[日本語] English
万見
- EMDB-41821: Plasmodium falciparum gametocyte surface protein Pfs48/45 in comp... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41821
タイトルPlasmodium falciparum gametocyte surface protein Pfs48/45 in complex with neutralizing antibodies
マップデータcryoEM map of Pfs48/45-TB31F-RUPA44-RUPA58-RUPA154 complex
試料
  • 複合体: complex of Pfs48/45-TB31F-RUPA44-RUPA58-RUPA154
    • タンパク質・ペプチド: Pfs48/45- scTB31F
    • タンパク質・ペプチド: RUPA154 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: RUPA154 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: RUPA58 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: RUPA58 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: RUPA44 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: RUPA44 Fab Light Chain
キーワードtransmission blocking vaccine / antibody / malaria / cryoEM / CELL INVASION
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) / Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Kucharska I / Hailemariam S / Ivanochko D / Rubinstein J / Julien JP
資金援助 カナダ, オランダ, 8件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
CIFAR Azrieli Global Scholars カナダ
Ontario Early Researcher Awards カナダ
Canada Research Chairs カナダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)192.061 オランダ
Other governmentCanada Graduate Scholarships Doctoral Award
Canada Foundation for Innovation カナダ
Ontario Research Fund カナダ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structural elucidation of full-length Pfs48/45 in complex with potent monoclonal antibodies isolated from a naturally exposed individual.
著者: Iga Kucharska / Danton Ivanochko / Sophia Hailemariam / Maartje R Inklaar / Hee Ryung Kim / Karina Teelen / Rianne Stoter / Marga van de Vegte-Bolmer / Geert-Jan van Gemert / Anthony Semesi / ...著者: Iga Kucharska / Danton Ivanochko / Sophia Hailemariam / Maartje R Inklaar / Hee Ryung Kim / Karina Teelen / Rianne Stoter / Marga van de Vegte-Bolmer / Geert-Jan van Gemert / Anthony Semesi / Brandon McLeod / Ahyoung Ki / Won-Kyu Lee / John L Rubinstein / Matthijs M Jore / Jean-Philippe Julien /
要旨: Biomedical interventions that block the transmission of Plasmodium falciparum (Pf) from humans to mosquitoes may be critical for malaria elimination. Pfs48/45, a gamete-surface protein essential for ...Biomedical interventions that block the transmission of Plasmodium falciparum (Pf) from humans to mosquitoes may be critical for malaria elimination. Pfs48/45, a gamete-surface protein essential for Pf development in the mosquito midgut, is a target of clinical-stage transmission-blocking vaccines and monoclonal antibodies (mAbs) that disrupt Pf transmission to mosquitoes. Antibodies directed to domain 3 of Pfs48/45 have been structurally and functionally described; however, in-depth information about other inhibitory epitopes on Pfs48/45 is currently limited. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of full-length Pfs48/45 in complex with potent human mAbs targeting all three domains. Our data indicate that although Pfs48/45 domains 1 and 2 are rigidly coupled, there is substantial conformational flexibility between domains 2 and 3. Characterization of mAbs against domain 1 revealed the presence of a conformational epitope class that is largely conserved across Pf field isolates and is associated with recognition by potent antibodies. Our study provides insights into epitopes across full-length Pfs48/45 and has implications for the design of next-generation malaria interventions.
履歴
登録2023年9月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41821.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryoEM map of Pfs48/45-TB31F-RUPA44-RUPA58-RUPA154 complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.5
最小 - 最大-0.26868752 - 20.423639999999999
平均 (標準偏差)0.027814917 (±0.4553505)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 329.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : complex of Pfs48/45-TB31F-RUPA44-RUPA58-RUPA154

全体名称: complex of Pfs48/45-TB31F-RUPA44-RUPA58-RUPA154
要素
  • 複合体: complex of Pfs48/45-TB31F-RUPA44-RUPA58-RUPA154
    • タンパク質・ペプチド: Pfs48/45- scTB31F
    • タンパク質・ペプチド: RUPA154 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: RUPA154 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: RUPA58 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: RUPA58 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: RUPA44 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: RUPA44 Fab Light Chain

-
超分子 #1: complex of Pfs48/45-TB31F-RUPA44-RUPA58-RUPA154

超分子名称: complex of Pfs48/45-TB31F-RUPA44-RUPA58-RUPA154 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

-
分子 #1: Pfs48/45- scTB31F

分子名称: Pfs48/45- scTB31F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NNDFCKPSSL NSEISGFIGY KCNFSNEGVH NLKPDMRERR SIFCTIHSYF IYDKIRLIIP KKSSSPEFKI LPEKCFQKVY TDYENRVET DISELGLIEY EIEENDTNPN YNERTITISP FSPKDIEFFC FCDNTEKVIS SIEGRSAMVH VRVLKYPHNI L FTNLTNDL ...文字列:
NNDFCKPSSL NSEISGFIGY KCNFSNEGVH NLKPDMRERR SIFCTIHSYF IYDKIRLIIP KKSSSPEFKI LPEKCFQKVY TDYENRVET DISELGLIEY EIEENDTNPN YNERTITISP FSPKDIEFFC FCDNTEKVIS SIEGRSAMVH VRVLKYPHNI L FTNLTNDL FTYLPKTYNE SNFVSNVLEV ELNDGELFVL ACELINKKCF QEGKEKALYK SNKIIYHKNL TIFKAPFYVT SK DVNTECT CKFKNNNYKI VLKPKYEKKV IHGCNFSSNV SSKYTFTDSL DISLVDDSAH ISCNVHLSEP KYNHLVGLNC PGD IIPDCF FQVYQPEREE LEPSNIVYLS SQINIGDIEY YEDAEGDDKI KLFLIVGSVP KTTSFTCICK KDKKSAYMTV TIDS AGGSG GSGGSGGSGG SGGSGGSEVQ LVQSGGGLVQ PGGSLRLSCA ASGFTFNNYW MSWVRQAPGK GLEWVSSISN IGGTI YYPD SVKGRFTISR DNSKNTLYLQ MNSLRAEDTA VYYCTRDLRM SDYFDYWGQG TMVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTS GGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKKVE PK SCGGGGSGGG GSGGGGSGGG GSGGGGSGGG GSGGGGSGGG GSGGGGSGGG GSGGGGSGGG GSGGGGSGGG GSNFMLTQ P HSVSESPGKT VTISCTRSTG NIGSNYVSWY QQRPGSSPTT VIYRDDQRPS GVPDRFSGSI DRSSNSASLT ISGLKTEDE ADYYCHSYST GMYIFGGGTK LTVLGQPKAA PSVTLFPPSS EELQANKATL VCLISDFYPG AVTVAWKADS SPVKAGVETT TPSKQSNNK YAASSYLSLT PEQWKSHRSY SCQVTHEGST VEKTVAPTEC SGTKHHHHHH

-
分子 #3: RUPA154 Fab Heavy Chain

分子名称: RUPA154 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VRKPGASVKV SCRTSGYTFT DYYMHWVRQA PGEGLEWMGS INPKSGGTSY AERFQGRVTM TMETSVSTAY LDLSSLRSD DTAVYYCARL LYSRAVYYYG MDVWGQGTTV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
QVQLVQSGAE VRKPGASVKV SCRTSGYTFT DYYMHWVRQA PGEGLEWMGS INPKSGGTSY AERFQGRVTM TMETSVSTAY LDLSSLRSD DTAVYYCARL LYSRAVYYYG MDVWGQGTTV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSC

-
分子 #4: RUPA154 Fab Light Chain

分子名称: RUPA154 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: IQMTQSPSSL SASVGDRVTI TCRASQIIST YLNWYQHKPG KAPKLLIKSA STLQSGVPSR FSGSGSGTDF TLTITSLQPE DFATFYCQQ SYRDPITFGQ GTRLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
IQMTQSPSSL SASVGDRVTI TCRASQIIST YLNWYQHKPG KAPKLLIKSA STLQSGVPSR FSGSGSGTDF TLTITSLQPE DFATFYCQQ SYRDPITFGQ GTRLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

-
分子 #5: RUPA58 Fab Heavy Chain

分子名称: RUPA58 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGPE AKKPGASVKV SCQASGYPFS GYYMHWLRQA PGQGLEWMGW MNPNSGGTKY AQRFQGRVTM TRDTSISTAH MELRGLRSDD TAVYYCARDY CTGSSCYRTD YDYWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP VTVSWNSGAL ...文字列:
QVQLVQSGPE AKKPGASVKV SCQASGYPFS GYYMHWLRQA PGQGLEWMGW MNPNSGGTKY AQRFQGRVTM TRDTSISTAH MELRGLRSDD TAVYYCARDY CTGSSCYRTD YDYWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSC

-
分子 #6: RUPA58 Fab Light Chain

分子名称: RUPA58 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: IQMTQSPSSL SASVGDRVTI TCRASQIIST YLNWYQHKPG KAPKLLIKSA STLQSGVPSR FSGSGSGTDF TLTITSLQPE DFATFYCQQ SYRDPITFGQ GTRLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
IQMTQSPSSL SASVGDRVTI TCRASQIIST YLNWYQHKPG KAPKLLIKSA STLQSGVPSR FSGSGSGTDF TLTITSLQPE DFATFYCQQ SYRDPITFGQ GTRLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

-
分子 #7: RUPA44 Fab Heavy Chain

分子名称: RUPA44 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QLQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGGSIS RSPYYWGWIR QPPGKGLEWF GSIYNNGSTY YNPPLKSRLT ISVDTSKNQF SLKLSSVTAA DTAVYYCARH GGSTGMKVVV IAPPDYWGQG TLVTVSS AS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN ...文字列:
QLQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGGSIS RSPYYWGWIR QPPGKGLEWF GSIYNNGSTY YNPPLKSRLT ISVDTSKNQF SLKLSSVTAA DTAVYYCARH GGSTGMKVVV IAPPDYWGQG TLVTVSS AS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKKVEPKS C

-
分子 #8: RUPA44 Fab Light Chain

分子名称: RUPA44 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPAT LSASVGDRVT ITCRASQSIS SWLAWYQQKP GEAPKLLIYK ASSLQSGVPS RFSGSGSGTK FSLTISSLQP DDFATFYCQQ YHSYPYTFGQ GTKLEIK RT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK ...文字列:
DIQMTQSPAT LSASVGDRVT ITCRASQSIS SWLAWYQQKP GEAPKLLIYK ASSLQSGVPS RFSGSGSGTK FSLTISSLQP DDFATFYCQQ YHSYPYTFGQ GTKLEIK RT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
50.0 mM2-Amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diolTris-buffered saline
150.0 mMNaClSodium chloride
グリッドモデル: Homemade / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: sample was frozen with Leica Automatic Plunge Freezer EM GP2.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 7744 / 平均露光時間: 8.83 sec. / 平均電子線量: 48.69 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2824624
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / 使用した粒子像数: 306744
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る