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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | CryoEM map of horse spleen apoferritin determined as a reference for benchmarking square and rectangular apertures for cryo-EM | |||||||||
![]() | Main map, Gatan K3 dataset using standard round beam (50 micron aperture) for comparison with square and rectangular aperture results. Sharpened with B-factor of 52.6. | |||||||||
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![]() | Apo-ferritin / METAL BINDING PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.81 Å | |||||||||
![]() | Brown HG / Hanssen E | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Square condenser apertures for square cameras in low-dose transmission electron microscopy. 著者: Hamish G Brown / Dan Smith / Benjamin C Wardle / Eric Hanssen / ![]() 要旨: In transmission electron microscopy (TEM), cameras are square or rectangular but beams are round so the circular lobes irradiate adjacent areas, precluding further neighboring acquisition for beam- ...In transmission electron microscopy (TEM), cameras are square or rectangular but beams are round so the circular lobes irradiate adjacent areas, precluding further neighboring acquisition for beam-sensitive samples. We present condenser aperture plates with square and rectangular shapes that improve the efficiency of area usage by 70% and enhance montage imaging for beam-sensitive specimens. We demonstrate the compatibility of these condenser aperture plates with high-resolution cryogenic TEM by reconstructing a 1.8-Å map of equine apo-ferritin. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 350.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.9 KB 16.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 15.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 268.5 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 371.3 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 343.8 MB 343.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Main map, Gatan K3 dataset using standard round beam (50 micron aperture) for comparison with square and rectangular aperture results. Sharpened with B-factor of 52.6. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.655 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_41933_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_41933_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Apoferritin from equine spleen
全体 | 名称: Apoferritin from equine spleen |
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要素 |
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-超分子 #1: Apoferritin from equine spleen
超分子 | 名称: Apoferritin from equine spleen / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Purchased from Sigma Aldrich product number A3641 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 481.2 KDa |
-分子 #1: Apoferritin from equine spleen
分子 | 名称: Apoferritin from equine spleen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SQIRQNYSTE VEAAVNRLV N LYLRASYT YL SLGFYFD RDD VALEGV CHFF RELAE EKREG AERL LKMQNQ RGG RALFQDL QK PSQDEWGT T LDAMKAAIV LEKSLNQALL DLHALGSAQ A DPHLCDFL ES HFLDEEV KLI KKMGDH LTNI QRLVG SQAGL GEYL FERLTL K |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 35 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 180 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Quorum Glocube |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Solution purchased from Sigma Aldrich and no further purification |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 3111 / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |