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- EMDB-41894: Structure of tetrameric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41894
タイトルStructure of tetrameric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: Tetrameric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab
    • タンパク質・ペプチド: REGN7663 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: REGN7663 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: C-X-C chemokine receptor type 4
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate
キーワードGPCR / chemokine receptor / tetramer / oligomer / antibody / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / Specification of primordial germ cells / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / myosin light chain binding / myelin maintenance / C-X-C chemokine receptor activity / positive regulation of vasculature development / Signaling by ROBO receptors / regulation of chemotaxis ...C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / Specification of primordial germ cells / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / myosin light chain binding / myelin maintenance / C-X-C chemokine receptor activity / positive regulation of vasculature development / Signaling by ROBO receptors / regulation of chemotaxis / Formation of definitive endoderm / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / Chemokine receptors bind chemokines / anchoring junction / dendritic cell chemotaxis / cellular response to cytokine stimulus / cell leading edge / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / Binding and entry of HIV virion / regulation of cell adhesion / coreceptor activity / neurogenesis / ubiquitin binding / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / G protein-coupled receptor activity / brain development / response to virus / late endosome / positive regulation of cold-induced thermogenesis / actin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / virus receptor activity / cytoplasmic vesicle / G alpha (i) signalling events / early endosome / response to hypoxia / lysosome / immune response / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / external side of plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / cell surface / protein-containing complex / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 4 N-terminal domain / CXCR4 Chemokine receptor N terminal / CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / Chemokine receptor family / : / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
C-X-C chemokine receptor type 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Saotome K / McGoldrick LL / Franklin MC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Not funded 米国
引用
ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structural insights into CXCR4 modulation and oligomerization.
著者: Kei Saotome / Luke L McGoldrick / Jo-Hao Ho / Trudy F Ramlall / Sweta Shah / Michael J Moore / Jee Hae Kim / Raymond Leidich / William C Olson / Matthew C Franklin /
要旨: Activation of the chemokine receptor CXCR4 by its chemokine ligand CXCL12 regulates diverse cellular processes. Previously reported crystal structures of CXCR4 revealed the architecture of an ...Activation of the chemokine receptor CXCR4 by its chemokine ligand CXCL12 regulates diverse cellular processes. Previously reported crystal structures of CXCR4 revealed the architecture of an inactive, homodimeric receptor. However, many structural aspects of CXCR4 remain poorly understood. Here, we use cryo-electron microscopy to investigate various modes of human CXCR4 regulation. CXCL12 activates CXCR4 by inserting its N terminus deep into the CXCR4 orthosteric pocket. The binding of US Food and Drug Administration-approved antagonist AMD3100 is stabilized by electrostatic interactions with acidic residues in the seven-transmembrane-helix bundle. A potent antibody blocker, REGN7663, binds across the extracellular face of CXCR4 and inserts its complementarity-determining region H3 loop into the orthosteric pocket. Trimeric and tetrameric structures of CXCR4 reveal modes of G-protein-coupled receptor oligomerization. We show that CXCR4 adopts distinct subunit conformations in trimeric and tetrameric assemblies, highlighting how oligomerization could allosterically regulate chemokine receptor function.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Structural insights into CXCR4 modulation and oligomerization
著者: Saotome K / McGoldrick LL / Ho J / Ramlall T / Shah S / Moore MJ / Kim JH / Leidich R / Olson WC / Franklin MC
履歴
登録2023年9月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月13日-
マップ公開2024年3月13日-
更新2025年2月26日-
現状2025年2月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41894.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41894.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306. Å		0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306. Å		0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.5877889 - 0.9745738
平均 (標準偏差)0.00020301575 (±0.03186378)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 306.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41894_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41894_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetrameric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab

全体名称: Tetrameric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab
要素
  • 複合体: Tetrameric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab
    • タンパク質・ペプチド: REGN7663 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: REGN7663 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: C-X-C chemokine receptor type 4
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate

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超分子 #1: Tetrameric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab

超分子名称: Tetrameric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: REGN7663 Fab light chain

分子名称: REGN7663 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.185904 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DVVMTQSPLS LPVTLGQPAS ISCRSSQSLV YTDGNTYLNW FQQRPGQSPR RLIYKVSNRD SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG FYYCMQNTHW PLTFGGGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列:
DVVMTQSPLS LPVTLGQPAS ISCRSSQSLV YTDGNTYLNW FQQRPGQSPR RLIYKVSNRD SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG FYYCMQNTHW PLTFGGGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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分子 #2: REGN7663 Fab heavy chain

分子名称: REGN7663 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.799934 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT SYGISWVRQA PGQGIEWMGW ISTYNGNRNY AQKVQGRVTM TTDRSTSTAY MDLRSLRSD DTAVYYCARH GITGARNYYY HYGMDVWGQG TTVTVSSAST KGPSVFPLAP CSRSTSESTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT SYGISWVRQA PGQGIEWMGW ISTYNGNRNY AQKVQGRVTM TTDRSTSTAY MDLRSLRSD DTAVYYCARH GITGARNYYY HYGMDVWGQG TTVTVSSAST KGPSVFPLAP CSRSTSESTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTKTYT CNVDHKPSNT KVDKRVESKY GPPCPPCPAP PV

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分子 #3: C-X-C chemokine receptor type 4

分子名称: C-X-C chemokine receptor type 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 71.063609 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFAGAPE GISIYTSDNY TEEMGSGDYD SMKEPCFREE NANFNKIFLP TIYSIIFLTG IVGNGLVILV MGYQKKLRS MTDKYRLHLS VADLLFVITL PFWAVDAVAN WYFGNFLCKA VHVIYTVSLY SSVLILAFIS LDRYLAIVHA T NSQRPRKL ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFAGAPE GISIYTSDNY TEEMGSGDYD SMKEPCFREE NANFNKIFLP TIYSIIFLTG IVGNGLVILV MGYQKKLRS MTDKYRLHLS VADLLFVITL PFWAVDAVAN WYFGNFLCKA VHVIYTVSLY SSVLILAFIS LDRYLAIVHA T NSQRPRKL LAEKVVYVGV WIPALLLTIP DFIFANVSEA DDRYICDRFY PNDLWVVVFQ FQHIMVGLIL PGIVILSCYC II ISKLSHS KGHQKRKALK TTVILILAFF ACWLPYYIGI SIDSFILLEI IKQGCEFENT VHKWISITEA LAFFHCCLNP ILY AFLGAK FKTSAQHALT SVSRGSSLKI LSKGKRGGHS SVSTESESSS FHSSGRPLEV LFQGPGGGGS VSKGEELFTG VVPI LVELD GDVNGHKFSV SGEGEGDATY GKLTLKFICT TGKLPVPWPT LVTTLTYGVQ CFSRYPDHMK QHDFFKSAMP EGYVQ ERTI FFKDDGNYKT RAEVKFEGDT LVNRIELKGI DFKEDGNILG HKLEYNYNSH NVYIMADKQK NGIKVNFKIR HNIEDG SVQ LADHYQQNTP IGDGPVLLPD NHYLSTQSKL SKDPNEKRDH MVLLEFVTAA GITLGMDELY KDYKDDDDK

UniProtKB: C-X-C chemokine receptor type 4

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分子 #4: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 16 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #5: (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec...

分子名称: (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: D21
分子量理論値: 674.929 Da
Chemical component information

ChemComp-D21:
(2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 31775
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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