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- EMDB-40683: High resolution structure of ESRRB nucleosome bound OCT4 at site ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40683
タイトルHigh resolution structure of ESRRB nucleosome bound OCT4 at site a and site b
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of ESRRB nucleosome bound to OCT4
    • DNA: DNA (168-MER)
    • DNA: DNA (168-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Maltodextrin-binding protein,POU domain, class 5, transcription factor 1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 2-C
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 2-E
    • タンパク質・ペプチド: ScFv
キーワードnucleosome / transcription factor / transcription / CHROMATIN BINDING PROTEIN-DNA complex / GENE REGULATION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cell fate commitment involved in formation of primary germ layer / cardiac cell fate determination / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG repress genes related to differentiation / Formation of the anterior neural plate / endodermal-mesodermal cell signaling / regulation of asymmetric cell division / endodermal cell fate specification / heart induction / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / Specification of primordial germ cells ...cell fate commitment involved in formation of primary germ layer / cardiac cell fate determination / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG repress genes related to differentiation / Formation of the anterior neural plate / endodermal-mesodermal cell signaling / regulation of asymmetric cell division / endodermal cell fate specification / heart induction / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / Specification of primordial germ cells / Specification of the neural plate border / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / Germ layer formation at gastrulation / miRNA binding / blastocyst development / somatic stem cell population maintenance / carbohydrate transmembrane transporter activity / anatomical structure morphogenesis / BMP signaling pathway / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / telomere organization / Interleukin-7 signaling / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Meiotic synapsis / negative regulation of miRNA transcription / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / epigenetic regulation of gene expression / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / innate immune response in mucosa / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / HDMs demethylate histones / G2/M DNA damage checkpoint / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / response to wounding / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Metalloprotease DUBs / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / sequence-specific double-stranded DNA binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / structural constituent of chromatin / UCH proteinases / antibacterial humoral response / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / outer membrane-bounded periplasmic space / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Processing of DNA double-strand break ends / regulation of gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / transcription regulator complex / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromosome, telomeric region
類似検索 - 分子機能
POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / : / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. ...POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / : / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Homeobox-like domain superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltodextrin-binding protein / Histone H4 / Histone H3.1 / POU domain, class 5, transcription factor 1 / Histone H2A type 2-C / Histone H2B type 2-E
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Lian T / Guan R / Bai Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Structural mechanism of LIN28B nucleosome targeting by OCT4.
著者: Ruifang Guan / Tengfei Lian / Bing-Rui Zhou / David Wheeler / Yawen Bai /
要旨: Pioneer transcription factors are essential for cell fate changes by targeting closed chromatin. OCT4 is a crucial pioneer factor that can induce cell reprogramming. However, the structural basis of ...Pioneer transcription factors are essential for cell fate changes by targeting closed chromatin. OCT4 is a crucial pioneer factor that can induce cell reprogramming. However, the structural basis of how pioneer factors recognize the in vivo nucleosomal DNA targets is unknown. Here, we determine the high-resolution structures of the nucleosome containing human LIN28B DNA and its complexes with the OCT4 DNA binding region. Three OCT4s bind the pre-positioned nucleosome by recognizing non-canonical DNA sequences. Two use their POUS domains while the other uses the POUS-loop-POUHD region; POUHD serves as a wedge to unwrap ∼25 base pair DNA. Our analysis of previous genomic data and determination of the ESRRB-nucleosome-OCT4 structure confirmed the generality of these structural features. Moreover, biochemical studies suggest that multiple OCT4s cooperatively open the H1-condensed nucleosome array containing the LIN28B nucleosome. Thus, our study suggests a mechanism of how OCT4 can target the nucleosome and open closed chromatin.
履歴
登録2023年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月28日-
マップ公開2023年6月28日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40683.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40683.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 253.44 Å		1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 253.44 Å		1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 253.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.056 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.6449656 - 1.4959065
平均 (標準偏差)0.00313058 (±0.05059063)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 253.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40683_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40683_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of ESRRB nucleosome bound to OCT4

全体名称: Complex of ESRRB nucleosome bound to OCT4
要素
  • 複合体: Complex of ESRRB nucleosome bound to OCT4
    • DNA: DNA (168-MER)
    • DNA: DNA (168-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Maltodextrin-binding protein,POU domain, class 5, transcription factor 1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 2-C
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 2-E
    • タンパク質・ペプチド: ScFv

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超分子 #1: Complex of ESRRB nucleosome bound to OCT4

超分子名称: Complex of ESRRB nucleosome bound to OCT4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: DNA (168-MER)

分子名称: DNA (168-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.499562 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG) (DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT) (DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DA) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG) (DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT) (DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG) (DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG) (DG)(DA) (DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC) (DT)(DA)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA) (DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG) (DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA) (DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DT)(DC)(DC) (DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT) (DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT) (DG)(DC)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DT) (DC)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)

GENBANK: GENBANK: AC016543.6

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分子 #2: DNA (168-MER)

分子名称: DNA (168-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.224516 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DT) (DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA) (DT)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC) (DT) (DT)(DT)(DC)(DT)(DG) ...文字列:
(DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DT) (DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA) (DT)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC) (DT) (DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC) (DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DT)(DC) (DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT) (DT)(DG)(DC) (DT)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA) (DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA) (DG)(DA)(DC)(DT) (DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DC)(DC)(DC)(DT) (DC)(DT)(DG)(DT) (DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA) (DT)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC) (DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT) (DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)

GENBANK: GENBANK: AC016543.6

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分子 #3: Maltodextrin-binding protein,POU domain, class 5, transcription f...

分子名称: Maltodextrin-binding protein,POU domain, class 5, transcription factor 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 61.285703 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MKEAKIEEGK LVIWINGDKG YNGLAEVGKK FEKDTGIKVT VEHPDKLEEK FPQVAATGDG PDIIFWAHDR FGGYAQSGLL AEITPDKAF QDKLYPFTWD AVRYNGKLIA YPIAVEALSL IYNKDLLPNP PKTWEEIPAL DKELKAKGKS ALMFNLQEPY F TWPLIAAD ...文字列:
MKEAKIEEGK LVIWINGDKG YNGLAEVGKK FEKDTGIKVT VEHPDKLEEK FPQVAATGDG PDIIFWAHDR FGGYAQSGLL AEITPDKAF QDKLYPFTWD AVRYNGKLIA YPIAVEALSL IYNKDLLPNP PKTWEEIPAL DKELKAKGKS ALMFNLQEPY F TWPLIAAD GGYAFKYENG KYDIKDVGVD NAGAKAGLTF LVDLIKNKHM NADTDYSIAE AAFNKGETAM TINGPWAWSN ID TSKVNYG VTVLPTFKGQ PSKPFVGVLS AGINAASPNK ELAKEFLENY LLTDEGLEAV NKDKPLGAVA LKSYEEELAK DPR IAATME NAQKGEIMPN IPQMSAFWYA VRTAVINAAS GRQTVDAALA AAQTNAGSEN LYFQGSVDSA AASDIKALQK ELEQ FAKLL KQKRITLGYT QADVGLTLGV LFGKVFSQTT ICRFEALQLS FKNMCKLRPL LQKWVEEADN NENLQEICKA ETLVQ ARKR KRTSIENRVR GNLENLFLQC PKPTLQQISH IAQQLGLEKD VVRVWFCNRR QKGKRSSSEF HHHHHH

UniProtKB: Maltodextrin-binding protein, POU domain, class 5, transcription factor 1

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分子 #4: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.437167 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEACEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.1

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分子 #5: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

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分子 #6: Histone H2A type 2-C

分子名称: Histone H2A type 2-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.017428 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK ARAKAKSRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY AERVGAGAPV YMAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAIR NDEELNKLLG KVTIAQGGVL PNIQAVLLPK KTESHKAKSK

UniProtKB: Histone H2A type 2-C

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分子 #7: Histone H2B type 2-E

分子名称: Histone H2B type 2-E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.951239 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KAQKKDGKKR KRSRKESYSI YVYKVLKQVH PDTGISSKAM GIMNSFVNDI FERIAGEASR LAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKAV TKYTSSK

UniProtKB: Histone H2B type 2-E

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分子 #8: ScFv

分子名称: ScFv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 29.030146 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MKSSHHHHHH ENLYFQSNAM EVQLQQSGPE LVEPGTSVKM PCKASGYTFT SYTIQWVKQT PRQGLEWIGY IYPYNAGTKY NEKFKGKAT LTSDKSSSTV YMELSSLTSE DSAVYYCARK SSRLRSTLDY WGQGTSVTVS SGGGGSGGGG SGGGGSMDIK M TQSPSSMH ...文字列:
MKSSHHHHHH ENLYFQSNAM EVQLQQSGPE LVEPGTSVKM PCKASGYTFT SYTIQWVKQT PRQGLEWIGY IYPYNAGTKY NEKFKGKAT LTSDKSSSTV YMELSSLTSE DSAVYYCARK SSRLRSTLDY WGQGTSVTVS SGGGGSGGGG SGGGGSMDIK M TQSPSSMH ASLGERVTIT CKASQDIRSY LSWYQQKPWK SPKTLIYYAT SLADGVPSRF SGSGSGQDFS LTINNLESDD TA TYYCLQH GESPYTFGSG TKLEIKRA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 68790
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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