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- EMDB-40561: Human L-type voltage-gated calcium channel Cav1.2 (CABAD Map 1, C... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40561
タイトルHuman L-type voltage-gated calcium channel Cav1.2 (CABAD Map 1, Consensus Map)
マップデータ
試料
  • 細胞: Ternary complex of human CaV alpha1C with rabbit CaV alpha2delta-1 and rabbit CaV beta3
    • 複合体: Human CaV alpha1C
    • 複合体: Rabbit CaV alpha2delta-1
    • 複合体: Rabbit CaV beta3
キーワードvoltage-gated calcium channel / CaV alpha2delta / drug binding / gabapentinoid / MEMBRANE PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Chen Z / Mondal A / Abderemane-Ali F / Minor DL
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL080050 米国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)DC007664 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: EMC chaperone-Ca structure reveals an ion channel assembly intermediate.
著者: Zhou Chen / Abhisek Mondal / Fayal Abderemane-Ali / Seil Jang / Sangeeta Niranjan / José L Montaño / Balyn W Zaro / Daniel L Minor /
要旨: Voltage-gated ion channels (VGICs) comprise multiple structural units, the assembly of which is required for function. Structural understanding of how VGIC subunits assemble and whether chaperone ...Voltage-gated ion channels (VGICs) comprise multiple structural units, the assembly of which is required for function. Structural understanding of how VGIC subunits assemble and whether chaperone proteins are required is lacking. High-voltage-activated calcium channels (Cas) are paradigmatic multisubunit VGICs whose function and trafficking are powerfully shaped by interactions between pore-forming Ca1 or Ca2 Caα (ref. ), and the auxiliary Caβ and Caαδ subunits. Here we present cryo-electron microscopy structures of human brain and cardiac Ca1.2 bound with Caβ to a chaperone-the endoplasmic reticulum membrane protein complex (EMC)-and of the assembled Ca1.2-Caβ-Caαδ-1 channel. These structures provide a view of an EMC-client complex and define EMC sites-the transmembrane (TM) and cytoplasmic (Cyto) docks; interaction between these sites and the client channel causes partial extraction of a pore subunit and splays open the Caαδ-interaction site. The structures identify the Caαδ-binding site for gabapentinoid anti-pain and anti-anxiety drugs, show that EMC and Caαδ interactions with the channel are mutually exclusive, and indicate that EMC-to-Caαδ hand-off involves a divalent ion-dependent step and Ca1.2 element ordering. Disruption of the EMC-Ca complex compromises Ca function, suggesting that the EMC functions as a channel holdase that facilitates channel assembly. Together, the structures reveal a Ca assembly intermediate and EMC client-binding sites that could have wide-ranging implications for the biogenesis of VGICs and other membrane proteins.
履歴
登録2023年4月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月24日-
マップ公開2023年5月24日-
更新2023年7月26日-
現状2023年7月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40561.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40561.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 440 pix.
= 372.504 Å		0.85 Å/pix.
x 440 pix.
= 372.504 Å		0.85 Å/pix.
x 440 pix.
= 372.504 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8466 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0029
最小 - 最大-0.005263925 - 0.016020637
平均 (標準偏差)0.00012322108 (±0.0004292861)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 372.504 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40561_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40561_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of human CaV alpha1C with rabbit CaV alpha2delta-...

全体名称: Ternary complex of human CaV alpha1C with rabbit CaV alpha2delta-1 and rabbit CaV beta3
要素
  • 細胞: Ternary complex of human CaV alpha1C with rabbit CaV alpha2delta-1 and rabbit CaV beta3
    • 複合体: Human CaV alpha1C
    • 複合体: Rabbit CaV alpha2delta-1
    • 複合体: Rabbit CaV beta3

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超分子 #1: Ternary complex of human CaV alpha1C with rabbit CaV alpha2delta-...

超分子名称: Ternary complex of human CaV alpha1C with rabbit CaV alpha2delta-1 and rabbit CaV beta3
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Human CaV alpha1C

超分子名称: Human CaV alpha1C / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 187 KDa

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超分子 #3: Rabbit CaV alpha2delta-1

超分子名称: Rabbit CaV alpha2delta-1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 125 KDa

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超分子 #4: Rabbit CaV beta3

超分子名称: Rabbit CaV beta3 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 100 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.7 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 46.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7miy

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 269802
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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