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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | CryoEM map of horse spleen apoferritin determined for benchmarking square and rectangular apertures for cryo-EM (Falcon IV square beam) | |||||||||
![]() | Main map, sharpened with B-factor 48.4 | |||||||||
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![]() | Apo-ferritin / METAL BINDING PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.76 Å | |||||||||
![]() | Brown HG / Hanssen E | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Square condenser apertures for square cameras in low-dose transmission electron microscopy. 著者: Hamish G Brown / Dan Smith / Benjamin C Wardle / Eric Hanssen / ![]() 要旨: In transmission electron microscopy (TEM), cameras are square or rectangular but beams are round so the circular lobes irradiate adjacent areas, precluding further neighboring acquisition for beam- ...In transmission electron microscopy (TEM), cameras are square or rectangular but beams are round so the circular lobes irradiate adjacent areas, precluding further neighboring acquisition for beam-sensitive samples. We present condenser aperture plates with square and rectangular shapes that improve the efficiency of area usage by 70% and enhance montage imaging for beam-sensitive specimens. We demonstrate the compatibility of these condenser aperture plates with high-resolution cryogenic TEM by reconstructing a 1.8-Å map of equine apo-ferritin. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 483.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 16.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 190.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 512 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 4.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 474.1 MB 474.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Main map, sharpened with B-factor 48.4 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.639 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_41937_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_41937_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Apoferritin from equine spleen
全体 | 名称: Apoferritin from equine spleen |
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要素 |
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-超分子 #1: Apoferritin from equine spleen
超分子 | 名称: Apoferritin from equine spleen / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Purchased from Sigma Aldrich product number A3641 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 481.2 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 35 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 180 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Quorum Glocube |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Solution purchased from Sigma Aldrich and no further purification |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4092 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 363609 / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |