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- EMDB-40943: E. coli Sw2/Snf2 ATPase RapA bound to both ADP-AlF3 and reconstit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40943
タイトルE. coli Sw2/Snf2 ATPase RapA bound to both ADP-AlF3 and reconstituted E. coli RNA polymerase post-termination complex on negatively-supercoiled DNA
マップデータLocally Filtered
試料
  • 複合体: E. coli Post-termination complex with open DNA bubble on negatively supercoiled DNA
    • DNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 5種
  • リガンド: x 4種
キーワードRNA polymerase / Negatively supercoiled DNA / Sigma-independent transcription / RapA / RNAP recycling / Sw2/Snf2 ATPase / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on acid anhydrides / DNA-directed RNA polymerase complex / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : ...hydrolase activity, acting on acid anhydrides / DNA-directed RNA polymerase complex / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase recycling, bacterial, C-terminal / RNA polymerase-associated protein RapA / RapA, N-terminal Tudor like domain 1 / RapA, N-terminal Tudor-like domain 2 / RNA polymerase recycling family C-terminal / RapA N-terminal Tudor like domain / RapA N-terminal Tudor like domain 1 / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal ...RNA polymerase recycling, bacterial, C-terminal / RNA polymerase-associated protein RapA / RapA, N-terminal Tudor like domain 1 / RapA, N-terminal Tudor-like domain 2 / RNA polymerase recycling family C-terminal / RapA N-terminal Tudor like domain / RapA N-terminal Tudor like domain 1 / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / Helicase conserved C-terminal domain / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNA polymerase-associated protein RapA / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å
データ登録者Brewer JJ / Darst SA / Campbell EA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: RapA opens the RNA polymerase clamp to disrupt post-termination complexes and prevent cytotoxic R-loop formation.
著者: Joshua J Brewer / Koe Inlow / Rachel A Mooney / Barbara Bosch / Paul Dominic B Olinares / Leandro Pimentel Marcelino / Brian T Chait / Robert Landick / Jeff Gelles / Elizabeth A Campbell / Seth A Darst /
要旨: Following transcript release during intrinsic termination, Escherichia coli RNA polymerase (RNAP) often remains associated with DNA in a post-termination complex (PTC). RNAPs in PTCs are removed from ...Following transcript release during intrinsic termination, Escherichia coli RNA polymerase (RNAP) often remains associated with DNA in a post-termination complex (PTC). RNAPs in PTCs are removed from the DNA by the SWI2/SNF2 adenosine triphosphatase (ATPase) RapA. Here we determined PTC structures on negatively supercoiled DNA and with RapA engaged to dislodge the PTC. We found that core RNAP in the PTC can unwind DNA and initiate RNA synthesis but is prone to producing R-loops. Nucleotide binding to RapA triggers a conformational change that opens the RNAP clamp, allowing DNA in the RNAP cleft to reanneal and dissociate. We show that RapA helps to control cytotoxic R-loop formation in vivo, likely by disrupting PTCs. We suggest that analogous ATPases acting on PTCs to suppress transcriptional noise and R-loop formation may be widespread. These results hold importance for the bacterial transcription cycle and highlight a role for RapA in maintaining genome stability.
履歴
登録2023年6月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月2日-
マップ公開2025年4月2日-
更新2025年4月30日-
現状2025年4月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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ファイルダウンロード / ファイル: emd_40943.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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最小 - 最大-1.7973729 - 2.8377547
平均 (標準偏差)0.004145714 (±0.05485082)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 275.456 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : E. coli Post-termination complex with open DNA bubble on negative...

全体名称: E. coli Post-termination complex with open DNA bubble on negatively supercoiled DNA
要素
  • 複合体: E. coli Post-termination complex with open DNA bubble on negatively supercoiled DNA
    • DNA: DNA (29-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*GP*A)-3')
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase-associated protein RapA
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ALUMINUM FLUORIDE

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超分子 #1: E. coli Post-termination complex with open DNA bubble on negative...

超分子名称: E. coli Post-termination complex with open DNA bubble on negatively supercoiled DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #6-#7, #5, #1-#4
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 25.597117 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SVTEFLKPRL VDIEQVSSTH AKVTLEPLER GFGHTLGNAL RRILLSSMPG CAVTEVEIDG VLHEYSTKEG VQEDILEILL NLKGLAVRV QGKDEVILTL NKSGIGPVTA ADITHDGDVE IVKPQHVICH LTDENASISM RIKVQRGRGY VPASTRIHSE E DERPIGRL ...文字列:
SVTEFLKPRL VDIEQVSSTH AKVTLEPLER GFGHTLGNAL RRILLSSMPG CAVTEVEIDG VLHEYSTKEG VQEDILEILL NLKGLAVRV QGKDEVILTL NKSGIGPVTA ADITHDGDVE IVKPQHVICH LTDENASISM RIKVQRGRGY VPASTRIHSE E DERPIGRL LVDACYSPVE RIAYNVEAAR VEQRTDLDKL VIEMETNGTI DPEEAIRRAA TILAEQLEAF VDLA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 150.560562 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: VYSYTEKKRI RKDFGKRPQV LDVPYLLSIQ LDSFQKFIEQ DPEGQYGLEA AFRSVFPIQS YSGNSELQYV SYRLGEPVFD VQECQIRGV TYSAPLRVKL RLVIYEREAP EGTVKDIKEQ EVYMGEIPLM TDNGTFVING TERVIVSQLH RSPGVFFDSD K GKTHSSGK ...文字列:
VYSYTEKKRI RKDFGKRPQV LDVPYLLSIQ LDSFQKFIEQ DPEGQYGLEA AFRSVFPIQS YSGNSELQYV SYRLGEPVFD VQECQIRGV TYSAPLRVKL RLVIYEREAP EGTVKDIKEQ EVYMGEIPLM TDNGTFVING TERVIVSQLH RSPGVFFDSD K GKTHSSGK VLYNARIIPY RGSWLDFEFD PKDNLFVRID RRRKLPATII LRALNYTTEQ ILDLFFEKVI FEIRDNKLQM EL VPERLRG ETASFDIEAN GKVYVEKGRR ITARHIRQLE KDDVKLIEVP VEYIAGKVVA KDYIDESTGE LICAANMELS LDL LAKLSQ SGHKRIETLF TNDLDHGPYI SETLRVDPTN DRLSALVEIY RMMRPGEPPT REAAESLFEN LFFSEDRYDL SAVG RMKFN RSLLREEIEG SGILSKDDII DVMKKLIDIR NGKGEVDDID HLGNRRIRSV GEMAENQFRV GLVRVERAVK ERLSL GDLD TLMPQDMINA KPISAAVKEF FGSSQLSQFM DQNNPLSEIT HKRRISALGP GGLTRERAGF EVRDVHPTHY GRVCPI ETP EGPNIGLINS LSVYAQTNEY GFLETPYRKV TDGVVTDEIH YLSAIEEGNY VIAQANSNLD EEGHFVEDLV TCRSKGE SS LFSRDQVDYM DVSTQQVVSV GASLIPFLEH DDANRALMGA NMQRQAVPTL RADKPLVGTG MERAVAVDSG VTAVAKRG G VVQYVDASRI VIKVNEDEMY PGEAGIDIYN LTKYTRSNQN TCINQMPCVS LGEPVERGDV LADGPSTDLG ELALGQNMR VAFMPWNGYN FEDSILVSER VVQEDRFTTI HIQELACVSR DTKLGPEEIT ADIPNVGEAA LSKLDESGIV YIGAEVTGGD ILVGKVTPK GETQLTPEEK LLRAIFGEKA SDVKDSSLRV PNGVSGTVID VQVFTRDGVE KDKRALEIEE MQLKQAKKDL S EELQILEA GLFSRIRAVL VAGGVEAEKL DKLPRDRWLE LGLTDEEKQN QLEQLAEQYD ELKHEFEKKL EAKRRKITQG DD LAPGVLK IVKVYLAVKR RIQPGDKMAG RHGNKGVISK INPIEDMPYD ENGTPVDIVL NPLGVPSRMN IGQILETHLG MAA KGIGDK INAMLKQQQE VAKLREFIQR AYDLGADVRQ KVDLSTFSDE EVMRLAENLR KGMPIATPVF DGAKEAEIKE LLKL GDLPT SGQIRLYDGR TGEQFERPVT VGYMYMLKLN HLVDDKMHAR STGSYSLVTQ QPLGGKAQFG GQRFGEMEVW ALEAY GAAY TLQEMLTVKS DDVNGRTKMY KNIVDGNHQM EPGMPESFNV LLKEIRSLGI NIELED

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 150.406328 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EFDAIKIALA SPDMIRSWSF GEVKKPETIN YRTFKPERDG LFCARIFGPV KDYECLCGKY KRLKHRGVIC EKCGVEVTQT KVRRERMGH IELASPTAHI WFLKSLPSRI GLLLDMPLRD IERVLYFESY VVIEGGMTNL ERQQILTEEQ YLDALEEFGD E FDAKMGAE ...文字列:
EFDAIKIALA SPDMIRSWSF GEVKKPETIN YRTFKPERDG LFCARIFGPV KDYECLCGKY KRLKHRGVIC EKCGVEVTQT KVRRERMGH IELASPTAHI WFLKSLPSRI GLLLDMPLRD IERVLYFESY VVIEGGMTNL ERQQILTEEQ YLDALEEFGD E FDAKMGAE AIQALLKSMD LEQECEQLRE ELNETNSETK RKKLTKRIKL LEAFVQSGNK PEWMILTVLP VLPPDLRPLV PL DGGRFAA SDLNDLYRRV INRNNRLKRL LDLAAPDIIV RNEKRMLQEA VDALLDNGRR GRAITGSNKR PLKSLADMIK GKQ GRFRQN LLGKRVDYSG RSVITVGPYL RLHQCGLPKK MALELFKPFI YGKLELRGLA TTIKAAKKMV EREEAVVWDI LDEV IREHP VLLNRAPTLH RLGIQAFEPV LIEGKAIQLH PLVCAAYNAD FDGDQMAVHV PLTLEAQLEA RALMMSTNNI LSPAN GEPI IVPSQDVVLG LYYMTRDCVN AKGEGMVLTG PKEAERLYRS GLASLHARVK VRITEYEKDA NGELVAKTSL KDTTVG RAI LWMIVPKGLP YSIVNQALGK KAISKMLNTC YRILGLKPTV IFADQIMYTG FAYAARSGAS VGIDDMVIPE KKHEIIS EA EAEVAEIQEQ FQSGLVTAGE RYNKVIDIWA AANDRVSKAM MDNLQTETVI NRDGQEEKQV SFNSIYMMAD SGARGSAA Q IRQLAGMRGL MAKPDGSIIE TPITANFREG LNVLQYFIST HGARKGLADT ALKTANSGYL TRRLVDVAQD LVVTEDDCG THEGIMMTPV IEGGDVKEPL RDRVLGRVTA EDVLKPGTAD ILVPRNTLLH EQWCDLLEEN SVDAVKVRSV VSCDTDFGVC AHCYGRDLA RGHIINKGEA IGVIAAQSIG EPGTQLTMRT FHIGGAASRA AAESSIQVKN KGSIKLSNVK SVVNSSGKLV I TSRNTELK LIDEFGRTKE SYKVPYGAVL AKGDGEQVAG GETVANWDPH TMPVITEVSG FVRFTDMIDG QTITRQTDEL TG LSSLVVL DSAERTAGGK DLRPALKIVD AQGNDVLIPG TDMPAQYFLP GKAIVQLEDG VQISSGDTLA RIPQESGGTK DIT GGLPRV ADLFEARRPK EPAILAEISG IVSFGKETKG KRRLVITPVD GSDPYEEMIP KWRQLNVFEG ERVERGDVIS DGPE APHDI LRLRGVHAVT RYIVNEVQDV YRLQGVKIND KHIEVIVRQM LRKATIVNAG SSDFLEGEQV EYSRVKIANR ELEAN GKVG ATYSRDLLGI TKASLATESF ISAASFQETT RVLTEAAVAG KRDELRGLKE NVIVGRLIPA GTGYAYHQDR MRRR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

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分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 8.250298 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
RVTVQDAVEK IGNRFDLVLV AARRARQMQV GGKDPLVPEE NDKTTVIALR EIEEGLINNQ ILDVRERQEQ QE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

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分子 #5: RNA polymerase-associated protein RapA

分子名称: RNA polymerase-associated protein RapA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 109.096914 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: PFTLGQRWIS DTESELGLGT VVAVDARTVT LLFPSTGENR LYARSDSPVT RVMFNPGDTI TSHDGWQMQV EEVKEENGLL TYIGTRLDT EESGVALREV FLDSKLVFSK PQDRLFAGQI DRMDRFALRY RARKYSSEQF RMPASGLRGQ RTSLIPHQLN I AHDVGRRH ...文字列:
PFTLGQRWIS DTESELGLGT VVAVDARTVT LLFPSTGENR LYARSDSPVT RVMFNPGDTI TSHDGWQMQV EEVKEENGLL TYIGTRLDT EESGVALREV FLDSKLVFSK PQDRLFAGQI DRMDRFALRY RARKYSSEQF RMPASGLRGQ RTSLIPHQLN I AHDVGRRH APRVLLADEV GLGKTIEAGM ILHQQLLSGA AERVLIIVPE TLQHQWLVEM LRRFNLRFAL FDDERYAEAQ HD AYNPFDT EQLVICSLDF ARRSKQRLEH LCEAEWDLLV VDEAHHLVWS EDAPSREYQA IEQLAEHVPG VLLLTATPEQ LGM ESHFAR LRLLDPNRFH DFAQFVEEQK NYRPVADAVA MLLAGNKLSN DELNMLGEMI GEQDIEPLLQ AANSDSEDAQ SARQ ELVSM LMDRHGASRV LFRNTRNGVK GAPKRELHTI KLPLPTQYQT AIKVSGIMGA RKSAEDRARD MLYPERIYQE FEGDN ATWW NFDPRVEWLM GYLTSHRSQK VLVICAKAAT ALQLEQVLRE REGIRAAVFH EGMSIIERDR AAAWFAEEDT GAQVLL CSE IGSEGRNFQF ASHMVMFDLP FNPDLLEQRI GALDRIGQAH DIQIHVPYLE KTAQSVLVRW YHEGLDAFEH TCPTGAT IY DSVYNDLINY LASPDQTEGF DDLIKNCREQ HEALKAQLEQ GADRLLEIHS NGGEKAQALA ESIEEQDDDT ALIAFAMN L FDAIGINQDD RGDNMIVLTP SDHMLVPDFP GLSEDGITIT FDREVALARE DAQFITWEHP LIRNGLDLIL SGDTGSSTI SLLKNKALPV GTLLVELIYV VEAQAPKQLQ LNRFLPPTPV RMLLDKNGNN LAAQVEFETF NRQLNAVNRH TGSKLVNAVQ QDVHAILQL GEAQIEKSAR ALIDAARNEA DEKLSAELSR LEALRAVNPN IRDDELTAIE SNRQQVMESL DQAGWRLDAL R LIVVTH

UniProtKB: RNA polymerase-associated protein RapA

+
分子 #6: DNA (29-MER)

分子名称: DNA (29-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 7.1588 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)

+
分子 #7: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*GP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*GP*A)-3')
タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.951477 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)

+
分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #10: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #11: ALUMINUM FLUORIDE

分子名称: ALUMINUM FLUORIDE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: AF3
分子量理論値: 83.977 Da
Chemical component information

ChemComp-AF3:
ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6alh

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 100010
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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