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万見
- EMDB-6426: Negative-stain electron microscopy of a full-length transmembrane... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6426
タイトルNegative-stain electron microscopy of a full-length transmembrane receptor tyrosine kinase (PDGFR) in complex with PDGFB
マップデータReconstruction of PDGF-B in complex with full-length PDGFR-Beta
試料
  • 試料: human PDGF-B bound to PDGFR-Beta
  • タンパク質・ペプチド: Platelet-derived growth factor receptor beta
  • タンパク質・ペプチド: Platelet-derived growth factor-BB
キーワードreceptor tyrosine kinase / membrane protein / cancer / signal transduction / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


metanephric glomerular mesangial cell development / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell dedifferentiation / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration / negative regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / platelet-derived growth factor complex / platelet-derived growth factor receptor activity / cell migration involved in coronary angiogenesis / metanephric glomerular mesangial cell proliferation involved in metanephros development / platelet activating factor receptor activity / cell migration involved in vasculogenesis ...metanephric glomerular mesangial cell development / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell dedifferentiation / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration / negative regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / platelet-derived growth factor complex / platelet-derived growth factor receptor activity / cell migration involved in coronary angiogenesis / metanephric glomerular mesangial cell proliferation involved in metanephros development / platelet activating factor receptor activity / cell migration involved in vasculogenesis / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration by platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / smooth muscle cell chemotaxis / positive regulation of glomerular filtration / metanephric glomerular capillary formation / cellular response to mycophenolic acid / superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / aorta morphogenesis / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / smooth muscle adaptation / platelet-derived growth factor binding / vascular endothelial growth factor binding / retina vasculature development in camera-type eye / positive regulation of protein autophosphorylation / cardiac myofibril assembly / interleukin-18-mediated signaling pathway / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / Signaling by PDGF / positive regulation of chemotaxis / paracrine signaling / phospholipase C activator activity / platelet-derived growth factor receptor binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / positive regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of DNA biosynthetic process / positive regulation of calcium ion import / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / chemoattractant activity / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / monocyte chemotaxis / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / positive regulation of cell division / Non-integrin membrane-ECM interactions / negative regulation of platelet activation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / embryonic placenta development / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / collagen binding / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of mitotic nuclear division / Downstream signal transduction / positive regulation of calcium-mediated signaling / GTPase activator activity / lysosomal lumen / negative regulation of miRNA transcription / reactive oxygen species metabolic process / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / platelet alpha granule lumen / cell chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / regulation of actin cytoskeleton organization / growth factor activity / peptidyl-tyrosine phosphorylation / receptor protein-tyrosine kinase / cellular response to growth factor stimulus / positive regulation of miRNA transcription / response to wounding / Golgi lumen / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Platelet degranulation / PIP3 activates AKT signaling / heart development / protein autophosphorylation / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cytoplasmic vesicle / : / protein tyrosine kinase activity / angiogenesis / basolateral plasma membrane / gene expression / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / positive regulation of cell migration / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / protein heterodimerization activity / Golgi membrane / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
Platelet-derived growth factor, N-terminal / Platelet-derived growth factor, N terminal region / Platelet-derived growth factor receptor beta / Platelet-derived growth factor receptor Ig-like domain 4 / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family ...Platelet-derived growth factor, N-terminal / Platelet-derived growth factor, N terminal region / Platelet-derived growth factor receptor beta / Platelet-derived growth factor receptor Ig-like domain 4 / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Cystine-knot cytokine / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Platelet-derived growth factor subunit B / Platelet-derived growth factor receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 27.0 Å
データ登録者Chen PH / Unger VM / He X
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2015
タイトル: Structure of Full-Length Human PDGFRβ Bound to Its Activating Ligand PDGF-B as Determined by Negative-Stain Electron Microscopy.
著者: Po-Han Chen / Vinzenz Unger / Xiaolin He /
要旨: Members of the receptor tyrosine kinases (RTKs) regulate important cellular functions such as cell growth and migration, which are key steps in angiogenesis, in organ morphogenesis and in the ...Members of the receptor tyrosine kinases (RTKs) regulate important cellular functions such as cell growth and migration, which are key steps in angiogenesis, in organ morphogenesis and in the unregulated states, cancer formation. One long-standing puzzle regarding RTKs centers on how the extracellular domain (ECD), which detects and binds to growth factors, is coupled with the intracellular domain kinase activation. While extensive structural works on the soluble portions of RTKs have provided critical insights into RTK structures and functions, lack of a full-length receptor structure has hindered a comprehensive overview of RTK activation. In this study, we successfully purified and determined a 27-Å-resolution structure of PDGFRβ [a full-length human platelet-derived growth factor receptor], in complex with its ligand PDGF-B. In the ligand-stimulated complex, two PDGFRβs assemble into a dimer via an extensive interface essentially running along the full-length of the receptor, suggesting that the membrane-proximal region, the transmembrane helix and the kinase domain of PDGFRβ are involved in dimerization. Major structural differences are seen between the full-length and soluble ECD structures, rationalizing previous experimental data on how membrane-proximal domains modulate receptor ligand-binding affinity and dimerization efficiency. Also, in contrast to the 2-fold symmetry of the ECD, the intracellular kinase domains adopt an asymmetric dimer arrangement, in agreement with prior observations for the closely related KIT receptor. In essence, the structure provides a first glimpse into how platelet-derived growth factor receptor ECD, upon ligand stimulation, is coupled to its intracellular domain kinase activation.
履歴
登録2015年8月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年9月23日-
マップ公開2016年5月4日-
更新2016年5月4日-
現状2016年5月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6426.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6426.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of PDGF-B in complex with full-length PDGFR-Beta
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.71 Å/pix.
x 110 pix.
= 408.1 Å		3.71 Å/pix.
x 110 pix.
= 408.1 Å		3.71 Å/pix.
x 110 pix.
= 408.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.71 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.1818473 - 0.30766541
平均 (標準偏差)0.00180476 (±0.01717539)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ110110110
Spacing110110110
セルA=B=C: 408.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.713.713.71
M x/y/z110110110
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z408.100408.100408.100
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-31-64
NX/NY/NZ6963129
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS110110110
D min/max/mean-0.1820.3080.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human PDGF-B bound to PDGFR-Beta

全体名称: human PDGF-B bound to PDGFR-Beta
要素
  • 試料: human PDGF-B bound to PDGFR-Beta
  • タンパク質・ペプチド: Platelet-derived growth factor receptor beta
  • タンパク質・ペプチド: Platelet-derived growth factor-BB

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超分子 #1000: human PDGF-B bound to PDGFR-Beta

超分子名称: human PDGF-B bound to PDGFR-Beta / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample is cross-linked via the GraFix method after the gel filtration step.
集合状態: a PDGF-B dimer bound to two PDGFR-Beta / Number unique components: 2
分子量実験値: 300 KDa / 理論値: 300 KDa / 手法: gel filtration and SDS-PAGE analysis

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分子 #1: Platelet-derived growth factor receptor beta

分子名称: Platelet-derived growth factor receptor beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: PDGFR-Beta
詳細: N-terminal Flag tag is attached after a secretion signal derived from Gaussia luciferase.
コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: plasma membrane
分子量実験値: 150 KDa / 理論値: 150 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293GnTI- / 組換プラスミド: BacMam
配列UniProtKB: Platelet-derived growth factor receptor beta

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分子 #2: Platelet-derived growth factor-BB

分子名称: Platelet-derived growth factor-BB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: PDGF-BB / 詳細: C-terminal residues 191-241 removed / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Extracellular
分子量実験値: 12 KDa / 理論値: 12 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293GnTI- / 組換プラスミド: BacMam
配列UniProtKB: Platelet-derived growth factor subunit B

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 150 mM NaCl, 10 mM HEPES, 0.01% LMNG, ~20% glycerol
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein were floated on 0.75% w/v uranyl formate for 20 seconds.
グリッド詳細: 400 mesh copper grid with ~2.1 nm thin carbon support, glow-discharged in ambient air atmosphere
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡OTHER
日付2014年12月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 実像数: 100
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 3.4 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle max: 50

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画像解析

詳細Initial models are reconstructed by RCT. Visual inspection of similar classes were pooled, and one initial model was used as an input model for 3D classification into three classes using RELION.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 27.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: XMIPP, RELION / 使用した粒子像数: 4234

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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