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- EMDB-41140: APC/C-CDH1-UBE2C-Ubiquitin-CyclinB-NTD -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41140
タイトルAPC/C-CDH1-UBE2C-Ubiquitin-CyclinB-NTD
マップデータ
試料
  • 複合体: Anaphase-promoting complex/cyclosome in complex with CHD1, UBE2C, and Cyclin-B
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
  • リガンド: x 1種
キーワードE3 RING Ligase / Ubiquitin Ligase / LIGASE / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


response to DDT / cyclin B1-CDK1 complex / positive regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / regulation of chromosome condensation / Mitotic Prophase / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / ventricular cardiac muscle cell development / Depolymerization of the Nuclear Lamina / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process ...response to DDT / cyclin B1-CDK1 complex / positive regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / regulation of chromosome condensation / Mitotic Prophase / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / ventricular cardiac muscle cell development / Depolymerization of the Nuclear Lamina / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of synapse maturation / free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of exit from mitosis / regulation of meiotic nuclear division / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / positive regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / MASTL Facilitates Mitotic Progression / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / anaphase-promoting complex / patched binding / Phosphorylation of Emi1 / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / regulation of meiotic cell cycle / protein branched polyubiquitination / lens fiber cell differentiation / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / Transcriptional regulation by RUNX2 / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / Phosphorylation of the APC/C / anaphase-promoting complex binding / tissue regeneration / G2/M DNA replication checkpoint / regulation of exit from mitosis / outer kinetochore / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of synaptic plasticity / positive regulation of dendrite morphogenesis / Polo-like kinase mediated events / exit from mitosis / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / cellular response to fatty acid / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / protein K11-linked ubiquitination / oocyte maturation / digestive tract development / ubiquitin ligase activator activity / Condensation of Prometaphase Chromosomes / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / mitotic metaphase chromosome alignment / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / ubiquitin conjugating enzyme activity / Transcriptional Regulation by VENTX / negative regulation of cellular senescence / microtubule organizing center / ubiquitin-like protein ligase binding / cullin family protein binding / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / enzyme-substrate adaptor activity / ubiquitin ligase complex / response to mechanical stimulus / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / positive regulation of axon extension / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / intercellular bridge / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / heterochromatin / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / protein K48-linked ubiquitination / positive regulation of mitotic cell cycle / nuclear periphery / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / regulation of mitotic cell cycle / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Condensation of Prophase Chromosomes / mitotic spindle organization / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / cellular response to iron(III) ion / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / G1/S transition of mitotic cell cycle / brain development
類似検索 - 分子機能
: / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / : / CDC20/Fizzy WD40 domain / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / : / APC4, WD40 domain C-terminal half / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal ...: / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / : / CDC20/Fizzy WD40 domain / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / : / APC4, WD40 domain C-terminal half / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / : / Anaphase-promoting complex subunit 1 WD40 beta-propeller domain / Anaphase-promoting complex sub unit 1 C-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 middle domain / APC1 beta sandwich domain / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex, subunit 16 / Cdc23 / Apc13 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Apc13p protein / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit APC10/Doc1 / Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 11, RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 2 / : / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / ANAPC2-like, TPR repeats / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / TPR repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / : / Tetratricopeptide repeat / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / : / Tetratricopeptide repeat / Cullin / : / Cullin alpha+beta domain / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family profile. / Tetratricopeptide repeat / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Cyclin-like superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C / G2/mitotic-specific cyclin-B1 / Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 ...Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C / G2/mitotic-specific cyclin-B1 / Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 7 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Fizzy-related protein homolog / Anaphase-promoting complex subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Bodrug T / Welsh KA / Bolhuis DL / Paulakonis E / Martinez-Chacin RC / Liu B / Pinkin N / Bonacci T / Cui L / Xu P ...Bodrug T / Welsh KA / Bolhuis DL / Paulakonis E / Martinez-Chacin RC / Liu B / Pinkin N / Bonacci T / Cui L / Xu P / Roscow O / Amann SJ / Grishkovskaya I / Emanuele MJ / Harrison JS / Steimel JP / Hahn KM / Zhang W / Zhong E / Haselbach D / Brown NG
資金援助 米国, オーストリア, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)T32GM008570 米国
Vienna Science and Technology Fund (WWTF)WWTF-LS19-029 オーストリア
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)R35GM128855 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1650116 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Time-resolved cryo-EM (TR-EM) analysis of substrate polyubiquitination by the RING E3 anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C).
著者: Tatyana Bodrug / Kaeli A Welsh / Derek L Bolhuis / Ethan Paulаkonis / Raquel C Martinez-Chacin / Bei Liu / Nicholas Pinkin / Thomas Bonacci / Liying Cui / Pengning Xu / Olivia Roscow / ...著者: Tatyana Bodrug / Kaeli A Welsh / Derek L Bolhuis / Ethan Paulаkonis / Raquel C Martinez-Chacin / Bei Liu / Nicholas Pinkin / Thomas Bonacci / Liying Cui / Pengning Xu / Olivia Roscow / Sascha Josef Amann / Irina Grishkovskaya / Michael J Emanuele / Joseph S Harrison / Joshua P Steimel / Klaus M Hahn / Wei Zhang / Ellen D Zhong / David Haselbach / Nicholas G Brown /
要旨: Substrate polyubiquitination drives a myriad of cellular processes, including the cell cycle, apoptosis and immune responses. Polyubiquitination is highly dynamic, and obtaining mechanistic insight ...Substrate polyubiquitination drives a myriad of cellular processes, including the cell cycle, apoptosis and immune responses. Polyubiquitination is highly dynamic, and obtaining mechanistic insight has thus far required artificially trapped structures to stabilize specific steps along the enzymatic process. So far, how any ubiquitin ligase builds a proteasomal degradation signal, which is canonically regarded as four or more ubiquitins, remains unclear. Here we present time-resolved cryogenic electron microscopy studies of the 1.2 MDa E3 ubiquitin ligase, known as the anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C), and its E2 co-enzymes (UBE2C/UBCH10 and UBE2S) during substrate polyubiquitination. Using cryoDRGN (Deep Reconstructing Generative Networks), a neural network-based approach, we reconstruct the conformational changes undergone by the human APC/C during polyubiquitination, directly visualize an active E3-E2 pair modifying its substrate, and identify unexpected interactions between multiple ubiquitins with parts of the APC/C machinery, including its coactivator CDH1. Together, we demonstrate how modification of substrates with nascent ubiquitin chains helps to potentiate processive substrate polyubiquitination, allowing us to model how a ubiquitin ligase builds a proteasomal degradation signal.
履歴
登録2023年6月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月27日-
マップ公開2023年9月27日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41140.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41140.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.13 Å/pix.
x 400 pix.
= 452. Å		1.13 Å/pix.
x 400 pix.
= 452. Å		1.13 Å/pix.
x 400 pix.
= 452. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.13 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-0.016765293 - 1.9766012
平均 (標準偏差)0.0017768833 (±0.028492399)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 452.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41140_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_41140_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Anaphase-promoting complex/cyclosome in complex with CHD1, UBE2C,...

全体名称: Anaphase-promoting complex/cyclosome in complex with CHD1, UBE2C, and Cyclin-B
要素
  • 複合体: Anaphase-promoting complex/cyclosome in complex with CHD1, UBE2C, and Cyclin-B
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: G2/mitotic-specific cyclin-B1
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 15
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 16
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Cell division cycle protein 27 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Cell division cycle protein 16 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 13
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C
    • タンパク質・ペプチド: Fizzy-related protein homolog
    • タンパク質・ペプチド: Cell division cycle protein 23 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 7
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Anaphase-promoting complex/cyclosome in complex with CHD1, UBE2C,...

超分子名称: Anaphase-promoting complex/cyclosome in complex with CHD1, UBE2C, and Cyclin-B
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#17
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Anaphase-promoting complex subunit 1

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 217.566141 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSNFYEERTT MIAARDLQEF VPFGRDHCKH HPNALNLQLR QLQPASELWS SDGAAGLVGS LQEVTIHEKQ KESWQLRKGV SEIGEDVDY DEELYVAGNM VIWSKGSKSQ ALAVYKAFTV DSPVQQALWC DFIISQDKSE KAYSSNEVEK CICILQSSCI N MHSIEGKD ...文字列:
MSNFYEERTT MIAARDLQEF VPFGRDHCKH HPNALNLQLR QLQPASELWS SDGAAGLVGS LQEVTIHEKQ KESWQLRKGV SEIGEDVDY DEELYVAGNM VIWSKGSKSQ ALAVYKAFTV DSPVQQALWC DFIISQDKSE KAYSSNEVEK CICILQSSCI N MHSIEGKD YIASLPFQVA NVWPTKYGLL FERSASSHEV PPGEPREPLP TMFSMLHPLD EITPLVCKSG SLFGSSRVQY VV DHAMKIV FLNTDPSIVM TYDAVQNVHS VWTLRRVKSE EENVVLKFEE QGGEPQNVAT SSSLTAHLRS LSKGDEPVEE PFQ NYSSIH SQSRSTSEPS LHSREPEISN MAALSRAHEP ALGVHEFSGV QRFNIESHNQ EPKRHSISHS PNSNSNGSFL APET EPIVP ELCIDHLWTE TITNIREKNS QASKVFITSD LCGQKFLCFL VESQLQLRCV KFQESNDKTQ LIFGSVTNIP AKDAA PVEK IDTMLVLEGS GNLVLYTGVV RVGKVFIPGL PAPSLTMSNT MPRPSTPLDG VSEPKPLSKL LGELDEVVLL EPVPEL RDS SKLHDELYNE DCTFQQLGTY IHSIRDPVHN RVTLELSNGS MVRITIPEIA TSELVQTCLQ AIKFILPKEI AVQMLVK WY NVHSAPGGPS YHSEWNLFVT CLMNMMGYNT DRLAWTRNFD FEGSLEPVIA PKKARPEETG SDDDWEYLLN SDYHQNVE S HLLNRSLCLS PSEASQMKDE DFSQNLSLDS STLLFTHIPA IFFVLHLVYE ELKLNTLMGE GICSLVELLV QLARDLKLG PYVDHYYRDY PTLVRTTGQV CTIDPGQTGF MHHPSFFTSE PPSIYQWVSS CLKGEGMPPY PYLPGICERS RLVVLSIALY ILGDESLVS DESSQYLTRI TIAPQKLQVE QEENRFEFRH STSVSSLAER LVVWMTNVGF TLRDLETLPF GIALPIRDAI Y HCREQPAS DWPEAVCLLI GRQDLSKQAC EGNLPKGKSV LSSDVPSGTE TEEEDDGMND MNHEVMSLIW SEDLRVQDVR RL LQSAHPV RVNVVQYPEL SDHEFIEEKE NRLLQLCQRT MALPVGRGMF TLFSYHPVPT EPLPIPKLNL TGRAPPRNTT VDL NSGNID VPPNMTSWAS FHNGVAAGLK IAPASQIDSA WIVYNKPKHA ELANEYAGFL MALGLNGHLT KLATLNIHDY LTKG HEMTS IGLLLGVSAA KLGTMDMSIT RLLSIHIPAL LPPTSTELDV PHNVQVAAVV GIGLVYQGTA HRHTAEVLLA EIGRP PGPE MEYCTDRESY SLAAGLALGM VCLGHGSNLI GMSDLNVPEQ LYQYMVGGHR RFQTGMHREK HKEPSYQIKE GDTINV DVT CPGATLALAM IYLKTNNRSI ADWLRAPDTM YLLDFVKPEF LLLRTLARCL ILWDDILPNS KWVDSNVPQI IRENSIS LS EIELPCSEDL NLETLSQAHV YIIAGACLSL GFRFAGSENL SAFNCLHKFA KDFMTYLSAP NASVTGPHNL ETCLSVVL L SLAMVMAGSG NLKVLQLCRF LHMKTGGEMN YGFHLAHHMA LGLLFLGGGR YSLSTSNSSI AALLCALYPH FPAHSTDNR YHLQALRHLY VLAAEPRLLV PVDVDTNTPC YALLEVTYKG TQWYEQTKEE LMAPTLLPEL HLLKQIKVKG PRYWELLIDL SKGTQHLKS ILSKDGVLYV KLRAGQLSYK EDPMGWQSLL AQTVANRNSE ARAFKPETIS AFTSDPALLS FAEYFCKPTV N MGQKQEIL DLFSSVLYEC VTQETPEMLP AYIAMDQAIR RLGRREMSET SELWQIKLVL EFFSSRSHQE RLQNHPKRGL FM NSEFLPV VKCTIDNTLD QWLQVGGDMC VHAYLSGQPL EESQLSMLAC FLVYHSVPAP QHLPPIGLEG STSFAELLFK FKQ LKMPVR ALLRLAPLLL GNPQPMVM

UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit 1

+
分子 #2: G2/mitotic-specific cyclin-B1

分子名称: G2/mitotic-specific cyclin-B1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.284467 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
LRPRTALGDI GN

UniProtKB: G2/mitotic-specific cyclin-B1

+
分子 #3: Anaphase-promoting complex subunit 11

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.854647 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MKVKIKCWNG VATWLWVAND ENCGICRMAF NGCCPDCKVP GDDCPLVWGQ CSHCFHMHCI LKWLHAQQVQ QHCPMCRQEW KFKE

UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit 11

+
分子 #4: Anaphase-promoting complex subunit 15

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.556302 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
STLFPSLFPR VTETLWFNLD RPCVEETELQ QQEQQHQAWL QSIAEKDNNL VPIGKP

UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit 15

+
分子 #5: Anaphase-promoting complex subunit CDC26

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.920108 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MLRRKPTRLE LKLDDIEEFE NIRKDLETRK KQKEDVEVVG GSDGEGAIGL EEDPKSREQM INDRIGYKPQ PKPNNRSSQF GELEF

UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit CDC26

+
分子 #6: Anaphase-promoting complex subunit 16

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.764688 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
ERFLCESVFS YQVASTLKQV KHDQQVARME KLAGLVEELE ADEWRFKPIE QLLGFTPS

UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit 16

+
分子 #7: Anaphase-promoting complex subunit 4

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 92.303305 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MLRFPTCFPS FRVVGEKQLP QEIIFLVWSP KRDLIALANT AGEVLLHRLA SFHRVWSFPP NENTGKEVTC LAWRPDGKLL AFALADTKK IVLCDVEKPE SLHSFSVEAP VSCMHWMEVT VESSVLTSFY NAEDESNLLL PKLPTLPKNY SNTSKIFSEE N SDEIIKLL ...文字列:
MLRFPTCFPS FRVVGEKQLP QEIIFLVWSP KRDLIALANT AGEVLLHRLA SFHRVWSFPP NENTGKEVTC LAWRPDGKLL AFALADTKK IVLCDVEKPE SLHSFSVEAP VSCMHWMEVT VESSVLTSFY NAEDESNLLL PKLPTLPKNY SNTSKIFSEE N SDEIIKLL GDVRLNILVL GGSSGFIELY AYGMFKIARV TGIAGTCLAL CLSSDLKSLS VVTEVSTNGA SEVSYFQLET NL LYSFLPE VTRMARKFTH ISALLQYINL SLTCMCEAWE EILMQMDSRL TKFVQEKNTT TSVQDEFMHL LLWGKASAEL QTL LMNQLT VKGLKKLGQS IESSYSSIQK LVISHLQSGS ESLLYHLSEL KGMASWKQKY EPLGLDAAGI EEAITAVGSF ILKA NELLQ VIDSSMKNFK AFFRWLYVAM LRMTEDHVLP ELNKMTQKDI TFVAEFLTEH FNEAPDLYNR KGKYFNVERV GQYLK DEDD DLVSPPNTEG NQWYDFLQNS SHLKESPLLF PYYPRKSLHF VKRRMENIID QCLQKPADVI GKSMNQAICI PLYRDT RSE DSTRRLFKFP FLWNNKTSNL HYLLFTILED SLYKMCILRR HTDISQSVSN GLIAIKFGSF TYATTEKVRR SIYSCLD AQ FYDDETVTVV LKDTVGREGR DRLLVQLPLS LVYNSEDSAE YQFTGTYSTR LDEQCSAIPT RTMHFEKHWR LLESMKAQ Y VAGNGFRKVS CVLSSNLRHV RVFEMDIDDE WELDESSDEE EEASNKPVKI KEEVLEEEEA ENQQAGAAAL APEIVIKVE KLDPELDS

UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit 4

+
分子 #8: Cell division cycle protein 27 homolog

分子名称: Cell division cycle protein 27 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 92.519547 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MTVLQEPVQA AIWQALNHYA YRDAVFLAER LYAEVHSEEA LFLLATCYYR SGKAYKAYRL LKGHSCTTPQ CKYLLAKCCV DLSKLAEGE QILSGGVFNK QKSHDDIVTE FGDSACFTLS LLGHVYCKTD RLAKGSECYQ KSLSLNPFLW SPFESLCEIG E KPDPDQTF ...文字列:
MTVLQEPVQA AIWQALNHYA YRDAVFLAER LYAEVHSEEA LFLLATCYYR SGKAYKAYRL LKGHSCTTPQ CKYLLAKCCV DLSKLAEGE QILSGGVFNK QKSHDDIVTE FGDSACFTLS LLGHVYCKTD RLAKGSECYQ KSLSLNPFLW SPFESLCEIG E KPDPDQTF KFTSLQNFSN CLPNSCTTQV PNHSLSHRQP EEVLTEEPQD TIELNRLNLE SENSKYSLNT DSSVSYIDSA VI EPDTVPL GTGTSILSKQ VQNKPKTGRS LLGGPAALEP LTPSFGILPL ETPSPGDGSY LQNYTNTPPV IDVPSTGAPS KKE VARIGQ TGTKSVFSQE GNEREVTPIL AQTQSSGPQT STTPQVLSPT ITSPPNALPR RSSRLFTSDE ETTKENEKKL KMKF PPKIP NRKTKSKTNK GGITQPNIND ELEITKLDSE IISEGKISTI EPQIQAFNLQ KAAAEGLMSL LREMGKGYLA LCSYN CKEA INILSHLPSH HYNTGWVLCQ IGRAYFELSE YMQAERIFSE VRRIENYRVE GMEIYSTTLW HLQKDVALSV LSKDLT DMD KNSPEAWCAA GNCFSLQREH DIAIKFFQRA IQVDPNYAYA YTLLGHEFVL TEELDKALAC FRNAIRVNPR HYNAWYG LG MIYYKQEKFS LAEMHFQKAL DINPQSSVLL CHIGVVQHAL KKSEKALDTL NKAIVIDPKN PLCKFHRASV LFANEKYK S ALQELEELKQ IVPKESLVYF LIGKVYKKLG QTHLALMNFS WAMDLDPKGA NNQIKEAIDK RYLPDDEEPI TQEEQIMGT DESQESSMTD ADDTQLHAAE SDEF

UniProtKB: Cell division cycle protein 27 homolog

+
分子 #9: Cell division cycle protein 16 homolog

分子名称: Cell division cycle protein 16 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 71.929656 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MNLERLRKRV RQYLDQQQYQ SALFWADKVA SLSREEPQDI YWLAQCLYLT AQYHRAAHAL RSRKLDKLYE ACRYLAARCH YAAKEHQQA LDVLDMEEPI NKRLFEKYLK DEEGFKDPSS DWEMSQSSIK SSICLLRGKI YDALDNRTLA TYSYKEALKL D VYCFEAFD ...文字列:
MNLERLRKRV RQYLDQQQYQ SALFWADKVA SLSREEPQDI YWLAQCLYLT AQYHRAAHAL RSRKLDKLYE ACRYLAARCH YAAKEHQQA LDVLDMEEPI NKRLFEKYLK DEEGFKDPSS DWEMSQSSIK SSICLLRGKI YDALDNRTLA TYSYKEALKL D VYCFEAFD LLTSHHMLTA QEEKELLESL PLSKLCNEEQ ELLRFLFENK LKKYNKPSET VIPESVDGLQ ENLDVVVSLA ER HYYNCDF KMCYKLTSVV MEKDPFHASC LPVHIGTLVE LNKANELFYL SHKLVDLYPS NPVSWFAVGC YYLMVGHKNE HAR RYLSKA TTLEKTYGPA WIAYGHSFAV ESEHDQAMAA YFTAAQLMKG CHLPMLYIGL EYGLTNNSKL AERFFSQALS IAPE DPFVM HEVGVVAFQN GEWKTAEKWF LDALEKIKAI GNEVTVDKWE PLLNNLGHVC RKLKKYAEAL DYHRQALVLI PQNAS TYSA IGYIHSLMGN FENAVDYFHT ALGLRRDDTF SVTMLGHCIE MYIGDSEAYI GADIKDKLKC YDFDVHTMKT LKNIIE PPW DFREFEVEKQ TAEETGLEPL EEERKTPDSR PSLEETFEIE MNESDMMLET SMSDHST

UniProtKB: Cell division cycle protein 16 homolog

+
分子 #10: Anaphase-promoting complex subunit 10

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.310152 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MTEPNKTPPG ADPKQLERTG TVREIGSQAV WSLSSCKPGF GVDQLRDDNL ETYWQSDGSQ PHLVNIQFRR KTTVKTLCIY ADYKSDESY TPSKISVRVG NNFHNLQEIR QLELVEPSGW IHVPLTDNHK KPTRTFMIQI AVLANHQNGR DTHMRQIKIY T PVEESSIG KFPRCTTIDF MMYRSIR

UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit 10

+
分子 #11: Anaphase-promoting complex subunit 13

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.528309 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MDSEVQRDGR ILDLIDDAWR EDKLPYEDVA IPLNELPEPE QDNGGTTESV KEQEMKWTDL ALQYLHENVP PIGN

UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit 13

+
分子 #12: Anaphase-promoting complex subunit 2

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 94.149156 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAAAVVVAEG DSDSRPGQEL LVAWNTVSTG LVPPAALGLV SSRTSGAVPP KEEELRAAVE VLRGHGLHSV LEEWFVEVLQ NDLQANISP EFWNAISQCE NSADEPQCLL LLLDAFGLLE SRLDPYLRSL ELLEKWTRLG LLMGTGAQGL REEVHTMLRG V LFFSTPRT ...文字列:
MAAAVVVAEG DSDSRPGQEL LVAWNTVSTG LVPPAALGLV SSRTSGAVPP KEEELRAAVE VLRGHGLHSV LEEWFVEVLQ NDLQANISP EFWNAISQCE NSADEPQCLL LLLDAFGLLE SRLDPYLRSL ELLEKWTRLG LLMGTGAQGL REEVHTMLRG V LFFSTPRT FQEMIQRLYG CFLRVYMQSK RKGEGGTDPE LEGELDSRYA RRRYYRLLQE PLCAGCSSDK QQCWCRQALE QF HQLSQVL HRLSLLERVS AEAVTTTLHQ VTRERMEDRC RGEYERSFLR EFHKWIERVV GWLGKVFLQD GPARPAEPEA GNT LRRWRC HVQRFFYRIY ASLRIEELFS IVRDFPDSRP AIEDLKYCLE RTDQRQQLLV SLKAALETRL LHPGVNTCDI ITLY ISAIK ALRVLDPSMV ILEVACEPIR RYLRTREDTV RQIVAGLTGD SDGTGDLAVE LSKTDPASLE TGQDEEDDSG EPEDW VPDP VDADPGKSSS KRRSSDIISL LVSIYGSKDL FINEYRSLLA DRLLHQFSFE PEREIRNVEL LKLRFGEAPM HFCEVM LKD MADSRRINAN IREEDEKRPA EEQPPFGVYA VILSSEFWPP FKDEKLEVPE DIRAALEAYC KKYEQLKAMR TLSWKHT LG LVTMDVELAD RTLSVAVTPV QAVILLYFQD QASWTLEELS KAVKMPVALL RRRMSVWLQQ GVLREEPPGT FSVIEEER P QDRDNMVLID SDDESDSGMA SQADQKEEEL LLFWTYIQAM LTNLESLSLD RIYNMLRMFV VTGPALAEID LQELQGYLQ KKVRDQQLVY EAGVYRLPKN CS

UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit 2

+
分子 #13: Anaphase-promoting complex subunit 5

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 85.445961 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MASVHESLYF NPMMTNGVVH ANVFGIKDWV TPYKIAVLVL LNEMSRTGEG AVSLMERRRL NQLLLPLLQG PDITLSKLYK LIEESCPQL ANSVQIRIKL MAEGELKDME QFFDDLSDSF SGTEPEVHKT SVVGLFLRHM ILAYSKLSFS QVFKLYTALQ Q YFQNGEKK ...文字列:
MASVHESLYF NPMMTNGVVH ANVFGIKDWV TPYKIAVLVL LNEMSRTGEG AVSLMERRRL NQLLLPLLQG PDITLSKLYK LIEESCPQL ANSVQIRIKL MAEGELKDME QFFDDLSDSF SGTEPEVHKT SVVGLFLRHM ILAYSKLSFS QVFKLYTALQ Q YFQNGEKK TVEDADMELE ERDEGERKME KEELDVEVRE EEVECSGPLS QKQAEFFLSQ QAELLKNDET KALEPASLQK EL NNLLKFN PDFAEAHYLS YLNNLRVQDV FSSTHSLLHY FDRLILTGAE SKSNGEEGYG RSLRYAALNL AALHCRFGHY QQA ELALQE AIRIAQESND HVCLQHCLSW LYVLGQKRSD SYVLLEHEVK KAVHFGLPYL ASLGIQSLVQ QRAFAGKTAN KLMD ALKDS DLLHWKHSLS ELIDISIAQK TAIWRLYGRS TMALQQAQML LSMNSLEAVN AGVQQNNTES FAVALCHLAE LHAEQ GCFA AASEVLKHLK ERFPPNSQHA QLWMLCDQKI QFDRAMNDGK YHLADSLVTG ITALNSIEGV YRKAVVLQAQ NQMSEA HKL LQKLLVHCQK LKNTEMVISV LLSVAELYWR SSSPTIALPM LLQALALSKE YRLQYLASET VLNLAFAQLI LGIPEQA LS LLHMAIEPIL ADGAILDKGR AMFLVAKCQV ASAASYDQPK KAEALEAAIE NLNEAKNYFA KVDCKERIRD VVYFQARL Y HTLGKTQERN RCAMLFRQLH QELPSHGVPL INHL

UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit 5

+
分子 #14: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C

分子名称: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.34663 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GPVGKRLQQE LMTLMMSGDK GISAFPESDN LFKWVGTIHG AAGTVYEDLR YKLSLEFPSG YPYNAPTVKF LTPCYHPNVD TQGNICLDI LKEKWSALYD VRTILLSIQS LLGEPNIDSP LNTHAAELWK NPTAFKKYLQ ETYSKQ

UniProtKB: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C

+
分子 #15: Fizzy-related protein homolog

分子名称: Fizzy-related protein homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.253207 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDQDYERRLL RQIVIQNENT MPRVTEMRRT LTPASSPVSS PSKHGDRFIP SRAGANWSVN FHRINENEKS PSQNRKAKDA TSDNGKDGL AYSALLKNEL LGAGIEKVQD PQTEDRRLQP STPEKKGLFT YSLSTKRSSP DDGNDVSPYS LSPVSNKSQK L LRSPRKPT ...文字列:
MDQDYERRLL RQIVIQNENT MPRVTEMRRT LTPASSPVSS PSKHGDRFIP SRAGANWSVN FHRINENEKS PSQNRKAKDA TSDNGKDGL AYSALLKNEL LGAGIEKVQD PQTEDRRLQP STPEKKGLFT YSLSTKRSSP DDGNDVSPYS LSPVSNKSQK L LRSPRKPT RKISKIPFKV LDAPELQDDF YLNLVDWSSL NVLSVGLGTC VYLWSACTSQ VTRLCDLSVE GDSVTSVGWS ER GNLVAVG THKGFVQIWD AAAGKKLSML EGHTARVGAL AWNAEQLSSG SRDRMILQRD IRTPPLQSER RLQGHRQEVC GLK WSTDHQ LLASGGNDNK LLVWNHSSLS PVQQYTEHLA AVKAIAWSPH QHGLLASGGG TADRCIRFWN TLTGQPLQCI DTGS QVCNL AWSKHANELV STHGYSQNQI LVWKYPSLTQ VAKLTGHSYR VLYLAMSPDG EAIVTGAGDE TLRFWNVFSK TRSTK VKWE SVSVLNLFTR IR

UniProtKB: Fizzy-related protein homolog

+
分子 #16: Cell division cycle protein 23 homolog

分子名称: Cell division cycle protein 23 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 69.075133 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAASTSMVPV AVTAAVAPVL SINSDFSDLR EIKKQLLLIA GLTRERGLLH SSKWSAELAF SLPALPLAEL QPPPPITEED AQDMDAYTL AKAYFDVKEY DRAAHFLHGC NSKKAYFLYM YSRYLSGEKK KDDETVDSLG PLEKGQVKNE ALRELRVELS K KHQARELD ...文字列:
MAASTSMVPV AVTAAVAPVL SINSDFSDLR EIKKQLLLIA GLTRERGLLH SSKWSAELAF SLPALPLAEL QPPPPITEED AQDMDAYTL AKAYFDVKEY DRAAHFLHGC NSKKAYFLYM YSRYLSGEKK KDDETVDSLG PLEKGQVKNE ALRELRVELS K KHQARELD GFGLYLYGVV LRKLDLVKEA IDVFVEATHV LPLHWGAWLE LCNLITDKEM LKFLSLPDTW MKEFFLAHIY TE LQLIEEA LQKYQNLIDV GFSKSSYIVS QIAVAYHNIR DIDKALSIFN ELRKQDPYRI ENMDTFSNLL YVRSMKSELS YLA HNLCEI DKYRVETCCV IGNYYSLRSQ HEKAALYFQR ALKLNPRYLG AWTLMGHEYM EMKNTSAAIQ AYRHAIEVNK RDYR AWYGL GQTYEILKMP FYCLYYYRRA HQLRPNDSRM LVALGECYEK LNQLVEAKKC YWRAYAVGDV EKMALVKLAK LHEQL TESE QAAQCYIKYI QDIYSCGEIV EHLEESTAFR YLAQYYFKCK LWDEASTCAQ KCCAFNDERE EGKALLRQIL QLRNQG EEP TTEVPAPFFL PASLSANNEP TRRVEPLNLS SVEP

UniProtKB: Cell division cycle protein 23 homolog

+
分子 #17: Anaphase-promoting complex subunit 7

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 63.20402 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MNVIDHVRDM AAAGLHSNVR LLSSLLLTMS NNNPELFSPP QKYQLLVYHA DSLFHDKEYR NAVSKYTMAL QQKKALSKTS KVRPSTGNS ASTPQSQCLP SEIEVKYKMA ECYTMLKQDK DAIAILDGIP SRQRTPKINM MLANLYKKAG QERPSVTSYK E VLRQCPLA ...文字列:
MNVIDHVRDM AAAGLHSNVR LLSSLLLTMS NNNPELFSPP QKYQLLVYHA DSLFHDKEYR NAVSKYTMAL QQKKALSKTS KVRPSTGNS ASTPQSQCLP SEIEVKYKMA ECYTMLKQDK DAIAILDGIP SRQRTPKINM MLANLYKKAG QERPSVTSYK E VLRQCPLA LDAILGLLSL SVKGAEVASM TMNVIQTVPN LDWLSVWIKA YAFVHTGDNS RAISTICSLE KKSLLRDNVD LL GSLADLY FRAGDNKNSV LKFEQAQMLD PYLIKGMDVY GYLLAREGRL EDVENLGCRL FNISDQHAEP WVVSGCHSFY SKR YSRALY LGAKAIQLNS NSVQALLLKG AALRNMGRVQ EAIIHFREAI RLAPCRLDCY EGLIECYLAS NSIREAMVMA NNVY KTLGA NAQTLTLLAT VCLEDPVTQE KAKTLLDKAL TQRPDYIKAV VKKAELLSRE QKYEDGIALL RNALANQSDC VLHRI LGDF LVAVNEYQEA MDQYSIALSL DPNDQKSLEG MQKMEKEESP TDATQEEDVD DMEGSGEEGD LEGSDSEAAQ WADQEQ WFG MQ

UniProtKB: Anaphase-promoting complex subunit 7

+
分子 #18: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 661289
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る