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- EMDB-42064: Structure of BACH1 BTB domain-bound FBXL17 ubiquitin ligase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42064
タイトルStructure of BACH1 BTB domain-bound FBXL17 ubiquitin ligase
マップデータThe EM map of FBXL17-BACH1BTB complex generated by local refinement in cryoSPARC.
試料
  • 複合体: FBXL17-BACH1BTB
    • タンパク質・ペプチド: F-box/LRR-repeat protein 17
    • タンパク質・ペプチド: Transcription regulator protein BACH1
キーワードF-box protein / FBXO22 / BACH1 / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of HMOX1 expression and activity / ligand-modulated transcription factor activity / regulation of smoothened signaling pathway / regulation of metabolic process / neural crest cell differentiation / SCF ubiquitin ligase complex / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / Regulation of BACH1 activity ...Regulation of HMOX1 expression and activity / ligand-modulated transcription factor activity / regulation of smoothened signaling pathway / regulation of metabolic process / neural crest cell differentiation / SCF ubiquitin ligase complex / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / Regulation of BACH1 activity / Heme signaling / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / protein polyubiquitination / nervous system development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA repair / heme binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / BACH, basic leucine zipper (bZIP) domain / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / : / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. ...: / BACH, basic leucine zipper (bZIP) domain / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / : / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like / F-box domain / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Leucine Rich repeat / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription regulator protein BACH1 / F-box/LRR-repeat protein 17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Shi H / Cao S / Zheng N
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Recognition of BACH1 quaternary structure degrons by two F-box proteins under oxidative stress.
著者: Shiyun Cao / Sheena Faye Garcia / Huigang Shi / Ellie I James / Yuki Kito / Hui Shi / Haibin Mao / Sharon Kaisari / Gergely Rona / Sophia Deng / Hailey V Goldberg / Jackeline Ponce / Beatrix ...著者: Shiyun Cao / Sheena Faye Garcia / Huigang Shi / Ellie I James / Yuki Kito / Hui Shi / Haibin Mao / Sharon Kaisari / Gergely Rona / Sophia Deng / Hailey V Goldberg / Jackeline Ponce / Beatrix Ueberheide / Luca Lignitto / Miklos Guttman / Michele Pagano / Ning Zheng /
要旨: Ubiquitin-dependent proteolysis regulates diverse cellular functions with high substrate specificity, which hinges on the ability of ubiquitin E3 ligases to decode the targets' degradation signals, i. ...Ubiquitin-dependent proteolysis regulates diverse cellular functions with high substrate specificity, which hinges on the ability of ubiquitin E3 ligases to decode the targets' degradation signals, i.e., degrons. Here, we show that BACH1, a transcription repressor of antioxidant response genes, features two distinct unconventional degrons encrypted in the quaternary structure of its homodimeric BTB domain. These two degrons are both functionalized by oxidative stress and are deciphered by two complementary E3s. FBXO22 recognizes a degron constructed by the BACH1 BTB domain dimer interface, which is unmasked from transcriptional co-repressors after oxidative stress releases BACH1 from chromatin. When this degron is impaired by oxidation, a second BACH1 degron manifested by its destabilized BTB dimer is probed by a pair of FBXL17 proteins that remodels the substrate into E3-bound monomers for ubiquitination. Our findings highlight the multidimensionality of protein degradation signals and the functional complementarity of different ubiquitin ligases targeting the same substrate.
履歴
登録2023年9月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月6日-
マップ公開2024年11月6日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42064.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42064.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The EM map of FBXL17-BACH1BTB complex generated by local refinement in cryoSPARC.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 300 pix.
= 222.9 Å		0.74 Å/pix.
x 300 pix.
= 222.9 Å		0.74 Å/pix.
x 300 pix.
= 222.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.743 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.7493309 - 1.1494156
平均 (標準偏差)-0.0010962009 (±0.022736829)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 222.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_42064_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: The map generated by DeepEMhancer filtering half maps.

ファイルemd_42064_additional_1.map
注釈The map generated by DeepEMhancer filtering half maps.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: The half map of FBXL17-BACH1BTB complex generated by...

ファイルemd_42064_half_map_1.map
注釈The half map of FBXL17-BACH1BTB complex generated by local refinement in cryoSPARC.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: The half map of FBXL17-BACH1BTB complex generated by...

ファイルemd_42064_half_map_2.map
注釈The half map of FBXL17-BACH1BTB complex generated by local refinement in cryoSPARC.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FBXL17-BACH1BTB

全体名称: FBXL17-BACH1BTB
要素
  • 複合体: FBXL17-BACH1BTB
    • タンパク質・ペプチド: F-box/LRR-repeat protein 17
    • タンパク質・ペプチド: Transcription regulator protein BACH1

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超分子 #1: FBXL17-BACH1BTB

超分子名称: FBXL17-BACH1BTB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: F-box/LRR-repeat protein 17

分子名称: F-box/LRR-repeat protein 17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.505512 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: CHREPPPETP DINQLPPSIL LKIFSNLSLD ERCLSASLVC KYWRDLCLDF QFWKQLDLSS RQQVTDELLE KIASRSQNII EINISDCRS MSDNGVCVLA FKCPGLLRYT AYRCKQLSDT SIIAVASHCP LLQKVHVGNQ DKLTDEGLKQ LGSKCRELKD I HFGQCYKI ...文字列:
CHREPPPETP DINQLPPSIL LKIFSNLSLD ERCLSASLVC KYWRDLCLDF QFWKQLDLSS RQQVTDELLE KIASRSQNII EINISDCRS MSDNGVCVLA FKCPGLLRYT AYRCKQLSDT SIIAVASHCP LLQKVHVGNQ DKLTDEGLKQ LGSKCRELKD I HFGQCYKI SDEGMIVIAK GCLKLQRIYM QENKLVTDQS VKAFAEHCPE LQYVGFMGCS VTSKGVIHLT KLRNLSSLDL RH ITELDNE TVMEIVKRCK NLSSLNLCLN WIINDRCVEV IAKEGQNLKE LYLVSCKITD YALIAIGRYS MTIETVDVGW CKE ITDQGA TLIAQSSKSL RYLGLMRCDK VNEVTVEQLV QQYPHITFST VLQDCKRTLE RAYQMGWTPN MSAASS

UniProtKB: F-box/LRR-repeat protein 17

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分子 #2: Transcription regulator protein BACH1

分子名称: Transcription regulator protein BACH1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.344361 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SVFAYESSVH STNVLLSLND QRKKDVLCDV TIFVEGQRFR AHRSVLAACS SYFHSRIVGQ ADGELNITLP EEVTVKGFEP LIQFAYTAK LILSKENVDE VCKCVEFLSV HNIEESCFQF LKFKFLD

UniProtKB: Transcription regulator protein BACH1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab-initio reconstruction
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 198895
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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