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万見
- EMDB-4022: Human Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) APC15 deletion... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4022
タイトルHuman Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) APC15 deletion mutant with Mitotic Checkpoint Complex (MCC) in an open conformation.
マップデータHuman Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) APC15 deletion mutant with Mitotic Checkpoint Complex (MCC) in an open conformation
試料
  • 複合体: Human Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) APC15 deletion mutant with Mitotic Checkpoint Complex (MCC) in an open conformation.
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å
データ登録者Stark H / Schulman BA / Peters JM
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2016
タイトル: Cryo-EM of Mitotic Checkpoint Complex-Bound APC/C Reveals Reciprocal and Conformational Regulation of Ubiquitin Ligation.
著者: Masaya Yamaguchi / Ryan VanderLinden / Florian Weissmann / Renping Qiao / Prakash Dube / Nicholas G Brown / David Haselbach / Wei Zhang / Sachdev S Sidhu / Jan-Michael Peters / Holger Stark / ...著者: Masaya Yamaguchi / Ryan VanderLinden / Florian Weissmann / Renping Qiao / Prakash Dube / Nicholas G Brown / David Haselbach / Wei Zhang / Sachdev S Sidhu / Jan-Michael Peters / Holger Stark / Brenda A Schulman /
要旨: The mitotic checkpoint complex (MCC) coordinates proper chromosome biorientation on the spindle with ubiquitination activities of CDC20-activated anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C(CDC20)). ...The mitotic checkpoint complex (MCC) coordinates proper chromosome biorientation on the spindle with ubiquitination activities of CDC20-activated anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C(CDC20)). APC/C(CDC20) and two E2s, UBE2C and UBE2S, catalyze ubiquitination through distinct architectures for linking ubiquitin (UB) to substrates and elongating polyUB chains, respectively. MCC, which contains a second molecule of CDC20, blocks APC/C(CDC20)-UBE2C-dependent ubiquitination of Securin and Cyclins, while differentially determining or inhibiting CDC20 ubiquitination to regulate spindle surveillance, checkpoint activation, and checkpoint termination. Here electron microscopy reveals conformational variation of APC/C(CDC20)-MCC underlying this multifaceted regulation. MCC binds APC/C-bound CDC20 to inhibit substrate access. However, rotation about the CDC20-MCC assembly and conformational variability of APC/C modulate UBE2C-catalyzed ubiquitination of MCC's CDC20 molecule. Access of UBE2C is limiting for subsequent polyubiquitination by UBE2S. We propose that conformational dynamics of APC/C(CDC20)-MCC modulate E2 activation and determine distinctive ubiquitination activities as part of a response mechanism ensuring accurate sister chromatid segregation.
履歴
登録2016年6月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年8月17日-
マップ公開2016年8月17日-
更新2017年7月12日-
現状2017年7月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4022.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4022.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) APC15 deletion mutant with Mitotic Checkpoint Complex (MCC) in an open conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.57 Å/pix.
x 320 pix.
= 502.4 Å		1.57 Å/pix.
x 320 pix.
= 502.4 Å		1.57 Å/pix.
x 320 pix.
= 502.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ
XYZ
EMDB情報1.571.571.57
CCP4マップ ヘッダ情報1.571.571.57
EM Navigator ムービー #11.271.271.27
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.03517601 - 0.10941491
平均 (標準偏差)0.000709696 (±0.009250927)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 502.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.571.571.57
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z502.400502.400502.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0350.1090.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) APC15 deletion...

全体名称: Human Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) APC15 deletion mutant with Mitotic Checkpoint Complex (MCC) in an open conformation.
要素
  • 複合体: Human Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) APC15 deletion mutant with Mitotic Checkpoint Complex (MCC) in an open conformation.

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超分子 #1: Human Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) APC15 deletion...

超分子名称: Human Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) APC15 deletion mutant with Mitotic Checkpoint Complex (MCC) in an open conformation.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Human Anaphase-Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) APC15 deletion mutant with Mitotic Checkpoint Complex (MCC) in an open conformation.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換プラスミド: biGBac
分子量理論値: 1.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMHepes
200.0 mMsodium chlorideNaCl
2.0 mMMagnesium chlorideMgCl2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Grafix treated complex

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-17 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5911 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 2.35 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 0.0035 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.0007 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm / 倍率（公称値）: 94000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1142501
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 86398
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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