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
抽出 | トモグラム数: 17 / 使用した粒子像数: 259 | ||||||
CTF補正 | ソフトウェア:
| ||||||
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: Dynamo |