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- EMDB-40641: Cryo-EM structure of the respiratory syncytial virus polymerase (... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40641
タイトルCryo-EM structure of the respiratory syncytial virus polymerase (L:P) bound to the leader promoter
マップデータ
試料
  • 複合体: The respiratory syncytial virus polymerase (L:P) in complex with the leader promoter
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
    • RNA: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*CP*GP*CP*GP*U)-3')
キーワードRespiratory syncytial virus / RNA-dependent RNA polymerase / VIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NNS virus cap methyltransferase / Respiratory syncytial virus genome transcription / GDP polyribonucleotidyltransferase / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / negative stranded viral RNA replication / Respiratory syncytial virus genome replication / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry ...NNS virus cap methyltransferase / Respiratory syncytial virus genome transcription / GDP polyribonucleotidyltransferase / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / negative stranded viral RNA replication / Respiratory syncytial virus genome replication / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTPase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoprotein, pneumoviral / Pneumovirus phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase ...Phosphoprotein, pneumoviral / Pneumovirus phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Cao D / Gao Y / Chen Z / Gooneratne I / Roesler C / Mera C / Liang B
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM130950 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116788 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116789 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129539 米国
Simons FoundationSF349247 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Structures of the promoter-bound respiratory syncytial virus polymerase.
著者: Dongdong Cao / Yunrong Gao / Zhenhang Chen / Inesh Gooneratne / Claire Roesler / Cristopher Mera / Paul D'Cunha / Anna Antonova / Deepak Katta / Sarah Romanelli / Qi Wang / Samantha Rice / ...著者: Dongdong Cao / Yunrong Gao / Zhenhang Chen / Inesh Gooneratne / Claire Roesler / Cristopher Mera / Paul D'Cunha / Anna Antonova / Deepak Katta / Sarah Romanelli / Qi Wang / Samantha Rice / Wesley Lemons / Anita Ramanathan / Bo Liang /
要旨: The respiratory syncytial virus (RSV) polymerase is a multifunctional RNA-dependent RNA polymerase composed of the large (L) protein and the phosphoprotein (P). It transcribes the RNA genome into ten ...The respiratory syncytial virus (RSV) polymerase is a multifunctional RNA-dependent RNA polymerase composed of the large (L) protein and the phosphoprotein (P). It transcribes the RNA genome into ten viral mRNAs and replicates full-length viral genomic and antigenomic RNAs. The RSV polymerase initiates RNA synthesis by binding to the conserved 3'-terminal RNA promoters of the genome or antigenome. However, the lack of a structure of the RSV polymerase bound to the RNA promoter has impeded the mechanistic understanding of RSV RNA synthesis. Here we report cryogenic electron microscopy structures of the RSV polymerase bound to its genomic and antigenomic viral RNA promoters, representing two of the first structures of an RNA-dependent RNA polymerase in complex with its RNA promoters in non-segmented negative-sense RNA viruses. The overall structures of the promoter-bound RSV polymerases are similar to that of the unbound (apo) polymerase. Our structures illustrate the interactions between the RSV polymerase and the RNA promoters and provide the structural basis for the initiation of RNA synthesis at positions 1 and 3 of the RSV promoters. These structures offer a deeper understanding of the pre-initiation state of the RSV polymerase and could aid in antiviral research against RSV.
履歴
登録2023年4月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月20日-
マップ公開2023年12月20日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_40641.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40641.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 211.601 Å		1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 211.601 Å		1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 211.601 Å

表面

投影像

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断面 (1/2)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.058 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0175
最小 - 最大-0.07538905 - 0.13775316
平均 (標準偏差)0.00013728077 (±0.0064050136)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 211.60063 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40641_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40641_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The respiratory syncytial virus polymerase (L:P) in complex with ...

全体名称: The respiratory syncytial virus polymerase (L:P) in complex with the leader promoter
要素
  • 複合体: The respiratory syncytial virus polymerase (L:P) in complex with the leader promoter
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
    • RNA: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*CP*GP*CP*GP*U)-3')

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超分子 #1: The respiratory syncytial virus polymerase (L:P) in complex with ...

超分子名称: The respiratory syncytial virus polymerase (L:P) in complex with the leader promoter
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
分子量理論値: 250.704484 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDPIINGNSA NVYLTDSYLK GVISFSECNA LGSYIFNGPY LKNDYTNLIS RQNPLIEHMN LKKLNITQSL ISKYHKGEIK LEEPTYFQS LLMTYKSMTS SEQIATTNLL KKIIRRAIEI SDVKVYAILN KLGLKEKDKI KSNNGQDEDN SVITTIIKDD I LSAVKDNQ ...文字列:
MDPIINGNSA NVYLTDSYLK GVISFSECNA LGSYIFNGPY LKNDYTNLIS RQNPLIEHMN LKKLNITQSL ISKYHKGEIK LEEPTYFQS LLMTYKSMTS SEQIATTNLL KKIIRRAIEI SDVKVYAILN KLGLKEKDKI KSNNGQDEDN SVITTIIKDD I LSAVKDNQ SHLKADKNHS TKQKDTIKTT LLKKLMCSMQ HPPSWLIHWF NLYTKLNNIL TQYRSNEVKN HGFTLIDNQT LS GFQFILN QYGCIVYHKE LKRITVTTYN QFLTWKDISL SRLNVCLITW ISNCLNTLNK SLGLRCGFNN VILTQLFLYG DCI LKLFHN EGFYIIKEVE GFIMSLILNI TEEDQFRKRF YNSMLNNITD AANKAQKNLL SRVCHTLLDK TVSDNIINGR WIIL LSKFL KLIKLAGDNN LNNLSELYFL FRIFGHPMVD ERQAMDAVKI NCNETKFYLL SSLSMLRGAF IYRIIKGFVN NYNRW PTLR NAIVLPLRWL TYYKLNTYPS LLELTERDLI VLSGLRFYRE FRLPKKVDLE MIINDKAISP PKNLIWTSFP RNYMPS HIQ NYIEHEKLKF SESDKSRRVL EYYLRDNKFN ECDLYNCVVN QSYLNNPNHV VSLTGKEREL SVGRMFAMQP GMFRQVQ IL AEKMIAENIL QFFPESLTRY GDLELQKILE LKAGISNKSN RYNDNYNNYI SKCSIITDLS KFNQAFRYET SCICSDVL D ELHGVQSLFS WLHLTIPHVT IICTYRHAPP YIGDHIVDLN NVDEQSGLYR YHMGGIEGWC QKLWTIEAIS LLDLISLKG KFSITALING DNQSIDISKP IRLMEGQTHA QADYLLALNS LKLLYKEYAG IGHKLKGTET YISRDMQFMS KTIQHNGVYY PASIKKVLR VGPWINTILD DFKVSLESIG SLTQELEYRG ESLLCSLIFR NVWLYNQIAL QLKNHALCNN KLYLDILKVL K HLKTFFNL DNIDTALTLY MNLPMLFGGG DPNLLYRSFY RRTPDFLTEA IVHSVFILSY YTNHDLKDKL QDLSDDRLNK FL TCIITFD KNPNAEFVTL MRDPQALGSE RQAKITSEIN RLAVTEVLST APNKIFSKSA QHYTTTEIDL NDIMQNIEPT YPH GLRVVY ESLPFYKAEK IVNLISGTKS ITNILEKTSA IDLTDIDRAT EMMRKNITLL IRILPLDCNR DKREILSMEN LSIT ELSKY VRERSWSLSN IVGVTSPSIM YTMDIKYTTS TISSGIIIEK YNVNSLTRGE RGPTKPWVGS STQEKKTMPV YNRQV LTKK QRDQIDLLAK LDWVYASIDN KDEFMEELSI GTLGLTYEKA KKLFPQYLSV NYLHRLTVSS RPCEFPASIP AYRTTN YHF DTSPINRILT EKYGDEDIDI VFQNCISFGL SLMSVVEQFT NVCPNRIILI PKLNEIHLMK PPIFTGDVDI HKLKQVI QK QHMFLPDKIS LTQYVELFLS NKTLKSGSHV NSNLILAHKI SDYFHNTYIL STNLAGHWIL IIQLMKDSKG IFEKDWGE G YITDHMFINL KVFFNAYKTY LLCFHKGYGK AKLECDMNTS DLLCVLELID SSYWKSMSKV FLEQKVIKYI LSQDASLHR VKGCHSFKLW FLKRLNVAEF TVCPWVVNID YHPTHMKAIL TYIDLVRMGL INIDRIHIKN KHKFNDEFYT SNLFYINYNF SDNTHLLTK HIRIANSELE NNYNKLYHPT PETLENILAN PIKSNDKKTL NDYCIGKNVD SIMLPLLSNK KLIKSSAMIR T NYSKQDLY NLFPMVVIDR IIDHSGNTAK SNQLYTTTSH QISLVHNSTS LYCMLPWHHI NRFNFVFSST GCKISIEYIL KD LKIKDPN CIAFIGEGAG NLLLRTVVEL HPDIRYIYRS LKDCNDHSLP IEFLRLYNGH INIDYGENLT IPATDATNNI HWS YLHIKF AEPISLFVCD AELSVTVNWS KIIIEWSKHV RKCKYCSSVN KCMLIVKYHA QDDIDFKLDN ITILKTYVCL GSKL KGSEV YLVLTIGPAN IFPVFNVVQN AKLILSRTKN FIMPKKADKE SIDANIKSLI PFLCYPITKK GINTALSKLK SVVSG DILS YSIAGRNEVF SNKLINHKHM NILKWFNHVL NFRSTELNYN HLYMVESTYP YLSELLNSLT TNELKKLIKI TGSLLY NFH NE

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: Phosphoprotein

分子名称: Phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
分子量理論値: 27.165838 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEKFAPEFHG EDANNRATKF LESIKGKFTS PKDPKKKDSI ISVNSIDIEV TKESPITSNS TIINPTNETD DTAGNKPNYQ RKPLVSFKE DPTPSDNPFS KLYKETIETF DNNEEESSYS YEEINDQTND NITARLDRID EKLSEILGML HTLVVASAGP T SARDGIRD ...文字列:
MEKFAPEFHG EDANNRATKF LESIKGKFTS PKDPKKKDSI ISVNSIDIEV TKESPITSNS TIINPTNETD DTAGNKPNYQ RKPLVSFKE DPTPSDNPFS KLYKETIETF DNNEEESSYS YEEINDQTND NITARLDRID EKLSEILGML HTLVVASAGP T SARDGIRD AMVGLREEMI EKIRTEALMT NDRLEAMARL RNEESEKMAK DTSDEVSLNP TSEKLNNLLE GNDSDNDLSL ED F

UniProtKB: Phosphoprotein

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分子 #3: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*CP*GP*CP*GP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*CP*GP*CP*GP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
分子量理論値: 3.092812 KDa
配列文字列:
UUUUUCGCGU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 51.11 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6uen

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 358385
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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