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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40776 | |||||||||
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タイトル | TMEM16F bound with Niclosamide | |||||||||
マップデータ | TMEM16F Niclosamide | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ca2+-activated ion channels and lipid scramblases / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 calcium activated phospholipid scrambling / calcium activated phosphatidylserine scrambling / calcium activated phosphatidylcholine scrambling / calcium activated galactosylceramide scrambling / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / phospholipid scramblase activity / negative regulation of cell volume / intracellularly calcium-gated chloride channel activity ...calcium activated phospholipid scrambling / calcium activated phosphatidylserine scrambling / calcium activated phosphatidylcholine scrambling / calcium activated galactosylceramide scrambling / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / phospholipid scramblase activity / negative regulation of cell volume / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / bone mineralization involved in bone maturation / cholinergic synapse / plasma membrane phospholipid scrambling / bleb assembly / voltage-gated monoatomic ion channel activity / Stimuli-sensing channels / positive regulation of phagocytosis, engulfment / calcium-activated cation channel activity / positive regulation of monocyte chemotaxis / chloride transport / phospholipid translocation / dendritic cell chemotaxis / chloride channel activity / chloride channel complex / regulation of postsynaptic membrane potential / positive regulation of bone mineralization / chloride transmembrane transport / Neutrophil degranulation / synaptic membrane / establishment of localization in cell / calcium ion transmembrane transport / blood coagulation / positive regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Feng S / Cheng Y | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Identification of a drug binding pocket in TMEM16F calcium-activated ion channel and lipid scramblase. 著者: Shengjie Feng / Cristina Puchades / Juyeon Ko / Hao Wu / Yifei Chen / Eric E Figueroa / Shuo Gu / Tina W Han / Brandon Ho / Tong Cheng / Junrui Li / Brian Shoichet / Yuh Nung Jan / Yifan Cheng / Lily Yeh Jan / 要旨: The dual functions of TMEM16F as Ca-activated ion channel and lipid scramblase raise intriguing questions regarding their molecular basis. Intrigued by the ability of the FDA-approved drug ...The dual functions of TMEM16F as Ca-activated ion channel and lipid scramblase raise intriguing questions regarding their molecular basis. Intrigued by the ability of the FDA-approved drug niclosamide to inhibit TMEM16F-dependent syncytia formation induced by SARS-CoV-2, we examined cryo-EM structures of TMEM16F with or without bound niclosamide or 1PBC, a known blocker of TMEM16A Ca-activated Cl channel. Here, we report evidence for a lipid scrambling pathway along a groove harboring a lipid trail outside the ion permeation pore. This groove contains the binding pocket for niclosamide and 1PBC. Mutations of two residues in this groove specifically affect lipid scrambling. Whereas mutations of some residues in the binding pocket of niclosamide and 1PBC reduce their inhibition of TMEM16F-mediated Ca influx and PS exposure, other mutations preferentially affect the ability of niclosamide and/or 1PBC to inhibit TMEM16F-mediated PS exposure, providing further support for separate pathways for ion permeation and lipid scrambling. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40776.map.gz | 59.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40776-v30.xml emd-40776.xml | 15.2 KB 15.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_40776.png | 66.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40776.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_40776_half_map_1.map.gz emd_40776_half_map_2.map.gz | 11.7 MB 11.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40776 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40776 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40776_validation.pdf.gz | 776.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40776_full_validation.pdf.gz | 776.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40776_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40776_validation.cif.gz | 14.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40776 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40776 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40776.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | TMEM16F Niclosamide | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.839 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: TMEM16F Niclosamide halfmap1
ファイル | emd_40776_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | TMEM16F Niclosamide halfmap1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: TMEM16F Niclosamide halfmap2
ファイル | emd_40776_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | TMEM16F Niclosamide halfmap2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 16F
全体 | 名称: 16F |
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要素 |
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-超分子 #1: 16F
超分子 | 名称: 16F / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Anoctamin-6
分子 | 名称: Anoctamin-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 106.367727 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MQMMTRKVLL NMELEEDDDE DGDIVLENFD QTIVCPTFGS LENQQDFRTP EFEEFNGKPD SLFFTDGQRR IDFILVYEDE SKKENNKKG TNEKQKRKRQ AYESNLICHG LQLEATRSVS DDKLVFVKVH APWEVLCTYA EIMHIKLPLK PNDLKTRSPF G NLNWFTKV ...文字列: MQMMTRKVLL NMELEEDDDE DGDIVLENFD QTIVCPTFGS LENQQDFRTP EFEEFNGKPD SLFFTDGQRR IDFILVYEDE SKKENNKKG TNEKQKRKRQ AYESNLICHG LQLEATRSVS DDKLVFVKVH APWEVLCTYA EIMHIKLPLK PNDLKTRSPF G NLNWFTKV LRVNESVIKP EQEFFTAPFE KSRMNDFYIL DRDSFFNPAT RSRIVYFILS RVKYQVMNNV NKFGINRLVS SG IYKAAFP LHDCRFNYES EDISCPSERY LLYREWAHPR SIYKKQPLDL IRKYYGEKIG IYFAWLGYYT QMLLLAAVVG VAC FLYGYL DQDNCTWSKE VCDPDIGGQI LMCPQCDRLC PFWRLNITCE SSKKLCIFDS FGTLIFAVFM GVWVTLFLEF WKRR QAELE YEWDTVELQQ EEQARPEYEA QCNHVVINEI TQEEERIPFT TCGKCIRVTL CASAVFFWIL LIIASVIGII VYRLS VFIV FSTTLPKNPN GTDPIQKYLT PQMATSITAS IISFIIIMIL NTIYEKVAIM ITNFELPRTQ TDYENSLTMK MFLFQF VNY YSSCFYIAFF KGKFVGYPGD PVYLLGKYRS EECDPGGCLL ELTTQLTIIM GGKAIWNNIQ EVLLPWVMNL IGRYKRV SG SEKITPRWEQ DYHLQPMGKL GLFYEYLEMI IQFGFVTLFV ASFPLAPLLA LVNNILEIRV DAWKLTTQFR RMVPEKAQ D IGAWQPIMQG IAILAVVTNA MIIAFTSDMI PRLVYYWSFS IPPYGDHTYY TMDGYINNTL SVFNITDFKN TDKENPYIG LGNYTLCRYR DFRNPPGHPQ EYKHNIYYWH VIAAKLAFII VMEHIIYSVK FFISYAIPDV SKITKSKIKR EKYLTQKLLH ESHLKDLTK NMGIIAERIG GTVDNSVRPK LE UniProtKB: Anoctamin-6 |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #5: 5-chloro-N-(2-chloro-4-nitrophenyl)-2-hydroxybenzamide
分子 | 名称: 5-chloro-N-(2-chloro-4-nitrophenyl)-2-hydroxybenzamide タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: VUT |
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分子量 | 理論値: 327.12 Da |
Chemical component information | ChemComp-VUT: |
-実験情報
-構造解析
解析 | 単粒子再構成法 |
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試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1047816 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |