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- EMDB-41502: Structure of the human CDK8 kinase module -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41502
タイトルStructure of the human CDK8 kinase module
マップデータ
試料
  • 複合体: human CDK8 kinase module
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase 8
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-C
  • リガンド: ZINC ION
キーワードTranscription / Mediator / CDK8 / MED12 / MED13 / CKM.
機能・相同性
機能・相同性情報


axis elongation involved in somitogenesis / CKM complex / embryonic neurocranium morphogenesis / G0 to G1 transition / oligodendrocyte development / post-anal tail morphogenesis / endoderm development / embryonic brain development / mediator complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity ...axis elongation involved in somitogenesis / CKM complex / embryonic neurocranium morphogenesis / G0 to G1 transition / oligodendrocyte development / post-anal tail morphogenesis / endoderm development / embryonic brain development / mediator complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 kinase activity / Generic Transcription Pathway / triglyceride homeostasis / nuclear vitamin D receptor binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / nuclear thyroid hormone receptor binding / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / spinal cord development / RSV-host interactions / somatic stem cell population maintenance / negative regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / ubiquitin ligase complex / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Schwann cell development / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cholesterol homeostasis / transcription coregulator activity / neural tube closure / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / PPARA activates gene expression / beta-catenin binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / ubiquitin protein ligase activity / heart development / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / transcription coactivator activity / protein kinase activity / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Mediator complex, subunit Med12, catenin-binding / Mediator complex, subunit Med12, LCEWAV-domain / : / Eukaryotic Mediator 12 catenin-binding domain / Eukaryotic Mediator 12 subunit domain / Mediator complex, subunit Med12 / MID domain of medPIWI / Transcription mediator complex subunit Med12 / MID domain of medPIWI / Transcription mediator complex subunit Med12 ...Mediator complex, subunit Med12, catenin-binding / Mediator complex, subunit Med12, LCEWAV-domain / : / Eukaryotic Mediator 12 catenin-binding domain / Eukaryotic Mediator 12 subunit domain / Mediator complex, subunit Med12 / MID domain of medPIWI / Transcription mediator complex subunit Med12 / MID domain of medPIWI / Transcription mediator complex subunit Med12 / Mediator complex subunit Med13, C-terminal / : / Mediator complex subunit 13 C-terminal domain / Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-C / Cyclin-dependent kinase 8 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Chen SF / Chao TC / Kim HJ / Tang HC / Khadka S / Li T / Murakami K / Boyer TG / Tsai KL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Structural basis of the human transcriptional Mediator regulated by its dissociable kinase module.
著者: Ti-Chun Chao / Shin-Fu Chen / Hee Jong Kim / Hui-Chi Tang / Hsiang-Ching Tseng / An Xu / Leon Palao / Subash Khadka / Tao Li / Mo-Fan Huang / Dung-Fang Lee / Kenji Murakami / Thomas G Boyer / Kuang-Lei Tsai /
要旨: The eukaryotic transcriptional Mediator comprises a large core (cMED) and a dissociable CDK8 kinase module (CKM). cMED recruits RNA polymerase II (RNA Pol II) and promotes pre-initiation complex ...The eukaryotic transcriptional Mediator comprises a large core (cMED) and a dissociable CDK8 kinase module (CKM). cMED recruits RNA polymerase II (RNA Pol II) and promotes pre-initiation complex formation in a manner repressed by the CKM through mechanisms presently unknown. Herein, we report cryoelectron microscopy structures of the complete human Mediator and its CKM. The CKM binds to multiple regions on cMED through both MED12 and MED13, including a large intrinsically disordered region (IDR) in the latter. MED12 and MED13 together anchor the CKM to the cMED hook, positioning CDK8 downstream and proximal to the transcription start site. Notably, the MED13 IDR obstructs the recruitment of RNA Pol II/MED26 onto cMED by direct occlusion of their respective binding sites, leading to functional repression of cMED-dependent transcription. Combined with biochemical and functional analyses, these structures provide a conserved mechanistic framework to explain the basis for CKM-mediated repression of cMED function.
履歴
登録2023年8月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月9日-
マップ公開2024年10月9日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41502.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41502.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 352 pix.
= 376.675 Å		1.07 Å/pix.
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= 376.675 Å		1.07 Å/pix.
x 352 pix.
= 376.675 Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0701 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0115
最小 - 最大-0.047040742 - 0.09838468
平均 (標準偏差)0.00007991853 (±0.0024259202)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 376.67517 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41502_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41502_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human CDK8 kinase module

全体名称: human CDK8 kinase module
要素
  • 複合体: human CDK8 kinase module
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase 8
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-C
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: human CDK8 kinase module

超分子名称: human CDK8 kinase module / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 243.354891 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MAAFGILSYE HRPLKRPRLG PPDVYPQDPK QKEDELTALN VKQGFNNQPA VSGDEHGSAK NVSFNPAKIS SNFSSIIAEK LRCNTLPDT GRRKPQVNQK DNFWLVTARS QSAINTWFTD LAGTKPLTQL AKKVPIFSKK EEVFGYLAKY TVPVMRAAWL I KMTCAYYA ...文字列:
MAAFGILSYE HRPLKRPRLG PPDVYPQDPK QKEDELTALN VKQGFNNQPA VSGDEHGSAK NVSFNPAKIS SNFSSIIAEK LRCNTLPDT GRRKPQVNQK DNFWLVTARS QSAINTWFTD LAGTKPLTQL AKKVPIFSKK EEVFGYLAKY TVPVMRAAWL I KMTCAYYA AISETKVKKR HVDPFMEWTQ IITKYLWEQL QKMAEYYRPG PAGSGGCGST IGPLPHDVEV AIRQWDYTEK LA MFMFQDG MLDRHEFLTW VLECFEKIRP GEDELLKLLL PLLLRYSGEF VQSAYLSRRL AYFCTRRLAL QLDGVSSHSS HVI SAQSTS TLPTTPAPQP PTSSTPSTPF SDLLMCPQHR PLVFGLSCIL QTILLCCPSA LVWHYSLTDS RIKTGSPLDH LPIA PSNLP MPEGNSAFTQ QVRAKLREIE QQIKERGQAV EVRWSFDKCQ EATAGFTIGR VLHTLEVLDS HSFERSDFSN SLDSL CNRI FGLGPSKDGH EISSDDDAVV SLLCEWAVSC KRSGRHRAMV VAKLLEKRQA EIEAERCGES EAADEKGSIA SGSLSA PSA PIFQDVLLQF LDTQAPMLTD PRSESERVEF FNLVLLFCEL IRHDVFSHNM YTCTLISRGD LAFGAPGPRP PSPFDDP AD DPEHKEAEGS SSSKLEDPGL SESMDIDPSS SVLFEDMEKP DFSLFSPTMP CEGKGSPSPE KPDVEKEVKP PPKEKIEG T LGVLYDQPRH VQYATHFPIP QEESCSHECN QRLVVLFGVG KQRDDARHAI KKITKDILKV LNRKGTAETD QLAPIVPLN PGDLTFLGGE DGQKRRRNRP EAFPTAEDIF AKFQHLSHYD QHQVTAQVSR NVLEQITSFA LGMSYHLPLV QHVQFIFDLM EYSLSISGL IDFAIQLLNE LSVVEAELLL KSSDLVGSYT TSLCLCIVAV LRHYHACLIL NQDQMAQVFE GLCGVVKHGM N RSDGSSAE RCILAYLYDL YTSCSHLKNK FGELFSDFCS KVKNTIYCNV EPSESNMRWA PEFMIDTLEN PAAHTFTYTG LG KSLSENP ANRYSFVCNA LMHVCVGHHD PDRVNDIAIL CAELTGYCKS LSAEWLGVLK ALCCSSNNGT CGFNDLLCNV DVS DLSFHD SLATFVAILI ARQCLLLEDL IRCAAIPSLL NAACSEQDSE PGARLTCRIL LHLFKTPQLN PCQSDGNKPT VGIR SSCDR HLLAASQNRI VDGAVFAVLK AVFVLGDAEL KGSGFTVTGG TEELPEEEGG GGSGGRRQGG RNISVETASL DVYAK YVLR SICQQEWVGE RCLKSLCEDS NDLQDPVLSS AQAQRLMQLI CYPHRLLDNE DGENPQRQRI KRILQNLDQW TMRQSS LEL QLMIKQTPNN EMNSLLENIA KATIEVFQQS AETGSSSGST ASNMPSSSKT KPVLSSLERS GVWLVAPLIA KLPTSVQ GH VLKAAGEELE KGQHLGSSSR KERDRQKQKS MSLLSQQPFL SLVLTCLKGQ DEQREGLLTS LYSQVHQIVN NWRDDQYL D DCKPKQLMHE ALKLRLNLVG GMFDTVQRST QQTTEWAMLL LEIIISGTVD MQSNNELFTT VLDMLSVLIN GTLAADMSS ISQGSMEENK RAYMNLAKKL QKELGERQSD SLEKVRQLLP LPKQTRDVIT CEPQGSLIDT KGNKIAGFDS IFKKEGLQVS TKQKISPWD LFEGLKPSAP LSWGWFGTVR VDRRVARGEE QQRLLLYHTH LRPRPRAYYL EPLPLPPEDE EPPAPTLLEP E KKAPEPPK TDKPGAAPPS TEERKKKSTK GKKRSQPATK TEDYGMGPGR SGPYGVTVPP DLLHHPNPGS ITHLNYRQGS IG LYTQNQP LPAGGPRVDP YRPVRLPMQK LPTRPTYPGV LPTTMTGVMG LEPSSYKTSV YRQQQPAVPQ GQRLRQQLQQ SQG MLGQSS VHQMTPSSSY GLQTSQGYTP YVSHVGLQQH TGPAGTMVPP SYSSQPYQST HPSTNPTLVD PTRHLQQRPS GYVH QQAPT YGHGLTSTQR FSHQTLQQTP MISTMTPMSA QGVQAGVRST AILPEQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QYHIR QQQQ QQILRQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QHQQQQQQQA APPQPQPQSQ PQFQRQGLQQ TQQQQQTAAL VRQLQQ QLS NTQPQPSTNI FGRY

UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12

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分子 #2: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 239.535906 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MSASFVPNGA SLEDCHCNLF CLADLTGIKW KKYVWQGPTS APILFPVTEE DPILSSFSRC LKADVLGVWR RDQRPGRREL WIFWWGEDP SFADLIHHDL SEEEDGVWEN GLSYECRTLL FKAVHNLLER CLMNRNFVRI GKWFVKPYEK DEKPINKSEH L SCSFTFFL ...文字列:
MSASFVPNGA SLEDCHCNLF CLADLTGIKW KKYVWQGPTS APILFPVTEE DPILSSFSRC LKADVLGVWR RDQRPGRREL WIFWWGEDP SFADLIHHDL SEEEDGVWEN GLSYECRTLL FKAVHNLLER CLMNRNFVRI GKWFVKPYEK DEKPINKSEH L SCSFTFFL HGDSNVCTSV EINQHQPVYL LSEEHITLAQ QSNSPFQVIL CPFGLNGTLT GQAFKMSDSA TKKLIGEWKQ FY PISCCLK EMSEEKQEDM DWEDDSLAAV EVLVAGVRMI YPACFVLVPQ SDIPTPSPVG STHCSSSCLG VHQVPASTRD PAM SSVTLT PPTSPEEVQT VDPQSVQKWV KFSSVSDGFN SDSTSHHGGK IPRKLANHVV DRVWQECNMN RAQNKRKYSA SSGG LCEEA TAAKVASWDF VEATQRTNCS CLRHKNLKSR NAGQQGQAPS LGQQQQILPK HKTNEKQEKS EKPQKRPLTP FHHRV SVSD DVGMDADSAS QRLVISAPDS QVRFSNIRTN DVAKTPQMHG TEMANSPQPP PLSPHPCDVV DEGVTKTPST PQSQHF YQM PTPDPLVPSK PMEDRIDSLS QSFPPQYQEA VEPTVYVGTA VNLEEDEANI AWKYYKFPKK KDVEFLPPQL PSDKFKD DP VGPFGQESVT SVTELMVQCK KPLKVSDELV QQYQIKNQCL SAIASDAEQE PKIDPYAFVE GDEEFLFPDK KDRQNSER E AGKKHKVEDG TSSVTVLSHE EDAMSLFSPS IKQDAPRPTS HARPPSTSLI YDSDLAVSYT DLDNLFNSDE DELTPGSKK SANGSDDKAS CKESKTGNLD PLSCISTADL HKMYPTPPSL EQHIMGFSPM NMNNKEYGSM DTTPGGTVLE GNSSSIGAQF KIEVDEGFC SPKPSEIKDF SYVYKPENCQ ILVGCSMFAP LKTLPSQYLP PIKLPEECIY RQSWTVGKLE LLSSGPSMPF I KEGDGSNM DQEYGTAYTP QTHTSFGMPP SSAPPSNSGA GILPSPSTPR FPTPRTPRTP RTPRGAGGPA SAQGSVKYEN SD LYSPAST PSTCRPLNSV EPATVPSIPE AHSLYVNLIL SESVMNLFKD CNFDSCCICV CNMNIKGADV GVYIPDPTQE AQY RCTCGF SAVMNRKFGN NSGLFLEDEL DIIGRNTDCG KEAEKRFEAL RATSAEHVNG GLKESEKLSD DLILLLQDQC TNLF SPFGA ADQDPFPKSG VISNWVRVEE RDCCNDCYLA LEHGRQFMDN MSGGKVDEAL VKSSCLHPWS KRNDVSMQCS QDILR MLLS LQPVLQDAIQ KKRTVRPWGV QGPLTWQQFH KMAGRGSYGT DESPEPLPIP TFLLGYDYDY LVLSPFALPY WERLML EPY GSQRDIAYVV LCPENEALLN GAKSFFRDLT AIYESCRLGQ HRPVSRLLTD GIMRVGSTAS KKLSEKLVAE WFSQAAD GN NEAFSKLKLY AQVCRYDLGP YLASLPLDSS LLSQPNLVAP TSQSLITPPQ MTNTGNANTP SATLASAASS TMTVTSGV A ISTSVATANS TLTTASTSSS SSSNLNSGVS SNKLPSFPPF GSMNSNAAGS MSTQANTVQS GQLGGQQTSA LQTAGISGE SSSLPTQPHP DVSESTMDRD KVGIPTDGDS HAVTYPPAIV VYIIDPFTYE NTDESTNSSS VWTLGLLRCF LEMVQTLPPH IKSTVSVQI IPCQYLLQPV KHEDREIYPQ HLKSLAFSAF TQCRRPLPTS TNVKTLTGFG PGLAMETALR SPDRPECIRL Y APPFILAP VKDKQTELGE TFGEAGQKYN VLFVGYCLSH DQRWILASCT DLYGELLETC IINIDVPNRA RRKKSSARKF GL QKLWEWC LGLVQMSSLP WRVVIGRLGR IGHGELKDWS CLLSRRNLQS LSKRLKDMCR MCGISAADSP SILSACLVAM EPQ GSFVIM PDSVSTGSVF GRSTTLNMQT SQLNTPQDTS CTHILVFPTS ASVQVASATY TTENLDLAFN PNNDGADGMG IFDL LDTGD DLDPDIINIL PASPTGSPVH SPGSHYPHGG DAGKGQSTDR LLSTEPHEEV PNILQQPLAL GYFVSTAKAG PLPDW FWSA CPQAQYQCPL FLKASLHLHV PSVQSDELLH SKHSHPLDSN QTSDVLRFVL EQYNALSWLT CDPATQDRRS CLPIHF VVL NQLYNFIMNM L

UniProtKB: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13

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分子 #3: Cyclin-dependent kinase 8

分子名称: Cyclin-dependent kinase 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 53.368668 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MDYDFKVKLS SERERVEDLF EYEGCKVGRG TYGHVYKAKR KDGKDDKDYA LKQIEGTGIS MSACREIALL RELKHPNVIS LQKVFLSHA DRKVWLLFDY AEHDLWHIIK FHRASKANKK PVQLPRGMVK SLLYQILDGI HYLHANWVLH RDLKPANILV M GEGPERGR ...文字列:
MDYDFKVKLS SERERVEDLF EYEGCKVGRG TYGHVYKAKR KDGKDDKDYA LKQIEGTGIS MSACREIALL RELKHPNVIS LQKVFLSHA DRKVWLLFDY AEHDLWHIIK FHRASKANKK PVQLPRGMVK SLLYQILDGI HYLHANWVLH RDLKPANILV M GEGPERGR VKIADMGFAR LFNSPLKPLA DLDPVVVTFW YRAPELLLGA RHYTKAIDIW AIGCIFAELL TSEPIFHCRQ ED IKTSNPY HHDQLDRIFN VMGFPADKDW EDIKKMPEHS TLMKDFRRNT YTNCSLIKYM EKHKVKPDSK AFHLLQKLLT MDP IKRITS EQAMQDPYFL EDPLPTSDVF AGCQIPYPKR EFLTEEEPDD KGDKKNQQQQ QGNNHTNGTG HPGNQDSSHT QGPP LKKVR VVPPTTTSGG LIMTSDYQRS NPHAAYPNPG PSTSQPQSSM GYSATSQQPP QYSHQTHRY

UniProtKB: Cyclin-dependent kinase 8

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分子 #4: Cyclin-C

分子名称: Cyclin-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.279691 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MAGNFWQSSH YLQWILDKQD LLKERQKDLK FLSEEEYWKL QIFFTNVIQA LGEHLKLRQQ VIATATVYFK RFYARYSLKS IDPVLMAPT CVFLASKVEE FGVVSNTRLI AAATSVLKTR FSYAFPKEFP YRMNHILECE FYLLELMDCC LIVYHPYRPL L QYVQDMGQ ...文字列:
MAGNFWQSSH YLQWILDKQD LLKERQKDLK FLSEEEYWKL QIFFTNVIQA LGEHLKLRQQ VIATATVYFK RFYARYSLKS IDPVLMAPT CVFLASKVEE FGVVSNTRLI AAATSVLKTR FSYAFPKEFP YRMNHILECE FYLLELMDCC LIVYHPYRPL L QYVQDMGQ EDMLLPLAWR IVNDTYRTDL CLLYPPFMIA LACLHVACVV QQKDARQWFA ELSVDMEKIL EIIRVILKLY EQ WKNFDER KEMATILSKM PKPKPPPNSE GEQGPNGSQN SSYSQS

UniProtKB: Cyclin-C

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 122015
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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