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- EMDB-41442: Acinetobacter GP16 Type IV pilus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41442
タイトルAcinetobacter GP16 Type IV pilus
マップデータmap
試料
  • 複合体: Acinetobacter genomosp.16 Tyoe IV pilus
    • タンパク質・ペプチド: Fimbrial protein
    • タンパク質・ペプチド: Fimbrial protein
キーワードT4P / Competence / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / pilus / cell adhesion / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial general secretion pathway protein G-type pilin / Fimbrial protein pilin / Pilin (bacterial filament) / : / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Acinetobacter genomosp. 16BJ (バクテリア)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Meng R / Xing Z / Zhang J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01GM141659 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis of Acinetobacter type IV pili targeting by an RNA virus.
著者: Ran Meng / Zhongliang Xing / Jeng-Yih Chang / Zihao Yu / Jirapat Thongchol / Wen Xiao / Yuhang Wang / Karthik Chamakura / Zhiqi Zeng / Fengbin Wang / Ry Young / Lanying Zeng / Junjie Zhang /
要旨: Acinetobacters pose a significant threat to human health, especially those with weakened immune systems. Type IV pili of acinetobacters play crucial roles in virulence and antibiotic resistance. ...Acinetobacters pose a significant threat to human health, especially those with weakened immune systems. Type IV pili of acinetobacters play crucial roles in virulence and antibiotic resistance. Single-stranded RNA bacteriophages target the bacterial retractile pili, including type IV. Our study delves into the interaction between Acinetobacter phage AP205 and type IV pili. Using cryo-electron microscopy, we solve structures of the AP205 virion with an asymmetric dimer of maturation proteins, the native Acinetobacter type IV pili bearing a distinct post-translational pilin cleavage, and the pili-bound AP205 showing its maturation proteins adapted to pilin modifications, allowing each phage to bind to one or two pili. Leveraging these results, we develop a 20-kilodalton AP205-derived protein scaffold targeting type IV pili in situ, with potential for research and diagnostics.
履歴
登録2023年8月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月6日-
マップ公開2024年3月6日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41442.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41442.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332.8 Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332.8 Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.08914391 - 0.28763655
平均 (標準偏差)0.00016636743 (±0.010421797)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 332.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: A

ファイルemd_41442_half_map_1.map
注釈A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: B

ファイルemd_41442_half_map_2.map
注釈B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Acinetobacter genomosp.16 Tyoe IV pilus

全体名称: Acinetobacter genomosp.16 Tyoe IV pilus
要素
  • 複合体: Acinetobacter genomosp.16 Tyoe IV pilus
    • タンパク質・ペプチド: Fimbrial protein
    • タンパク質・ペプチド: Fimbrial protein

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超分子 #1: Acinetobacter genomosp.16 Tyoe IV pilus

超分子名称: Acinetobacter genomosp.16 Tyoe IV pilus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Filamentous Type IV pilus
由来(天然)生物種: Acinetobacter genomosp. 16BJ (バクテリア)
分子量理論値: 11 kDa/nm

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分子 #1: Fimbrial protein

分子名称: Fimbrial protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 22 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter genomosp. 16BJ (バクテリア)
分子量理論値: 7.470747 KDa
配列文字列:
TLIELMIVVA IIGILAAIAI PQYQNYIAKS QVSRVMSETG SLKTVIETCI LDGKTAANCE LGWTNSNLLG

UniProtKB: Fimbrial protein

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分子 #2: Fimbrial protein

分子名称: Fimbrial protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 22 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter genomosp. 16BJ (バクテリア)
分子量理論値: 6.999778 KDa
配列文字列:
STAAVTGQTG LTITYPASAT ESAAIQGTFG NSAAIKIKNQ TLTWTRTPEG AWSCATTVEA KFKPAGCAS

UniProtKB: Fimbrial protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度1.35 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTris-HClTris (hydroxymethyl) aminomethane (THAM) hydrochloride
200.0 mMNaClSodium Chloride

詳細: 20mM Tris-HCl, 200mM NaCl, pH 8.0
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 100 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: 3uL sample applied to a QuantiFoil R2/1 grid.
詳細vitreous Typy IV pilus

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 倍率（公称値）: 135000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 10.0 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 92 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 900000
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-8tob:
Acinetobacter GP16 Type IV pilus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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