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基本情報
| 登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4131 | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Structure of the mammalian ribosomal termination complex with eRF1 and eRF3. | ||||||||||||
マップデータ | Postprocess, sharpened map. | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Translation / Elongation / Ribosome | ||||||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報translation termination factor activity / translation release factor complex / cytoplasmic translational termination / regulation of translational termination / translation release factor activity, codon specific / protein methylation / translation release factor activity / ribosomal subunit / sequence-specific mRNA binding / peptidyl-tRNA hydrolase activity ...translation termination factor activity / translation release factor complex / cytoplasmic translational termination / regulation of translational termination / translation release factor activity, codon specific / protein methylation / translation release factor activity / ribosomal subunit / sequence-specific mRNA binding / peptidyl-tRNA hydrolase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Protein hydroxylation / Eukaryotic Translation Termination / ubiquitin ligase inhibitor activity / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / 90S preribosome / phagocytic cup / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translational termination / rough endoplasmic reticulum / translation regulator activity / ribosomal small subunit export from nucleus / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / cytosolic ribosome / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / G1/S transition of mitotic cell cycle / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / spindle / rRNA processing / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / rhythmic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of translation / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / defense response to Gram-negative bacterium / perikaryon / killing of cells of another organism / cytosolic large ribosomal subunit / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytoplasmic translation / cell differentiation / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / postsynaptic density / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cell division / DNA repair / GTPase activity / mRNA binding / apoptotic process / synapse / dendrite / centrosome / GTP binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
| 生物種 | ![]() Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Shao S / Murray J | ||||||||||||
| 資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2016タイトル: Decoding Mammalian Ribosome-mRNA States by Translational GTPase Complexes. 著者: Sichen Shao / Jason Murray / Alan Brown / Jack Taunton / V Ramakrishnan / Ramanujan S Hegde / ![]() 要旨: In eukaryotes, accurate protein synthesis relies on a family of translational GTPases that pair with specific decoding factors to decipher the mRNA code on ribosomes. We present structures of the ...In eukaryotes, accurate protein synthesis relies on a family of translational GTPases that pair with specific decoding factors to decipher the mRNA code on ribosomes. We present structures of the mammalian ribosome engaged with decoding factor⋅GTPase complexes representing intermediates of translation elongation (aminoacyl-tRNA⋅eEF1A), termination (eRF1⋅eRF3), and ribosome rescue (Pelota⋅Hbs1l). Comparative analyses reveal that each decoding factor exploits the plasticity of the ribosomal decoding center to differentially remodel ribosomal proteins and rRNA. This leads to varying degrees of large-scale ribosome movements and implies distinct mechanisms for communicating information from the decoding center to each GTPase. Additional structural snapshots of the translation termination pathway reveal the conformational changes that choreograph the accommodation of decoding factors into the peptidyl transferase center. Our results provide a structural framework for how different states of the mammalian ribosome are selectively recognized by the appropriate decoding factor⋅GTPase complex to ensure translational fidelity. #1: ジャーナル: To Be Publishedタイトル: Decoding mammalian ribosome-mRNA states by translational GTPase complexes 著者: Shao S / Murray J / Brown A / Taunton J / Ramakrishnan V / Hegde RS | ||||||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| ムービー |
ムービービューア |
|---|---|
| 構造ビューア | EMマップ: SurfView Molmil Jmol/JSmol |
| 添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_4131.map.gz | 13 MB | EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-4131-v30.xml emd-4131.xml | 108.3 KB 108.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| FSC (解像度算出) | emd_4131_fsc.xml | 14.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
| 画像 | emd_4131.png | 185.8 KB | ||
| Filedesc metadata | emd-4131.cif.gz | 21.5 KB | ||
| その他 | emd_4131_half_map_1.map.gz emd_4131_half_map_2.map.gz | 245.2 MB 245.2 MB | ||
| アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4131 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4131 | HTTPS FTP |
-検証レポート
| 文書・要旨 | emd_4131_validation.pdf.gz | 800.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | emd_4131_full_validation.pdf.gz | 800.5 KB | 表示 | |
| XML形式データ | emd_4131_validation.xml.gz | 22.8 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | emd_4131_validation.cif.gz | 30.3 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4131 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4131 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 5lztMC ![]() 4129C ![]() 4130C ![]() 4132C ![]() 4133C ![]() 4134C ![]() 4135C ![]() 4136C ![]() 4137C ![]() 5lzsC ![]() 5lzuC ![]() 5lzvC ![]() 5lzwC ![]() 5lzxC ![]() 5lzyC ![]() 5lzzC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
|---|---|
| 類似構造データ |
-
リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|---|
| 「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4131.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 注釈 | Postprocess, sharpened map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-添付データ
-ハーフマップ: Half map 1.
| ファイル | emd_4131_half_map_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 注釈 | Half map 1. | ||||||||||||
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2.
| ファイル | emd_4131_half_map_2.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 注釈 | Half map 2. | ||||||||||||
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Affinity-purified 80S ribosome-nascent chain complex reconstitute...
+超分子 #1: Affinity-purified 80S ribosome-nascent chain complex reconstitute...
+分子 #1: uL2
+分子 #2: uL3
+分子 #3: uL4
+分子 #4: uL18
+分子 #5: eL6
+分子 #6: uL30
+分子 #7: eL8
+分子 #8: uL6
+分子 #9: uL16
+分子 #10: uL5
+分子 #11: eL13
+分子 #12: eL14
+分子 #13: eL15
+分子 #14: uL13
+分子 #15: uL22
+分子 #16: eL18
+分子 #17: eL19
+分子 #18: eL20
+分子 #19: eL21
+分子 #20: eL22
+分子 #21: uL14
+分子 #22: eL24
+分子 #23: uL23
+分子 #24: uL24
+分子 #25: eL27
+分子 #26: uL15
+分子 #27: eL29
+分子 #28: eL30
+分子 #29: eL31
+分子 #30: eL32
+分子 #31: eL33
+分子 #32: eL34
+分子 #33: uL29
+分子 #34: eL36
+分子 #35: eL37
+分子 #36: eL38
+分子 #37: eL39
+分子 #38: eL40
+分子 #39: eL41
+分子 #40: eL42
+分子 #41: eL43
+分子 #42: eL28
+分子 #43: uL10
+分子 #44: uL11
+分子 #45: Nascent chain
+分子 #52: uS2
+分子 #53: eS1
+分子 #54: uS5
+分子 #55: uS3
+分子 #56: eS4
+分子 #57: uS7
+分子 #58: eS6
+分子 #59: eS7
+分子 #60: eS8
+分子 #61: uS4
+分子 #62: eS10
+分子 #63: uS17
+分子 #64: eS12
+分子 #65: uS15
+分子 #66: uS11
+分子 #67: uS19
+分子 #68: uS9
+分子 #69: eS17
+分子 #70: uS13
+分子 #71: eS19
+分子 #72: uS10
+分子 #73: eS21
+分子 #74: uS8
+分子 #75: uS12
+分子 #76: eS24
+分子 #77: eS25
+分子 #78: eS26
+分子 #79: eS27
+分子 #80: eS28
+分子 #81: uS14
+分子 #82: eS30
+分子 #83: eS31
+分子 #84: RACK1
+分子 #86: eRF1
+分子 #87: eRF3a
+分子 #46: P-site tRNA
+分子 #47: E-site tRNA
+分子 #48: 28S ribosomal RNA
+分子 #49: 5S ribosomal RNA
+分子 #50: 5.8S ribosomal RNA
+分子 #51: 18S ribosomal RNA
+分子 #85: mRNA (UGA stop codon)
+分子 #88: MAGNESIUM ION
+分子 #89: ZINC ION
+分子 #90: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
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試料調製
| 濃度 | 0.2 mg/mL | |||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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| グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III 詳細: 3 ul aliquots were applied to the grid and incubated for 30 s, before blotting for 3s to remove excess solution.. |
-
電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
|---|---|
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 実像数: 2611 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
| 電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率(補正後): 104478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 59000 |
| 試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
| 精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 63.3 / 当てはまり具合の基準: FSCaverage |
|---|---|
| 得られたモデル | ![]() PDB-5lzt: |
ムービー
コントローラー
万見について



キーワード
Homo sapiens (ヒト)
データ登録者
英国, 3件
引用
UCSF Chimera





































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Y (Row.)
X (Col.)










































