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- EMDB-40623: Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to GlcNAc primer and UD... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40623
タイトルChlorella virus Hyaluronan Synthase bound to GlcNAc primer and UDP-GlcA
マップデータChlorella virus Hyaluronan Synthase bound to GlcNAc primer and UDP-GlcA
試料
  • 複合体: Ternary complex of Chlorella virus hyaluronan synthase bound to nanobodies 872 and 881
    • タンパク質・ペプチド: Hyaluronan synthase
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 872
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 881
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCURONIC ACID
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
  • リガンド: water
キーワードhyaluronic acid / hyaluronan / HA / HAS / glycosyltransferase / GT / membrane protein / nanobody / n-acetylglucosamine / glucuronic acid / TRANSFERASE
機能・相同性hyaluronan synthase activity / Glycosyltransferase like family 2 / hyaluronan biosynthetic process / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / plasma membrane / Hyaluronan synthase
機能・相同性情報
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) / Paramecium bursaria Chlorella virus CZ-2 (ウイルス) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Stephens Z / Zimmer J
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM144130 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM117372 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structural insights into translocation and tailored synthesis of hyaluronan.
著者: Ireneusz Górniak / Zachery Stephens / Satchal K Erramilli / Tomasz Gawda / Anthony A Kossiakoff / Jochen Zimmer /
要旨: Hyaluronan (HA) is an essential component of the vertebrate extracellular matrix. It is a heteropolysaccharide of N-acetylglucosamine (GlcNAc) and glucuronic acid (GlcA) reaching several megadaltons ...Hyaluronan (HA) is an essential component of the vertebrate extracellular matrix. It is a heteropolysaccharide of N-acetylglucosamine (GlcNAc) and glucuronic acid (GlcA) reaching several megadaltons in healthy tissues. HA is synthesized and translocated in a coupled reaction by HA synthase (HAS). Here, structural snapshots of HAS provide insights into HA biosynthesis, from substrate recognition to HA elongation and translocation. We monitor the extension of a GlcNAc primer with GlcA, reveal the coordination of the uridine diphosphate product by a conserved gating loop and capture the opening of a translocation channel to coordinate a translocating HA polymer. Furthermore, we identify channel-lining residues that modulate HA product lengths. Integrating structural and biochemical analyses suggests an avenue for polysaccharide engineering based on finely tuned enzymatic activity and HA coordination.
履歴
登録2023年4月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月1日-
マップ公開2024年5月1日-
更新2025年2月5日-
現状2025年2月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40623.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40623.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to GlcNAc primer and UDP-GlcA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.638
最小 - 最大-4.8043246 - 8.065302000000001
平均 (標準偏差)-0.0017476368 (±0.11885168)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_40623_half_map_1.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_40623_half_map_2.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of Chlorella virus hyaluronan synthase bound to n...

全体名称: Ternary complex of Chlorella virus hyaluronan synthase bound to nanobodies 872 and 881
要素
  • 複合体: Ternary complex of Chlorella virus hyaluronan synthase bound to nanobodies 872 and 881
    • タンパク質・ペプチド: Hyaluronan synthase
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 872
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 881
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCURONIC ACID
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Ternary complex of Chlorella virus hyaluronan synthase bound to n...

超分子名称: Ternary complex of Chlorella virus hyaluronan synthase bound to nanobodies 872 and 881
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 97.14 kDa/nm

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分子 #1: Hyaluronan synthase

分子名称: Hyaluronan synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus CZ-2 (ウイルス)
分子量理論値: 65.889078 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGTSWRTIVS ANLFAVGGAL LMLAPAIVGY VFQWNIGVSA VWGISVYGVF VLGFYIAQIV FSEFNRMRLS DWISLRPDNW NATRVAVII AGYREDPFMF KKCLESVRDS EYGNVARLIC VIDGDEEEDL KMAEIYKQVY NDNVKKPGVV LCESENKNGS T IDSDVSKN ...文字列:
MGTSWRTIVS ANLFAVGGAL LMLAPAIVGY VFQWNIGVSA VWGISVYGVF VLGFYIAQIV FSEFNRMRLS DWISLRPDNW NATRVAVII AGYREDPFMF KKCLESVRDS EYGNVARLIC VIDGDEEEDL KMAEIYKQVY NDNVKKPGVV LCESENKNGS T IDSDVSKN ICILQPHRGK RESLYTGFQL ASMDPSVHAV VLIDSDTVLE KNAILEVVYP LSCDPNIKAV AGECKIWNTD TI LSMLVSW RYFSAFNVER GAQSLWKTVQ CVGGPLGAYT IDIINEIKDP WITQTFLGNK CTYGDNRRLT NEVLMRGKKI VYT PFAVGW SDSPTNVMRY IVQQTRWSKS WCREIWYTLG SAWKHGFSGI YLAFECMYQI MYFFLVMYLF SYIAIKADIR AQTA TVLVS TLVTIIKSSY LALRAKNLKA FYFVLYTYVY FFCMIPARIT AMFTMFDIAW GTRGGNAKMT IGARVWLWAK QFLIT YMWW AGVLAAGVYS IVDNWYFDWA DIQYRFALVG ICSYLVFVSI VLVIYLIGKI TTWNYTPLQK ELIEERYLHN ASENAP EVL EHHHHHHHHH H

UniProtKB: Hyaluronan synthase

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分子 #2: Nanobody 872

分子名称: Nanobody 872 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 14.783248 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列:
QVQLVESGGG LVQAGGSLKV SCAASGRAFK TYRMAWFRQA PGKEREFVSG ISALETTYYA DSVKGRFTIS RDNTKNTVSL QMDSLKPED TAVYYCAARR YGGTDYTTTG SYDYWGQGTQ VTVSSHHHHH HEPEA

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分子 #3: Nanobody 881

分子名称: Nanobody 881 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 15.255735 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列:
QVQLVESGGG LVQAGGSLRL ACAASGRIFS SDTLAWFRRA PGKEREFVAA SRWSGGGTDY ADSVKGRFTF SRDNTFNTMC LEMNSLKPE DTAVYYCALR TARDSYYYTR NPTGYDYWGQ GTQVTVSSHH HHHHEPEA

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分子 #4: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #6: URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCURONIC ACID

分子名称: URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCURONIC ACID / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: UGA
分子量理論値: 580.285 Da
Chemical component information

ChemComp-UGA:
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCURONIC ACID / UDP-グルクロン酸

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分子 #7: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #8: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

+
分子 #9: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 8 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7sp6

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 176543
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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