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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4187 | |||||||||
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タイトル | EM map of HasR, a TonB dependent receptor from Serratia marcescens in complex with the hemophore HasA and heme. | |||||||||
マップデータ | the complex of HasR receptor with heme and HasA protein | |||||||||
試料 |
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生物種 | Serratia marcescens (霊菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Prochnicka-Chalufour A / Wojtowicz H / Pehau-Arnaudet G / Gubellini F / Fronzes R / Izadi-Pruneyre N | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochem J / 年: 2016 タイトル: Structural basis of the signalling through a bacterial membrane receptor HasR deciphered by an integrative approach. 著者: Halina Wojtowicz / Ada Prochnicka-Chalufour / Gisele Cardoso de Amorim / Olga Roudenko / Catherine Simenel / Idir Malki / Gérard Pehau-Arnaudet / Francesca Gubellini / Alexandros Koutsioubas ...著者: Halina Wojtowicz / Ada Prochnicka-Chalufour / Gisele Cardoso de Amorim / Olga Roudenko / Catherine Simenel / Idir Malki / Gérard Pehau-Arnaudet / Francesca Gubellini / Alexandros Koutsioubas / Javier Pérez / Philippe Delepelaire / Muriel Delepierre / Rémi Fronzes / Nadia Izadi-Pruneyre / 要旨: Bacteria use diverse signalling pathways to adapt gene expression to external stimuli. In Gram-negative bacteria, the binding of scarce nutrients to membrane transporters triggers a signalling ...Bacteria use diverse signalling pathways to adapt gene expression to external stimuli. In Gram-negative bacteria, the binding of scarce nutrients to membrane transporters triggers a signalling process that up-regulates the expression of genes of various functions, from uptake of nutrient to production of virulence factors. Although proteins involved in this process have been identified, signal transduction through this family of transporters is not well understood. In the present study, using an integrative approach (EM, SAXS, X-ray crystallography and NMR), we have studied the structure of the haem transporter HasR captured in two stages of the signalling process, i.e. before and after the arrival of signalling activators (haem and its carrier protein). We show for the first time that the HasR domain responsible for signal transfer: (i) is highly flexible in two stages of signalling; (ii) extends into the periplasm at approximately 70-90 Å (1 Å=0.1 nm) from the HasR β-barrel; and (iii) exhibits local conformational changes in response to the arrival of signalling activators. These features would favour the signal transfer from HasR to its cytoplasmic membrane partners. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4187.map.gz | 14.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4187-v30.xml emd-4187.xml | 11 KB 11 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4187.png | 28.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4187 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4187 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4187_validation.pdf.gz | 198.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4187_full_validation.pdf.gz | 197.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4187_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4187 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4187 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4187.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | the complex of HasR receptor with heme and HasA protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : complex of HasR receptor with its hemophore HasA and heme
全体 | 名称: complex of HasR receptor with its hemophore HasA and heme |
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要素 |
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-超分子 #1: complex of HasR receptor with its hemophore HasA and heme
超分子 | 名称: complex of HasR receptor with its hemophore HasA and heme タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: An amphipol corona covers the membrane embedded part of the complex |
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由来(天然) | 生物種: Serratia marcescens (霊菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 1.14 MDa |
-分子 #1: HasR in complex with HasA and heme
分子 | 名称: HasR in complex with HasA and heme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: HasR: residues 1-865 HasA: residues 866-1071 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: AQAEASSAQA AQQKNFNIAA QPLQSAMLRF AEQAGMQVFF DEVKLDGMQA AALNGSMSVE QGLRRLIGGN PVAFRLQPQG QIVLSRLPTA NGDGGALALD SLTVLGAGGN NANDWVYDEP RSVSVISREQ MDNRPARHAA DILEQTTGAY SSVSQQDPAL SVNIRGIQDY ...文字列: AQAEASSAQA AQQKNFNIAA QPLQSAMLRF AEQAGMQVFF DEVKLDGMQA AALNGSMSVE QGLRRLIGGN PVAFRLQPQG QIVLSRLPTA NGDGGALALD SLTVLGAGGN NANDWVYDEP RSVSVISREQ MDNRPARHAA DILEQTTGAY SSVSQQDPAL SVNIRGIQDY GRVNMNIDGM RQNFQKSGHG QRNGTMYIDS ELLSGVTIDK GTTGGMGSAG TLGGIATFNT VSASDFLAPG KELGGKLHAS TGDNGTHFIG SGILALGNET GDILLAASER HLGDYWPGNK GDIGNIRINN DTGNYDRYAE SIKNNKIPDT HYRMHSRLAK VGWNLPANQR LQLSYLQTQT ASPIAGTLTN LGTRPPYELG WKRTGYTDVM ARNAAFDYSL APEDVDWLDF QAKLYYVDTQ DDSDTYSTSS LLDNGYATRT RLRTYGAQAQ NTSRFSLAPG HDFRANYGLE FYYDKATSDS SRQGMEGVTA GNRSVASLFA NLTYDYDGWL TLEGGLRYDR YRLRGQTGLS YPDLAKDGQR YTIDNPCKAL RLTGCSTTTR EDWDVDRDQG KLSPTLAVAV RPGVEWLELY TTYGKSWRPP AITETLTNGS AHSSSTQYPN PFLQPERSRA WEVGFNVQQP DLWFEGDRLV AKVAYFDTKV DNYINLAIDR NKPGLVQPSI GNAAYVNNLS KTRFRGLEYQ LNYDAGVFYA DLTYTHMIGK NEFCSNKAWL GGRLRYGDGS RRGNFYVEPD AASNDFVTCD GGTQFGSAAY LPGDRGSVTL GGRAFDRKLD AGVTVRFAPG YQDSSVPSNY PYLADWPKYT LFDLYASYKL TDSLTLRGSV ENLTNRAYVV SYGETLANTL GRGRTVQGGV EYRF MRGSH HHHHHGIRMR ARYPAFSVNY DSSFGGYSIH DYLGQWASTF GDVNHTNGNV TDANSGGFYG GSLSGSQYAI SSTANQVTAF VAGGNLTYTL FNEPAHTLYG QLDSLSFGDG LSGGDTSPYS IQVPDVSFGG LNLSSLQAQG HDGVVHQVVY GLMSGDTGAL ETALNGILDD YGLSVNSTFD QVAAATAVGV QHADSPELLA A |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |