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万見
- EMDB-4104: Negative stain reconstruction of the ROD(1-1250):Zwilch:ZW10 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4104
タイトルNegative stain reconstruction of the ROD(1-1250):Zwilch:ZW10
マップデータNegative stain 3D reconstruction of ROD1-1250:Zwilch:ZW10 complex
試料
  • 複合体: Heterotrimeric complex of Zw10, Zwilch and ROD with a C-terminal truncation of 759 amino acids
    • タンパク質・ペプチド: ROD(1-1250)
    • タンパク質・ペプチド: Zw10
    • タンパク質・ペプチド: Zwilch
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Mosalaganti S
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2017
タイトル: Structure of the RZZ complex and molecular basis of its interaction with Spindly.
著者: Shyamal Mosalaganti / Jenny Keller / Anika Altenfeld / Michael Winzker / Pascaline Rombaut / Michael Saur / Arsen Petrovic / Annemarie Wehenkel / Sabine Wohlgemuth / Franziska Müller / ...著者: Shyamal Mosalaganti / Jenny Keller / Anika Altenfeld / Michael Winzker / Pascaline Rombaut / Michael Saur / Arsen Petrovic / Annemarie Wehenkel / Sabine Wohlgemuth / Franziska Müller / Stefano Maffini / Tanja Bange / Franz Herzog / Herbert Waldmann / Stefan Raunser / Andrea Musacchio /
要旨: Kinetochores are macromolecular assemblies that connect chromosomes to spindle microtubules (MTs) during mitosis. The metazoan-specific ≈800-kD ROD-Zwilch-ZW10 (RZZ) complex builds a fibrous corona ...Kinetochores are macromolecular assemblies that connect chromosomes to spindle microtubules (MTs) during mitosis. The metazoan-specific ≈800-kD ROD-Zwilch-ZW10 (RZZ) complex builds a fibrous corona that assembles on mitotic kinetochores before MT attachment to promote chromosome alignment and robust spindle assembly checkpoint signaling. In this study, we combine biochemical reconstitutions, single-particle electron cryomicroscopy, cross-linking mass spectrometry, and structural modeling to build a complete model of human RZZ. We find that RZZ is structurally related to self-assembling cytosolic coat scaffolds that mediate membrane cargo trafficking, including Clathrin, Sec13-Sec31, and αβ'ε-COP. We show that Spindly, a dynein adaptor, is related to BicD2 and binds RZZ directly in a farnesylation-dependent but membrane-independent manner. Through a targeted chemical biology approach, we identify ROD as the Spindly farnesyl receptor. Our results suggest that RZZ is dynein's cargo at human kinetochores.
履歴
登録2016年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月12日-
マップ公開2017年3月22日-
更新2017年6月7日-
現状2017年6月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.47
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.47
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4104.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4104.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain 3D reconstruction of ROD1-1250:Zwilch:ZW10 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.64 Å/pix.
x 128 pix.
= 593.92 Å		4.64 Å/pix.
x 128 pix.
= 593.92 Å		4.64 Å/pix.
x 128 pix.
= 593.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.64 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.47 / ムービー #1: 1.47
最小 - 最大-4.2169476 - 17.105537000000002
平均 (標準偏差)0.02075383 (±0.36448944)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 593.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.644.644.64
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z593.920593.920593.920
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-4.21717.1060.021

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Heterotrimeric complex of Zw10, Zwilch and ROD with a C-terminal ...

全体名称: Heterotrimeric complex of Zw10, Zwilch and ROD with a C-terminal truncation of 759 amino acids
要素
  • 複合体: Heterotrimeric complex of Zw10, Zwilch and ROD with a C-terminal truncation of 759 amino acids
    • タンパク質・ペプチド: ROD(1-1250)
    • タンパク質・ペプチド: Zw10
    • タンパク質・ペプチド: Zwilch

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超分子 #1: Heterotrimeric complex of Zw10, Zwilch and ROD with a C-terminal ...

超分子名称: Heterotrimeric complex of Zw10, Zwilch and ROD with a C-terminal truncation of 759 amino acids
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量実験値: 710 KDa

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分子 #1: ROD(1-1250)

分子名称: ROD(1-1250) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MWNDIELLTN DDTGSGYLSV GSRKEHGTAL YQVDLLVKIS SEKASLNPKI QACSLSDGFI IVADQSVIL LDSICRSLQL HLVFDTEVDV VGLCQEGKFL LVGERSGNLH LIHVTSKQTL L TNAFVQKA NDENRRTYQN LVIEKDGSNE GTYYMLLLTY SGFFCITNLQ ...文字列:
MWNDIELLTN DDTGSGYLSV GSRKEHGTAL YQVDLLVKIS SEKASLNPKI QACSLSDGFI IVADQSVIL LDSICRSLQL HLVFDTEVDV VGLCQEGKFL LVGERSGNLH LIHVTSKQTL L TNAFVQKA NDENRRTYQN LVIEKDGSNE GTYYMLLLTY SGFFCITNLQ LLKIQQAIEN VD FSTAKKL QGQIKSSFIS TENYHTLGCL SLVAGDLASE VPVIIGGTGN CAFSKWEPDS SKK GMTVKN LIDAEIIKGA KKFQLIDNLL FVLDTDNVLS LWDIYTLTPV WNWPSLHVEE FLLT TEADS PSSVTWQGIT NLKLIALTAS ANKKMKNLMV YSLPTMEILY SLEVSSVSSL VQTGI STDT IYLLEGVCKN DPKLSEDSVS VLVLRCLTEA LPENRLSRLL HKHRFAEAES FAIQFG LDV ELVYKVKSNH ILEKLALSSV DASEQTEWQQ LVDDAKENLH KIQDDEFVVN YCLKAQW IT YETTQEMLNY AKTRLLKKED KTALIYSDGL KEVLRAHAKL TTFYGAFGPE KFSGSSWI E FLNNEDDLKD IFLQLKEGNL VCAQYLWLRH RANFESRFDV KMLESLLNSM SASVSLQKL CPWFKNDVIP FVRRTVPEGQ IILAKWLEQA ARNLELTDKA NWPENGLQLA EIFFTAEKTD ELGLASSWH WISLKDYQNT EEVCQLRTLV NNLRELITLH RKYNCKLALS DFEKENTTTI V FRMFDKVL APELIPSILE KFIRVYMREH DLQEEELLLL YIEDLLNRCS SKSTSLFETA WE AKAMAVI ACLSDTDLIF DAVLKIMYAA VVPWSAAVEQ LVKQHLEMDH PKVKLLQESY KLM EMKKLL RGYGIREVNL LNKEIMRVVR YILKQDVPSS LEDALKVAQA FMLSDDEIYS LRII DLIDR EQGEDCLLLL KSLPPAEAEK TAERVIIWAR LALQEEPDHS KEGKAWRMSV AKTSV DILK ILCDIQKDNL QKKDECEEML KLFKEVASLQ ENFEVFLSFE DYSNSSLVAD LREQHI KAH EVAQAKHKPG STPEPIAAEV RSPSMESKLH RQALALQMSK QELEAELTLR ALKDGNI KT ALKKCSDLFK YHCNADTGKL LFLTCQKLCQ MLADNVPVTV PVGLNLPSMI HDLASQAA T ICSPDFLLDA LELCKHTLMA VELSRQCQMD DCGILMKASF GTHKDPYEEW SYSDFFSED GIVLESQMVL PVIYELISSL VPLAESKRYP LESTSLPYCS LNEGDGLVLP

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分子 #2: Zw10

分子名称: Zw10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MASFVTEVLA HSGRLEKEDL GTRISRLTRR VEEIKGEVCN MISKKYSEFL PSMQSAQGLI TQVDKLSED IDLLKSRIES EVRRDLHVST GEFTDLKQQL ERDSVVLSLL KQLQEFSTAI E EYNCALTE KKYVTGAQRL EEAQKCLKLL KSRKCFDLKI LKSLSMELTI ...文字列:
MASFVTEVLA HSGRLEKEDL GTRISRLTRR VEEIKGEVCN MISKKYSEFL PSMQSAQGLI TQVDKLSED IDLLKSRIES EVRRDLHVST GEFTDLKQQL ERDSVVLSLL KQLQEFSTAI E EYNCALTE KKYVTGAQRL EEAQKCLKLL KSRKCFDLKI LKSLSMELTI QKQNILYHLG EE WQKLIVW KFPPSKDTSS LESYLQTELH LYTEQSHKEE KTPMPPISSV LLAFSVLGEL HSK LKSFGQ MLLKYILRPL ASCPSLHAVI ESQPNIVIIR FESIMTNLEY PSPSEVFTKI RLVL EVLQK QLLDLPLDTD LENEKTSTVP LAEMLGDMIW EDLSECLIKN CLVYSIPTNS SKLQQ YEEI IQSTEEFENA LKEMRFLKGD TTDLLKYARN INSHFANKKC QDVIVAARNL MTSEIH NTV KIIPDSKINV PELPTPDEDN KLEVQKVSNT QYHEVMNLEP ENTLDQHSFS LPTCRIS ES VKKLMELAYQ TLLEATTSSD QCAVQLFYSV RNIFHLFHDV VPTYHKENLQ KLPQLAAI H HNNCMYIAHH LLTLGHQFRL RLAPILCDGT ATFVDLVPGF RRLGTECFLA QMRAQKGEL LERLSSARNF SNMDDEENYS AASKAVRQVL HQLKRLGIVW QDVLPVNIYC KAMGTLLNTA ISEVIGKIT ALEDISTEDG DRLYSLCKTV MDEGPQVFAP LSEESKNKKY QEEVPVYVPK W MPFKELMM MLQASLQEIG DRWADGKGPL AAAFSSSEVK ALIRALFQNT ERRAAALAKI K

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分子 #3: Zwilch

分子名称: Zwilch / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MWERLNCAAE DFYSRLLQKF NEEKKGIRKD PFLYEADVQV QLISKGQPNP LKNILNENDI VFIVEKVPL EKEETSHIEE LQSEETAISD FSTGENVGPL ALPVGKARQL IGLYTMAHNP N MTHLKINL PVTALPPLWV RCDSSDPEGT CWLGAELITT NNSITGIVLY ...文字列:
MWERLNCAAE DFYSRLLQKF NEEKKGIRKD PFLYEADVQV QLISKGQPNP LKNILNENDI VFIVEKVPL EKEETSHIEE LQSEETAISD FSTGENVGPL ALPVGKARQL IGLYTMAHNP N MTHLKINL PVTALPPLWV RCDSSDPEGT CWLGAELITT NNSITGIVLY VVSCKADKNY SV NLENLKN LHKKRHHLST VTSKGFAQYE LFKSSALDDT ITASQTAIAL DISWSPVDEI LQI PPLSST ATLNIKVESG EPRGPLNHLY RELKFLLVLA DGLRTGVTEW LEPLEAKSAV ELVQ EFLND LNKLDGFGDS TKKDTEVETL KHDTAAVDRS VKRLFKVRSD LDFAEQLWCK MSSSV ISYQ DLVKCFTLII QSLQRGDIQP WLHSGSNSLL SKLIHQSYHG TMDTVSLSGT IPVQML LEI GLDKLKKDYI SFFIGQELAS LNHLEYFIAP SVDIQEQVYR VQKLHHILEI LVSCMPF IK SQHELLFSLT QICIKYYKQN PLDEQHIFQL PVRPTAVKNL YQSEKPQKWR VEIYSGQK K IKTVWQLSDS SPIDHLNFHK PDFSELTLNG SLEERIFFTN MVTCSQVHFK

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8.5
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1200
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 19.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3424
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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