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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40918 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Human glutaminase C (Y466W) with L-Gln and Pi, filamentous form | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Cancer / Filament / Metabolism / HYDROLASE | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamine catabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / glutamate biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / intracellular glutamate homeostasis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / glutaminase / glutaminase activity / suckling behavior / TP53 Regulates Metabolic Genes ...glutamine catabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / glutamate biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / intracellular glutamate homeostasis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / glutaminase / glutaminase activity / suckling behavior / TP53 Regulates Metabolic Genes / chemical synaptic transmission / protein homotetramerization / mitochondrial matrix / synapse / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Feng S / Aplin C / Nguyen T-TT / Milano SK / Cerione RA | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Filament formation drives catalysis by glutaminase enzymes important in cancer progression. 著者: Shi Feng / Cody Aplin / Thuy-Tien T Nguyen / Shawn K Milano / Richard A Cerione / 要旨: The glutaminase enzymes GAC and GLS2 catalyze the hydrolysis of glutamine to glutamate, satisfying the 'glutamine addiction' of cancer cells. They are the targets of anti-cancer drugs; however, their ...The glutaminase enzymes GAC and GLS2 catalyze the hydrolysis of glutamine to glutamate, satisfying the 'glutamine addiction' of cancer cells. They are the targets of anti-cancer drugs; however, their mechanisms of activation and catalytic activity have been unclear. Here we demonstrate that the ability of GAC and GLS2 to form filaments is directly coupled to their catalytic activity and present their cryo-EM structures which provide a view of the conformational states essential for catalysis. Filament formation guides an 'activation loop' to assume a specific conformation that works together with a 'lid' to close over the active site and position glutamine for nucleophilic attack by an essential serine. Our findings highlight how ankyrin repeats on GLS2 regulate enzymatic activity, while allosteric activators stabilize, and clinically relevant inhibitors block, filament formation that enables glutaminases to catalyze glutaminolysis and support cancer progression. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40918.map.gz | 117.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40918-v30.xml emd-40918.xml | 15.8 KB 15.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40918_fsc.xml | 10.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40918.png | 76.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40918.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_40918_half_map_1.map.gz emd_40918_half_map_2.map.gz | 115.8 MB 115.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40918 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40918 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40918_validation.pdf.gz | 987.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40918_full_validation.pdf.gz | 987.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40918_validation.xml.gz | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40918_validation.cif.gz | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40918 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40918 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8szjMC 8szlC 8t0zC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40918.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40918_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40918_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human glutaminase C (Y466W) with L-Gln and Pi
全体 | 名称: Human glutaminase C (Y466W) with L-Gln and Pi |
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要素 |
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-超分子 #1: Human glutaminase C (Y466W) with L-Gln and Pi
超分子 | 名称: Human glutaminase C (Y466W) with L-Gln and Pi / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
分子 | 名称: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glutaminase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 65.563953 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MMRLRGSGML RDLLLRSPAG VSATLRRAQP LVTLCRRPRG GGRPAAGPAA AARLHPWWGG GGWPAEPLAR GLSSSPSEIL QELGKGSTH PQPGVSPPAA PAAPGPKDGP GETDAFGNSE GKELVASGEN KIKQGLLPSL EDLLFYTIAE GQEKIPVHKF I TALKSTGL ...文字列: MMRLRGSGML RDLLLRSPAG VSATLRRAQP LVTLCRRPRG GGRPAAGPAA AARLHPWWGG GGWPAEPLAR GLSSSPSEIL QELGKGSTH PQPGVSPPAA PAAPGPKDGP GETDAFGNSE GKELVASGEN KIKQGLLPSL EDLLFYTIAE GQEKIPVHKF I TALKSTGL RTSDPRLKEC MDMLRLTLQT TSDGVMLDKD LFKKCVQSNI VLLTQAFRRK FVIPDFMSFT SHIDELYESA KK QSGGKVA DYIPQLAKFS PDLWGVSVCT VDGQRHSTGD TKVPFCLQSC VKPLKYAIAV NDLGTEYVHR YVGKEPSGLR FNK LFLNED DKPHNPMVNA GAIVVTSLIK QGVNNAEKFD YVMQFLNKMA GNEYVGFSNA TFQSERESGD RNFAIGYYLK EKKC FPEGT DMVGILDFYF QLCSIEVTCE SASVMAATLA NGGFCPITGE RVLSPEAVRN TLSLMHSCGM WDFSGQFAFH VGLPA KSGV AGGILLVVPN VMGMMCWSPP LDKMGNSVKG IHFCHDLVSL CNFHNYDNLR HFAKKLDPRR EGGDQRHSFG PLDYES LQQ ELALKETVWK KVSPESNEDI STTVVYRMES LGEKS UniProtKB: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial |
-分子 #2: PHOSPHATE ION
分子 | 名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: PO4 |
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分子量 | 理論値: 94.971 Da |
Chemical component information | ChemComp-PO4: |
-分子 #3: GLUTAMINE
分子 | 名称: GLUTAMINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: GLN |
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分子量 | 理論値: 146.144 Da |
Chemical component information | ChemComp-GLN: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |