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- EMDB-41495: Crosslinked 6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS) Module 3 in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41495
タイトルCrosslinked 6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS) Module 3 in complex with antibody fragment 1B2: cis-oriented 1B2 and ACP
マップデータ
試料
  • 複合体: Crosslinked DEBS Module 3 in complex with Antibody Fragment 1B2
    • タンパク質・ペプチド: EryAII,EryAII,EryAII,EryAII,6-deoxyerythronolide-B synthase EryA3, modules 5 and 6
    • タンパク質・ペプチド: Antibody Fragment 1B2, Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Antibody Fragment 1B2, Light Chain
キーワードpolyketide synthase / antibody / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


macrolide biosynthetic process / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Erythronolide synthase, docking / Erythronolide synthase, docking domain superfamily / Erythronolide synthase, docking / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain ...Erythronolide synthase, docking / Erythronolide synthase, docking domain superfamily / Erythronolide synthase, docking / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / PKS_KR / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharopolyspora erythraea (バクテリア) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Cogan DP / Soohoo AM / Chen M / Brodsky KL / Liu Y / Khosla C
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM141799 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136039 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM129541 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1656518 米国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Structural basis for intermodular communication in assembly-line polyketide biosynthesis.
著者: Dillon P Cogan / Alexander M Soohoo / Muyuan Chen / Yan Liu / Krystal L Brodsky / Chaitan Khosla /
要旨: Assembly-line polyketide synthases (PKSs) are modular multi-enzyme systems with considerable potential for genetic reprogramming. Understanding how they selectively transport biosynthetic ...Assembly-line polyketide synthases (PKSs) are modular multi-enzyme systems with considerable potential for genetic reprogramming. Understanding how they selectively transport biosynthetic intermediates along a defined sequence of active sites could be harnessed to rationally alter PKS product structures. To investigate functional interactions between PKS catalytic and substrate acyl carrier protein (ACP) domains, we employed a bifunctional reagent to crosslink transient domain-domain interfaces of a prototypical assembly line, the 6-deoxyerythronolide B synthase, and resolved their structures by single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM). Together with statistical per-particle image analysis of cryo-EM data, we uncovered interactions between ketosynthase (KS) and ACP domains that discriminate between intra-modular and inter-modular communication while reinforcing the relevance of conformational asymmetry during the catalytic cycle. Our findings provide a foundation for the structure-based design of hybrid PKSs comprising biosynthetic modules from different naturally occurring assembly lines.
履歴
登録2023年8月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月7日-
マップ公開2024年8月7日-
更新2024年9月4日-
現状2024年9月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41495.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41495.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.26 Å/pix.
x 448 pix.
= 563.136 Å		1.26 Å/pix.
x 448 pix.
= 563.136 Å		1.26 Å/pix.
x 448 pix.
= 563.136 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.257 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.745
最小 - 最大-0.62858427 - 2.3664465
平均 (標準偏差)0.00012603885 (±0.043365337)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 563.136 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41495_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41495_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Crosslinked DEBS Module 3 in complex with Antibody Fragment 1B2

全体名称: Crosslinked DEBS Module 3 in complex with Antibody Fragment 1B2
要素
  • 複合体: Crosslinked DEBS Module 3 in complex with Antibody Fragment 1B2
    • タンパク質・ペプチド: EryAII,EryAII,EryAII,EryAII,6-deoxyerythronolide-B synthase EryA3, modules 5 and 6
    • タンパク質・ペプチド: Antibody Fragment 1B2, Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Antibody Fragment 1B2, Light Chain

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超分子 #1: Crosslinked DEBS Module 3 in complex with Antibody Fragment 1B2

超分子名称: Crosslinked DEBS Module 3 in complex with Antibody Fragment 1B2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
分子量理論値: 420 KDa

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分子 #1: EryAII,EryAII,EryAII,EryAII,6-deoxyerythronolide-B synthase EryA3...

分子名称: EryAII,EryAII,EryAII,EryAII,6-deoxyerythronolide-B synthase EryA3, modules 5 and 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 6-deoxyerythronolide-B synthase
由来(天然)生物種: Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
分子量理論値: 186.489578 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MASTDSEKVA EYLRRATLDL RAARQRIREL ESDPIAIVSM ACRLPGGVNT PQRLWELLRE GGETLSGFPT DRGWDLARLH HPDPDNPGT SYVDKGGFLD DAAGFDAEFF GVSPREAAAM DPQQRLLLET SWELVENAGI DPHSLRGTAT GVFLGVAKFG Y GEDTAAAE ...文字列:
MASTDSEKVA EYLRRATLDL RAARQRIREL ESDPIAIVSM ACRLPGGVNT PQRLWELLRE GGETLSGFPT DRGWDLARLH HPDPDNPGT SYVDKGGFLD DAAGFDAEFF GVSPREAAAM DPQQRLLLET SWELVENAGI DPHSLRGTAT GVFLGVAKFG Y GEDTAAAE DVEGYSVTGV APAVASGRIS YTMGLEGPSI SVDTACSSSL VALHLAVESL RKGESSMAVV GGAAVMATPG VF VDFSRQR ALAADGRSKA FGAGADGFGF SEGVTLVLLE RLSEARRNGH EVLAVVRGSA LNQDGASNGL SAPSGPAQRR VIR QALESC GLEPGDVDAV EAHGTGTALG DPIEANALLD TYGRDRDADR PLWLGSVKSN IGHTQAAAGV TGLLKVVLAL RNGE LPATL HVEEPTPHVD WSSGGVALLA GNQPWRRGER TRRAAVSAFG ISGTNAHVIV EEAPEREHRE TTAHDGRPVP LVVSA RTTA ALRAQAAQIA ELLERPDADL AGVGLGLATT RARHEHRAAV VASTREEAVR GLREIAAGAA TADAVVEGVT EVDGRN VVF LFPGQGSQWA GMGAELLSSS PVFAGKIRAC DESMAPMQDW KVSDVLRQAP GAPGLDRVDV VQPVLFAVMV SLAELWR SY GVEPAAVVGH SQGEIAAAHV AGALTLEDAA KLVVGRSRLM RSLSGEGGMA AVALGEAAVR ERLRPWQDRL SVAAVNGP R SVVVSGEPGA LRAFSEDCAA EGIRVRDIDV DYASHSPQIE RVREELLETT GDIAPRPARV TFHSTVESRS MDGTELDAR YWYRNLRETV RFADAVTRLA ESGYDAFIEV SPHPVVVQAV EEAVEEADGA EDAVVVGSLH RDGGDLSAFL RSMATAHVSG VDIRWDVAL PGAAPFALPT YPFQRKRYWL QPAAPAAASD ELAYRVSWTP IEKPESGNLD GDWLVVTPLI SPEWTEMLCE A INANGGRA LRCEVDTSAS RTEMAQAVAQ AGTGFRGVLS LLSSDESACR PGVPAGAVGL LTLVQALGDA GVDAPVWCLT QG AVRTPAD DDLARPAQTT AHGFAQVAGL ELPGRWGGVV DLPESVDDAA LRLLVAVLRG GGRAEDHLAV RDGRLHGRRV VRA SLPQSG SRSWTPHGTV LVTGAASPVG DQLVRWLADR GAERLVLAGA CPGDDLLAAV EEAGASAVVC AQDAAALREA LGDE PVTAL VHAGTLTNFG SISEVAPEEF AETIAAKTAL LAVLDEVLGD RAVEREVYCS SVAGIWGGAG MAAYAAGSAY LDALA EHHR ARGRSCTSVA WTPWALPGGA VDDGYLRERG LRSLSADRAM RTWERVLAAG PVSVAVADVD WPVLSEGFAA TRPTAL FAE LAGRGGQAEA EPDSGPTGEP AQRLAGLSPD EQQENLLELV ANAVAEVLGH ESAAEINVRR AFSELGLD(4HH)L NAM ALRKRL SASTGLRLPA SLVFDHPTVT ALAQHTSQLD SGTPAREASS ALRDGYRQAG VSGRVRSYLD LLAGLSDFRE HFDG SDGFS LDLVDMADGP GEVTVICCAG TAAISGPHEF TRLAGALRGI APVRAVPQPG YEEGEPLPSS MAAVAAVQAD AVIRT QGDK PFVVAGHSAG ALMAYALATE LLDRGHPPRG VVLIDVYPPG HQDAMNAWLE ELTATLFDRE TVRMDDTRLT ALGAYD RLT GQWRPRETGL PTLLVSAGEP MGPWPDDSWK PTWPFEHDTV AVPGDHFTMV QEHADAIARH IDAWLGGGNS SSVDKLA AA LEHHHHHH

UniProtKB: EryAII

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分子 #2: Antibody Fragment 1B2, Heavy Chain

分子名称: Antibody Fragment 1B2, Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.447611 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAEVQLVQSG GGLVQPGRSL RLSCTASGFT FGDYAMSWVR QAPGKGLEWV GFIRSKAYGG TTEYAASVKG RFTISRDDSK SIAYLQMNS LKTEDTAVYY CTRGGTLFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
MAEVQLVQSG GGLVQPGRSL RLSCTASGFT FGDYAMSWVR QAPGKGLEWV GFIRSKAYGG TTEYAASVKG RFTISRDDSK SIAYLQMNS LKTEDTAVYY CTRGGTLFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCAALVP RGSAHHHHHH AA DYKDDDD KA

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分子 #3: Antibody Fragment 1B2, Light Chain

分子名称: Antibody Fragment 1B2, Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.715832 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: LFAIPLVVPF YSHSALDVVM TQSPLSLPVT PGEPASISCR SSQSLLHSNG YNYLDWYLQK PGQSPQLLIY LGSNRASGVP DRFSGSGSG TDFTLKISRV EAEDVGVYYC MQSLQTPRLT FGPGTKVDIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN N FYPRGAKV ...文字列:
LFAIPLVVPF YSHSALDVVM TQSPLSLPVT PGEPASISCR SSQSLLHSNG YNYLDWYLQK PGQSPQLLIY LGSNRASGVP DRFSGSGSG TDFTLKISRV EAEDVGVYYC MQSLQTPRLT FGPGTKVDIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN N FYPRGAKV QWKVDNALQS GNSQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMC6H8O7citric acid
100.0 mMNaClsodium chloride
10.0 mMC8H18N2O4SHEPES
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 11 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: 30 s glow, 10 s hold, 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10480 / 平均露光時間: 2.79 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 150.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 573745
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 59205
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 3次元分類クラス数: 8 / 平均メンバー数/クラス: 40000

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6c9u


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8tpw:
Crosslinked 6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS) Module 3 in complex with antibody fragment 1B2: cis-oriented 1B2 and ACP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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