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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42045 | |||||||||
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タイトル | H2HA A/Japan/305/1957 complexed with mouse polyclonal Fab - wk 12, control immunogen | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / Fab / Hemagglutinin / polyclonal / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A/Japan/305/1957(H2N2)) (A型インフルエンザウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Carter JJ / Barnes CO | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024 タイトル: Vaccine design via antigen reorientation. 著者: Duo Xu / Joshua J Carter / Chunfeng Li / Ashley Utz / Payton A B Weidenbacher / Shaogeng Tang / Mrinmoy Sanyal / Bali Pulendran / Christopher O Barnes / Peter S Kim / 要旨: A major challenge in creating universal influenza vaccines is to focus immune responses away from the immunodominant, variable head region of hemagglutinin (HA-head) and toward the evolutionarily ...A major challenge in creating universal influenza vaccines is to focus immune responses away from the immunodominant, variable head region of hemagglutinin (HA-head) and toward the evolutionarily conserved stem region (HA-stem). Here we introduce an approach to control antigen orientation via site-specific insertion of aspartate residues that facilitates antigen binding to alum. We demonstrate the generalizability of this approach with antigens from Ebola, severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and influenza viruses and observe enhanced neutralizing antibody responses in all cases. We then reorient an H2 HA in an 'upside-down' configuration to increase the exposure and immunogenicity of HA-stem. The reoriented H2 HA (reoH2HA) on alum induced stem-directed antibodies that cross-react with both group 1 and group 2 influenza A subtypes. Electron microscopy polyclonal epitope mapping (EMPEM) revealed that reoH2HA (group 1) elicits cross-reactive antibodies targeting group 2 HA-stems. Our results highlight antigen reorientation as a generalizable approach for designing epitope-focused vaccines. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42045.map.gz | 2.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42045-v30.xml emd-42045.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42045_fsc.xml | 3.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42045.png | 48.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42045.cif.gz | 4.7 KB | ||
その他 | emd_42045_half_map_1.map.gz emd_42045_half_map_2.map.gz | 2.4 MB 2.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42045 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42045 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42045_validation.pdf.gz | 674.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_42045_full_validation.pdf.gz | 674.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42045_validation.xml.gz | 9.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42045_validation.cif.gz | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42045 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42045 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42045.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.7 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_42045_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_42045_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : H2HA A/Japan/305/1957 immune complex with mouse polyclonal Fab - ...
全体 | 名称: H2HA A/Japan/305/1957 immune complex with mouse polyclonal Fab - week 12, control immunogen group |
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要素 |
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-超分子 #1: H2HA A/Japan/305/1957 immune complex with mouse polyclonal Fab - ...
超分子 | 名称: H2HA A/Japan/305/1957 immune complex with mouse polyclonal Fab - week 12, control immunogen group タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Recombinantly expressed H2HA from Polyclonal Fabs generated from pooled H2HA-immunized mouse antisera |
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-超分子 #2: Influenza A virus (A/Japan/305/1957(H2N2))
超分子 | 名称: Influenza A virus (A/Japan/305/1957(H2N2)) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Japan/305/1957(H2N2)) (A型インフルエンザウイルス) |
-超分子 #3: Polyclonal Fab
超分子 | 名称: Polyclonal Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: H2HA A/Japan/305/1957
分子 | 名称: H2HA A/Japan/305/1957 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MEKIVLLFAI VSLVKSRGDQ ICIGYHANNS TEKVDTILER NVTVTHAKDI LEKTHNGKLC KLNGIPPLEL GDCSIAGWLL GNPECDRLLS VPEWSYIMEK ENPRDGLCFP GSFNDYEELK YLLSSVKHFE KVKILPKDRW TQHTTTGGSR ACAVSGNPSF FRNMVWLTKK ...文字列: MEKIVLLFAI VSLVKSRGDQ ICIGYHANNS TEKVDTILER NVTVTHAKDI LEKTHNGKLC KLNGIPPLEL GDCSIAGWLL GNPECDRLLS VPEWSYIMEK ENPRDGLCFP GSFNDYEELK YLLSSVKHFE KVKILPKDRW TQHTTTGGSR ACAVSGNPSF FRNMVWLTKK GSDYPVAKGS YNNTSGEQML IIWGVHHPND ETEQRTLYQN VGTYVSVGTS TLNKRSTPEI ATRPKVNGLG SRMEFSWTLL DMWDTINFES TGNLIAPEYG FKISKRGSSG IMKTEGTLEN CETKCQTPLG AINTTLPFHN VHPLTIGECP RYVKSEKLVL ATGLRNVPQI ESRGLFGAIA GFIEGGWQGM VDGWYGYHHS NDQGSGYAAD KESTQKAFDG ITNKVNSVIE KMNTQFEAVG KEFSNLERRL ENLNKKMEDG FLDVWTYNAE LLVLMENERT LDFHDSNVKN LYDKVRMQLR DNVKELGNGC FEFYHKCDDE CMNSVKNGTY DYPKYEEESK LNRNEGSMKQ IEDKIEEILS KIYHIENEIA RIKKLIGEVA SSSGLNDIFE AQKIEWHEAH HHHHHG |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.015 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 15.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |