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万見
- EMDB-41933: CryoEM map of horse spleen apoferritin determined as a reference ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41933
タイトルCryoEM map of horse spleen apoferritin determined as a reference for benchmarking square and rectangular apertures for cryo-EM
マップデータMain map, Gatan K3 dataset using standard round beam (50 micron aperture) for comparison with square and rectangular aperture results. Sharpened with B-factor of 52.6.
試料
  • 複合体: Apoferritin from equine spleen
    • タンパク質・ペプチド: Apoferritin from equine spleen
キーワードApo-ferritin / METAL BINDING PROTEIN
生物種Equus caballus (ウマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Brown HG / Hanssen E
資金援助 オーストラリア, 1件
OrganizationGrant number国
Other governmentTA503491 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2024
タイトル: Square condenser apertures for square cameras in low-dose transmission electron microscopy.
著者: Hamish G Brown / Dan Smith / Benjamin C Wardle / Eric Hanssen /
要旨: In transmission electron microscopy (TEM), cameras are square or rectangular but beams are round so the circular lobes irradiate adjacent areas, precluding further neighboring acquisition for beam- ...In transmission electron microscopy (TEM), cameras are square or rectangular but beams are round so the circular lobes irradiate adjacent areas, precluding further neighboring acquisition for beam-sensitive samples. We present condenser aperture plates with square and rectangular shapes that improve the efficiency of area usage by 70% and enhance montage imaging for beam-sensitive specimens. We demonstrate the compatibility of these condenser aperture plates with high-resolution cryogenic TEM by reconstructing a 1.8-Å map of equine apo-ferritin.
履歴
登録2023年9月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月28日-
マップ公開2024年2月28日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41933.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41933.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map, Gatan K3 dataset using standard round beam (50 micron aperture) for comparison with square and rectangular aperture results. Sharpened with B-factor of 52.6.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 460 pix.
= 301.3 Å		0.66 Å/pix.
x 460 pix.
= 301.3 Å		0.66 Å/pix.
x 460 pix.
= 301.3 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.655 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.54
最小 - 最大-1.2624726 - 2.1051235
平均 (標準偏差)-0.000041849118 (±0.06378621)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ460460460
Spacing460460460
セルA=B=C: 301.3 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_41933_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_41933_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_41933_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Apoferritin from equine spleen

全体名称: Apoferritin from equine spleen
要素
  • 複合体: Apoferritin from equine spleen
    • タンパク質・ペプチド: Apoferritin from equine spleen

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超分子 #1: Apoferritin from equine spleen

超分子名称: Apoferritin from equine spleen / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Purchased from Sigma Aldrich product number A3641
由来(天然)生物種: Equus caballus (ウマ)
分子量理論値: 481.2 KDa

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分子 #1: Apoferritin from equine spleen

分子名称: Apoferritin from equine spleen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Equus caballus (ウマ)
配列文字列:
SQIRQNYSTE VEAAVNRLV N LYLRASYT YL SLGFYFD RDD VALEGV CHFF RELAE EKREG AERL LKMQNQ RGG RALFQDL QK PSQDEWGT T LDAMKAAIV LEKSLNQALL DLHALGSAQ A DPHLCDFL ES HFLDEEV KLI KKMGDH LTNI QRLVG SQAGL GEYL FERLTL K

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度35 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 180 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Quorum Glocube
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Solution purchased from Sigma Aldrich and no further purification

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 3111 / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 346411
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio model
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 使用した粒子像数: 346411
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 詳細: Homogeneous Refinement
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 詳細: Homogeneous Refinement
最終 3次元分類クラス数: 50 / 平均メンバー数/クラス: 7700 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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