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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4196 | |||||||||
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タイトル | AlfA from B. subtilis plasmid pLS32 filament structure at 3.4 A | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | plasmid segregation / bacterial cytoskeleton / cytomotive filament / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Actin-like protein, N-terminal / Actin like proteins N terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / Actin-like protein N-terminal domain-containing protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å | |||||||||
データ登録者 | Szewczak-Harris A / Lowe J | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM reconstruction of AlfA from reveals the structure of a simplified actin-like filament at 3.4-Å resolution. 著者: Andrzej Szewczak-Harris / Jan Löwe / 要旨: Low copy-number plasmid pLS32 of subsp. contains a partitioning system that ensures segregation of plasmid copies during cell division. The partitioning locus comprises actin-like protein AlfA, ...Low copy-number plasmid pLS32 of subsp. contains a partitioning system that ensures segregation of plasmid copies during cell division. The partitioning locus comprises actin-like protein AlfA, adaptor protein AlfB, and the centromeric sequence Similar to the ParMRC partitioning system from plasmid R1, AlfA filaments form actin-like double helical filaments that arrange into an antiparallel bipolar spindle, which attaches its growing ends to sister plasmids through interactions with AlfB and Because, compared with ParM and other actin-like proteins, AlfA is highly diverged in sequence, we determined the atomic structure of nonbundling AlfA filaments to 3.4-Å resolution by cryo-EM. The structure reveals how the deletion of subdomain IIB of the canonical actin fold has been accommodated by unique longitudinal and lateral contacts, while still enabling formation of left-handed, double helical, polar and staggered filaments that are architecturally similar to ParM. Through cryo-EM reconstruction of bundling AlfA filaments, we obtained a pseudoatomic model of AlfA doublets: the assembly of two filaments. The filaments are antiparallel, as required by the segregation mechanism, and exactly antiphasic with near eightfold helical symmetry, to enable efficient doublet formation. The structure of AlfA filaments and doublets shows, in atomic detail, how deletion of an entire domain of the actin fold is compensated by changes to all interfaces so that the required properties of polymerization, nucleotide hydrolysis, and antiparallel doublet formation are retained to fulfill the system's biological raison d'être. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4196.map.gz | 152.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4196-v30.xml emd-4196.xml | 10.4 KB 10.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4196_fsc.xml | 12.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4196.png | 45.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4196.cif.gz | 5.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4196 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4196 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4196_validation.pdf.gz | 296.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4196_full_validation.pdf.gz | 295.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4196_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4196 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4196 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4196.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : AlfA filament
全体 | 名称: AlfA filament |
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要素 |
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-超分子 #1: AlfA filament
超分子 | 名称: AlfA filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) |
-分子 #1: AlfA
分子 | 名称: AlfA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) |
分子量 | 理論値: 31.200281 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSHMTLTTVI DIGNFSTKYA YKDAAQIKVG SFPSILHSYK PLEDYEGMER VEYNGLDYYV GETVKNFYFG REEQMYFGNT RKGHMEGQI RLVYALYTIF KETGAAEFNL ILTCPYESMV TDKKYFVQHF EGEREVIVEG KSFKFTVHNI VMAAEGLGAL N FSDSLNCV ...文字列: GSHMTLTTVI DIGNFSTKYA YKDAAQIKVG SFPSILHSYK PLEDYEGMER VEYNGLDYYV GETVKNFYFG REEQMYFGNT RKGHMEGQI RLVYALYTIF KETGAAEFNL ILTCPYESMV TDKKYFVQHF EGEREVIVEG KSFKFTVHNI VMAAEGLGAL N FSDSLNCV IVDAGSKTLN VLYLINGSIS KMDSHTINGG TIDNSIMDLA KTFAKTCSNI DYDYPIVCTG GKAEEMKECL EN VGYSTVS SAELGEDKPS YYVNSVGLLL KYGRKFEEMF A UniProtKB: Actin-like protein N-terminal domain-containing protein |
-分子 #2: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM KCl, 2 mM TCEP, 1mM NaN3, pH 8.0, 5 mM ATP and 10 mM MgCl2 added to |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 368 / 平均電子線量: 33.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-6f95: |