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- EMDB-42056: H7N9 A/Shanghai/2/2013 complexed with mouse polyclonal Fab - wk 7... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42056
タイトルH7N9 A/Shanghai/2/2013 complexed with mouse polyclonal Fab - wk 7, reoriented immunogen
マップデータ
試料
  • 複合体: H7HA A/Shanghai/2/2013 immune complex with mouse polyclonal Fab - week 7, reoriented immunogen group
    • 複合体: H7N9 A/Shanghai/2/2013
    • 複合体: Polyclonal Fab
    • タンパク質・ペプチド: H7N9 A/Shanghai/2/2013
キーワードComplex / Fab / Hemagglutinin / polyclonal / IMMUNE SYSTEM
生物種H7N9 subtype (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.5 Å
データ登録者Carter JJ / Barnes CO
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)GT15335 米国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Vaccine design via antigen reorientation.
著者: Duo Xu / Joshua J Carter / Chunfeng Li / Ashley Utz / Payton A B Weidenbacher / Shaogeng Tang / Mrinmoy Sanyal / Bali Pulendran / Christopher O Barnes / Peter S Kim /
要旨: A major challenge in creating universal influenza vaccines is to focus immune responses away from the immunodominant, variable head region of hemagglutinin (HA-head) and toward the evolutionarily ...A major challenge in creating universal influenza vaccines is to focus immune responses away from the immunodominant, variable head region of hemagglutinin (HA-head) and toward the evolutionarily conserved stem region (HA-stem). Here we introduce an approach to control antigen orientation via site-specific insertion of aspartate residues that facilitates antigen binding to alum. We demonstrate the generalizability of this approach with antigens from Ebola, severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and influenza viruses and observe enhanced neutralizing antibody responses in all cases. We then reorient an H2 HA in an 'upside-down' configuration to increase the exposure and immunogenicity of HA-stem. The reoriented H2 HA (reoH2HA) on alum induced stem-directed antibodies that cross-react with both group 1 and group 2 influenza A subtypes. Electron microscopy polyclonal epitope mapping (EMPEM) revealed that reoH2HA (group 1) elicits cross-reactive antibodies targeting group 2 HA-stems. Our results highlight antigen reorientation as a generalizable approach for designing epitope-focused vaccines.
履歴
登録2023年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月24日-
マップ公開2024年1月24日-
更新2024年8月14日-
現状2024年8月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42056.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42056.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.7 Å/pix.
x 100 pix.
= 470. Å		4.7 Å/pix.
x 100 pix.
= 470. Å		4.7 Å/pix.
x 100 pix.
= 470. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.168
最小 - 最大-0.53442967 - 2.1548707
平均 (標準偏差)-0.0005146297 (±0.057121783)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 469.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : H7HA A/Shanghai/2/2013 immune complex with mouse polyclonal Fab -...

全体名称: H7HA A/Shanghai/2/2013 immune complex with mouse polyclonal Fab - week 7, reoriented immunogen group
要素
  • 複合体: H7HA A/Shanghai/2/2013 immune complex with mouse polyclonal Fab - week 7, reoriented immunogen group
    • 複合体: H7N9 A/Shanghai/2/2013
    • 複合体: Polyclonal Fab
    • タンパク質・ペプチド: H7N9 A/Shanghai/2/2013

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超分子 #1: H7HA A/Shanghai/2/2013 immune complex with mouse polyclonal Fab -...

超分子名称: H7HA A/Shanghai/2/2013 immune complex with mouse polyclonal Fab - week 7, reoriented immunogen group
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Recombinantly expressed H7HA with polyclonal Fabs generated from pooled reoH2HA-immunized mouse antisera

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超分子 #2: H7N9 A/Shanghai/2/2013

超分子名称: H7N9 A/Shanghai/2/2013 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: H7N9 subtype (ウイルス)

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超分子 #3: Polyclonal Fab

超分子名称: Polyclonal Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: H7N9 A/Shanghai/2/2013

分子名称: H7N9 A/Shanghai/2/2013 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: H7N9 subtype (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNTQILVFAL IAIIPTNADK ICLGHHAVSN GTKVNTLTER GVEVVNATET VERTNIPRIC SKGKRTVDLG QCGLLGTITG PPQCDQFLEF SADLIIERRE GSDVCFPGKF VNEEALRQIL RESGGIDKEA MGFTYSGIRT NGATSACRRS GSSFYAEMKW LLSNTDNAAF ...文字列:
MNTQILVFAL IAIIPTNADK ICLGHHAVSN GTKVNTLTER GVEVVNATET VERTNIPRIC SKGKRTVDLG QCGLLGTITG PPQCDQFLEF SADLIIERRE GSDVCFPGKF VNEEALRQIL RESGGIDKEA MGFTYSGIRT NGATSACRRS GSSFYAEMKW LLSNTDNAAF PQMTKSYKNT RKSPALIVWG IHHSVSTAEQ TKLYGSGNKL VTVGSSNYQQ SFVPSPGARP QVNGLSGRID FHWLMLNPND TVTFSFNGAF IAPDRASFLR GKSMGIQSGV QVDANCEGDC YHSGGTIISN LPFQNIDSRA VGKCPRYVKQ RSLLLATGMK NVPEIPKGRG LFGAIAGFIE NGWEGLIDGW YGFRHQNAQG EGTAADYKST QSAIDQITGK LNRLIEKTNQ QFELIDNEFN EVEKQIGNVI NWTRDSITEV WSYNAELLVA MENQHTIDLA DSEMDKLYER VKRQLRENAE EDGTGCFEIF HKCDDDCMAS IRNNTYDHSK YREEAMQNRI QIDGSMKQIE DKIEEILSKI YHIENEIARI KKLIGEVASS SGLNDIFEAQ KIEWHEAHHH HHHG

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.015 mg/mL
緩衝液pH: 7
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 15.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Stochastic gradient descent ab initio in cryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 6456
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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