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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41249 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of AT118-L Nanobody Antagonist in Complex with the Angiotensin II Type I Receptor and Losartan | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Locally Refined Sharpened Map of AT118-L, AT1R-BRIL and BAG2 Anti-BRIL Fab Variable Domains in Complex with Losartan | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | G protein-coupled receptor (Gタンパク質共役受容体) / nanobody (ナノボディ) / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 angiotensin type I receptor activity / positive regulation of phospholipase A2 activity / angiotensin type II receptor activity / phospholipase C-activating angiotensin-activated signaling pathway / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / bradykinin receptor binding / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation ...angiotensin type I receptor activity / positive regulation of phospholipase A2 activity / angiotensin type II receptor activity / phospholipase C-activating angiotensin-activated signaling pathway / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / bradykinin receptor binding / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / positive regulation of CoA-transferase activity / low-density lipoprotein particle remodeling / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / Rho protein signal transduction / regulation of vasoconstriction / positive regulation of protein metabolic process / blood vessel diameter maintenance / cell chemotaxis / Peptide ligand-binding receptors / 神経発生 / kidney development / 電子伝達系 / calcium-mediated signaling / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of cell growth / brain development / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of inflammatory response / G alpha (q) signalling events / ペリプラズム / electron transfer activity / symbiont entry into host cell / 炎症 / 免疫応答 / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / heme binding / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Skiba MA / Kruse AC | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024 タイトル: Antibodies expand the scope of angiotensin receptor pharmacology. 著者: Meredith A Skiba / Sarah M Sterling / Shaun Rawson / Shuhao Zhang / Huixin Xu / Haoran Jiang / Genevieve R Nemeth / Morgan S A Gilman / Joseph D Hurley / Pengxiang Shen / Dean P Staus / Jihee ...著者: Meredith A Skiba / Sarah M Sterling / Shaun Rawson / Shuhao Zhang / Huixin Xu / Haoran Jiang / Genevieve R Nemeth / Morgan S A Gilman / Joseph D Hurley / Pengxiang Shen / Dean P Staus / Jihee Kim / Conor McMahon / Maria K Lehtinen / Howard A Rockman / Patrick Barth / Laura M Wingler / Andrew C Kruse / 要旨: G-protein-coupled receptors (GPCRs) are key regulators of human physiology and are the targets of many small-molecule research compounds and therapeutic drugs. While most of these ligands bind to ...G-protein-coupled receptors (GPCRs) are key regulators of human physiology and are the targets of many small-molecule research compounds and therapeutic drugs. While most of these ligands bind to their target GPCR with high affinity, selectivity is often limited at the receptor, tissue and cellular levels. Antibodies have the potential to address these limitations but their properties as GPCR ligands remain poorly characterized. Here, using protein engineering, pharmacological assays and structural studies, we develop maternally selective heavy-chain-only antibody ('nanobody') antagonists against the angiotensin II type I receptor and uncover the unusual molecular basis of their receptor antagonism. We further show that our nanobodies can simultaneously bind to angiotensin II type I receptor with specific small-molecule antagonists and demonstrate that ligand selectivity can be readily tuned. Our work illustrates that antibody fragments can exhibit rich and evolvable pharmacology, attesting to their potential as next-generation GPCR modulators. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41249.map.gz | 157 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41249-v30.xml emd-41249.xml | 28.6 KB 28.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41249.png | 44 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41249.cif.gz | 7.1 KB | ||
その他 | emd_41249_additional_1.map.gz emd_41249_additional_2.map.gz emd_41249_additional_3.map.gz emd_41249_half_map_1.map.gz emd_41249_half_map_2.map.gz | 154.3 MB 154.3 MB 157 MB 154.2 MB 154.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41249 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41249 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8th4MC 8th3C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41249.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Locally Refined Sharpened Map of AT118-L, AT1R-BRIL and BAG2 Anti-BRIL Fab Variable Domains in Complex with Losartan | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Half Map B of Global Map of AT118-L,...
ファイル | emd_41249_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map B of Global Map of AT118-L, AT1R-BRIL,BAG2 Anti-BRIL Fab, and anti-Fab Nanobody in Complex with Losartan | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half Map A of Global Map of AT118-L,...
ファイル | emd_41249_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map A of Global Map of AT118-L, AT1R-BRIL,BAG2 Anti-BRIL Fab, and anti-Fab Nanobody in Complex with Losartan | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Global Sharpened Map of AT118-L, AT1R-BRIL,BAG2 Anti-BRIL Fab,...
ファイル | emd_41249_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Global Sharpened Map of AT118-L, AT1R-BRIL,BAG2 Anti-BRIL Fab, and anti-Fab Nanobody in Complex with Losartan | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map B of Locally Refined Sharpened Map...
ファイル | emd_41249_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map B of Locally Refined Sharpened Map of AT118-L, AT1R-BRIL and BAG2 Anti-BRIL Fab Variable Domains in Complex with Losartan | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map A of Locally Refined Sharpened Map...
ファイル | emd_41249_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map A of Locally Refined Sharpened Map of AT118-L, AT1R-BRIL and BAG2 Anti-BRIL Fab Variable Domains in Complex with Losartan | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : AT118-L Nanobody Antagonist in Complex with the Angiotensin II Ty...
全体 | 名称: AT118-L Nanobody Antagonist in Complex with the Angiotensin II Type I Receptor BRIL Fusion protein, Anti-BRIL Fab, Anti-Fab Nanobody, and Losartan |
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要素 |
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-超分子 #1: AT118-L Nanobody Antagonist in Complex with the Angiotensin II Ty...
超分子 | 名称: AT118-L Nanobody Antagonist in Complex with the Angiotensin II Type I Receptor BRIL Fusion protein, Anti-BRIL Fab, Anti-Fab Nanobody, and Losartan タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Type-1 angiotensin II receptor Soluble cytochrome b562 complex
分子 | 名称: Type-1 angiotensin II receptor Soluble cytochrome b562 complex タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 49.501059 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DYKDDDDKIL NSSTEDGIKR IQDDCPKAGR HNYIFVMIPT LYSIIFVVGI FGNSLVVIVI YFYMKLKTVA SVFLLNLALA DLCFLLTLP LWAVYTAMEY RWPFGNYLCK IASASVSFNL YASVFLLTCL SIDRYLAIVH PMKSRLRRTM LVAKVTCIII W LLAGLASL ...文字列: DYKDDDDKIL NSSTEDGIKR IQDDCPKAGR HNYIFVMIPT LYSIIFVVGI FGNSLVVIVI YFYMKLKTVA SVFLLNLALA DLCFLLTLP LWAVYTAMEY RWPFGNYLCK IASASVSFNL YASVFLLTCL SIDRYLAIVH PMKSRLRRTM LVAKVTCIII W LLAGLASL PAIIHRNVFF IENTNITVCA FHYESQNSTL PIGLGLTKNI LGFLFPFLII LTSYTLIWKA LKKAYDLEDN WE TLNDNLK VIEKADNAAQ VKDALTKMRA AALDAQKATP PKLEDKSPDS PEMKDFRHGF DILVGQIDDA LKLANEGKVK EAQ AAAEQL KTTRNAYIQK YLERARSTLD KLNDDIFKII MAIVLFFFFS WIPHQIFTFL DVLIQLGIIR DCRIADIVDT AMPI TICIA YFNNCLNPLF YGFLGKKFKR YFLQLLKY UniProtKB: Type-1 angiotensin II receptor, Soluble cytochrome b562, Type-1 angiotensin II receptor |
-分子 #2: BAG2 Anti-BRIL Fab Heavy Chain
分子 | 名称: BAG2 Anti-BRIL Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 24.539314 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVVDFSLHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARWGYWPGEP WWKAFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVVDFSLHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARWGYWPGEP WWKAFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK SCD |
-分子 #3: BAG2 Anti-BRIL Fab Light Chain
分子 | 名称: BAG2 Anti-BRIL Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 23.541164 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSVS SAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QYLYYSLVTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSVS SAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QYLYYSLVTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #4: AT118-L Nanobody
分子 | 名称: AT118-L Nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 15.345063 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGYIYS RYRMGWYRQA PGKGREFVAA ISGGSSTNYA DSVKGRFTIS RDNSKNTVYL QMNSLRAED TAVYYCAAYK IDSNPRVYWG QGTQVTVSSG KPIPNPLLGL DSTLEHHHHH H |
-分子 #5: [2-butyl-5-chloranyl-3-[[4-[2-(2H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenyl]ph...
分子 | 名称: [2-butyl-5-chloranyl-3-[[4-[2-(2H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenyl]phenyl]methyl]imidazol-4-yl]methanol タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: LSN |
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分子量 | 理論値: 422.911 Da |
Chemical component information | ChemComp-LSN: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 7 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.4, 100 mM NaCl, 0.05% GDN, 0.005% CHS |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
ソフトウェア | 名称: SerialEM (ver. 4.0.5) |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 64.1 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 405950 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab Initio Model |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / 使用した粒子像数: 238621 |