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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41494 | ||||||||||||
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タイトル | Subtomogram averaged non-rotated 80S ribosome of the malarial 80S ribosome in Plasmodium falciparum-infected human erythrocytes | ||||||||||||
マップデータ | Plasmodium falciparum Rack1 focussed denoised | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome / malaria / cryoET / in situ / Plasmodium falciparum / TRANSLATION | ||||||||||||
生物種 | Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) | ||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Anton L / Cheng W / Zhu X / Ho CM | ||||||||||||
資金援助 | 米国, スイス, フランス, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Divergent translational landscape reflects adaptation to biased codon usage in malaria parasites 著者: Anton L / Cheng W / Haile M / Cobb DW / Zhu X / Han L / Li E / Nair A / Lee CL / Ho CM | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41494.map.gz | 65.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41494-v30.xml emd-41494.xml | 22.7 KB 22.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41494.png | 46.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41494.cif.gz | 4.1 KB | ||
その他 | emd_41494_half_map_1.map.gz emd_41494_half_map_2.map.gz | 37.7 MB 37.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41494 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41494 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41494_validation.pdf.gz | 851 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41494_full_validation.pdf.gz | 850.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41494_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41494_validation.cif.gz | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41494 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41494 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41494.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 73.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Plasmodium falciparum Rack1 focussed denoised | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.094 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Plasmodium falciparum Rack1 focussed half map 2
ファイル | emd_41494_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Plasmodium falciparum Rack1 focussed half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Plasmodium falciparum Rack1 focussed half map 1
ファイル | emd_41494_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Plasmodium falciparum Rack1 focussed half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Plasmodium falciparum 80S ribosome consensus structure
全体 | 名称: Plasmodium falciparum 80S ribosome consensus structure |
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要素 |
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-超分子 #1: Plasmodium falciparum 80S ribosome consensus structure
超分子 | 名称: Plasmodium falciparum 80S ribosome consensus structure タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#79 詳細: Subtomogram averaged consensus structure of the malarial 80S ribosome in Plasmodium falciparum-infected human erythrocytes |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 2.93 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 µm 最小 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 63941 |
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抽出 | トモグラム数: 848 / 使用した粒子像数: 129617 |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |