[日本語] English
万見
- EMDB-4060: Negative Stain electron microscopy of GIF:IL2 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4060
タイトルNegative Stain electron microscopy of GIF:IL2 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of GIF:IL2
    • 複合体: Ovine cytokine Interleukin-2
    • 複合体: Orf virus decoy receptor GIF.
生物種Ovis aries (ヒツジ) / Orf virus (オルフウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Kandiah E / Gutsche I
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis of GM-CSF and IL-2 sequestration by the viral decoy receptor GIF.
著者: Jan Felix / Eaazhisai Kandiah / Steven De Munck / Yehudi Bloch / Gydo C P van Zundert / Kris Pauwels / Ann Dansercoer / Katka Novanska / Randy J Read / Alexandre M J J Bonvin / Bjorn ...著者: Jan Felix / Eaazhisai Kandiah / Steven De Munck / Yehudi Bloch / Gydo C P van Zundert / Kris Pauwels / Ann Dansercoer / Katka Novanska / Randy J Read / Alexandre M J J Bonvin / Bjorn Vergauwen / Kenneth Verstraete / Irina Gutsche / Savvas N Savvides /
要旨: Subversion of the host immune system by viruses is often mediated by molecular decoys that sequester host proteins pivotal to mounting effective immune responses. The widespread mammalian pathogen ...Subversion of the host immune system by viruses is often mediated by molecular decoys that sequester host proteins pivotal to mounting effective immune responses. The widespread mammalian pathogen parapox Orf virus deploys GIF, a member of the poxvirus immune evasion superfamily, to antagonize GM-CSF (granulocyte macrophage colony-stimulating factor) and IL-2 (interleukin-2), two pleiotropic cytokines of the mammalian immune system. However, structural and mechanistic insights into the unprecedented functional duality of GIF have remained elusive. Here we reveal that GIF employs a dimeric binding platform that sequesters two copies of its target cytokines with high affinity and slow dissociation kinetics to yield distinct complexes featuring mutually exclusive interaction footprints. We illustrate how GIF serves as a competitive decoy receptor by leveraging binding hotspots underlying the cognate receptor interactions of GM-CSF and IL-2, without sharing any structural similarity with the cytokine receptors. Our findings contribute to the tracing of novel molecular mimicry mechanisms employed by pathogenic viruses.
履歴
登録2016年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月12日-
マップ公開2017年8月2日-
更新2017年8月2日-
現状2017年8月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4060.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4060.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.5 Å/pix.
x 64 pix.
= 224. Å		3.5 Å/pix.
x 64 pix.
= 224. Å		3.5 Å/pix.
x 64 pix.
= 224. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.117920734 - 0.17561504
平均 (標準偏差)0.0021575294 (±0.01784704)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 224.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.53.53.5
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z224.000224.000224.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-0.1180.1760.002

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Complex of GIF:IL2

全体名称: Complex of GIF:IL2
要素
  • 複合体: Complex of GIF:IL2
    • 複合体: Ovine cytokine Interleukin-2
    • 複合体: Orf virus decoy receptor GIF.

-
超分子 #1: Complex of GIF:IL2

超分子名称: Complex of GIF:IL2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Ovine cytokine Interleukin-2 is complexed with orf virus decoy receptor GIF.
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)

-
超分子 #2: Ovine cytokine Interleukin-2

超分子名称: Ovine cytokine Interleukin-2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
組換発現生物種: HEK293T (ヒト) / 組換プラスミド: pHLsec

-
超分子 #3: Orf virus decoy receptor GIF.

超分子名称: Orf virus decoy receptor GIF. / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Orf virus (オルフウイルス)
組換発現生物種: HEK293T (ヒト) / 組換プラスミド: pHLsec

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate
詳細: Negatively stained EM specimens were prepared using a carbon-sandwich technique and 2% (w/v) uranyl-acetate stain.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1200EXII
撮影フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / 平均電子線量: 10.0 e/Å2
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 40000

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab-inition 3D reconstruction using VIPER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 24324
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る