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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41186 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana Bor1 in lipid nanodiscs | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Borate transporter / Bor1 / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 borate transmembrane transport / response to boron-containing substance / cellular response to boron-containing substance levels / active borate transmembrane transporter activity / monoatomic ion homeostasis / solute:inorganic anion antiporter activity / monoatomic anion transport / vacuolar membrane / transmembrane transport / endosome membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Jiang Y / Jiang J | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of borate transporter Bor1 reveals a novel auto-inhibition mechanism for the SLC4 family 著者: Jiang Y / Jiang J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41186.map.gz | 85.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41186-v30.xml emd-41186.xml | 15.2 KB 15.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41186_fsc.xml | 10.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41186.png | 118.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41186.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_41186_half_map_1.map.gz emd_41186_half_map_2.map.gz | 70 MB 69.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41186 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41186 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41186_validation.pdf.gz | 930.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41186_full_validation.pdf.gz | 929.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41186_validation.xml.gz | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41186_validation.cif.gz | 22.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41186 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41186 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8tehMC 8tegC 8teiC 8tejC 8telC 8temC 8tenC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41186.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41186_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41186_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Arabidopsis thaliana Boron transporter 1
全体 | 名称: Arabidopsis thaliana Boron transporter 1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Arabidopsis thaliana Boron transporter 1
超分子 | 名称: Arabidopsis thaliana Boron transporter 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-分子 #1: Boron transporter 1
分子 | 名称: Boron transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 80.056992 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MEETFVPFEG IKNDLKGRLM CYKQDWTGGF KAGFRILAPT TYIFFASAIP VISFGEQLER STDGVLTAVQ TLASTAICGM IHSIIGGQP LLILGVAEPT VIMYTFMFNF AKARPELGRD LFLAWSGWVC VWTALMLFVL AICGACSIIN RFTRVAGELF G LLIAMLFM ...文字列: MEETFVPFEG IKNDLKGRLM CYKQDWTGGF KAGFRILAPT TYIFFASAIP VISFGEQLER STDGVLTAVQ TLASTAICGM IHSIIGGQP LLILGVAEPT VIMYTFMFNF AKARPELGRD LFLAWSGWVC VWTALMLFVL AICGACSIIN RFTRVAGELF G LLIAMLFM QQAIKGLVDE FRIPERENQK LKEFLPSWRF ANGMFALVLS FGLLLTGLRS RKARSWRYGT GWLRSLIADY GV PLMVLVW TGVSYIPAGD VPKGIPRRLF SPNPWSPGAY GNWTVVKEML DVPIVYIIGA FIPASMIAVL YYFDHSVASQ LAQ QKEFNL RKPSSYHYDL LLLGFLTLMC GLLGVPPSNG VIPQSPMHTK SLATLKYQLL RNRLVATARR SIKTNASLGQ LYDN MQEAY HHMQTPLVYQ QPQGLKELKE STIQATTFTG NLNAPVDETL FDIEKEIDDL LPVEVKEQRV SNLLQSTMVG GCVAA MPIL KMIPTSVLWG YFAFMAIESL PGNQFWERIL LLFTAPSRRF KVLEDYHATF VETVPFKTIA MFTLFQTTYL LICFGL TWI PIAGVMFPLM IMFLIPVRQY LLPRFFKGAH LQDLDAAEYE EAPALPFNLA AETEIGSTTS YPGDLEILDE VMTRSRG EF RHTSSPKVTS SSSTPVNNRS LSQVFSPRVS GIRLGQMSPR VVGNSPKPAS CGRSPLNQSS SNHHHHHHHH HH UniProtKB: Boron transporter 1 |
-分子 #2: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 24 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-POV: |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 214 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |