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万見
- EMDB-40178: Cryo-EM composited map of the E. coli transcription-translation c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40178
タイトルCryo-EM composited map of the E. coli transcription-translation complex (RNAP in an anti-swiveled conformation)
マップデータCryo-EM composited map of the E. coli Transcription-Translation Complex where RNAP adopts an anti-swiveled conformation
試料
  • 複合体: Cryo-EM composited map of the E. coli transcription-translation complex (RNAP adopts an anti-swiveled conformation)
    • 複合体: Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase Elongation complex in the Transcription-Translation Complex (RNAP in an anti-swiveled conformation)
    • 複合体: Cryo-EM structure of E. coli 70S Ribosome containing mRNA and tRNA (in the transcription-translation complex)
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Florez Ariza A / Wee L / Tong A / Canari C / Grob P / Nogales E / Bustamante C
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: A trailing ribosome speeds up RNA polymerase at the expense of transcript fidelity via force and allostery.
著者: Liang Meng Wee / Alexander B Tong / Alfredo Jose Florez Ariza / Cristhian Cañari-Chumpitaz / Patricia Grob / Eva Nogales / Carlos J Bustamante /
要旨: In prokaryotes, translation can occur on mRNA that is being transcribed in a process called coupling. How the ribosome affects the RNA polymerase (RNAP) during coupling is not well understood. Here, ...In prokaryotes, translation can occur on mRNA that is being transcribed in a process called coupling. How the ribosome affects the RNA polymerase (RNAP) during coupling is not well understood. Here, we reconstituted the E. coli coupling system and demonstrated that the ribosome can prevent pausing and termination of RNAP and double the overall transcription rate at the expense of fidelity. Moreover, we monitored single RNAPs coupled to ribosomes and show that coupling increases the pause-free velocity of the polymerase and that a mechanical assisting force is sufficient to explain the majority of the effects of coupling. Also, by cryo-EM, we observed that RNAPs with a terminal mismatch adopt a backtracked conformation, while a coupled ribosome allosterically induces these polymerases toward a catalytically active anti-swiveled state. Finally, we demonstrate that prolonged RNAP pausing is detrimental to cell viability, which could be prevented by polymerase reactivation through a coupled ribosome.
履歴
登録2023年3月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月12日-
マップ公開2023年4月12日-
更新2023年4月12日-
現状2023年4月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40178.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40178.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM composited map of the E. coli Transcription-Translation Complex where RNAP adopts an anti-swiveled conformation
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.447 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.5
最小 - 最大-32.1911 - 75.14211
平均 (標準偏差)0.060853213 (±1.3078992)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 636.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM composited map of the E. coli transcription-translation c...

全体名称: Cryo-EM composited map of the E. coli transcription-translation complex (RNAP adopts an anti-swiveled conformation)
要素
  • 複合体: Cryo-EM composited map of the E. coli transcription-translation complex (RNAP adopts an anti-swiveled conformation)
    • 複合体: Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase Elongation complex in the Transcription-Translation Complex (RNAP in an anti-swiveled conformation)
    • 複合体: Cryo-EM structure of E. coli 70S Ribosome containing mRNA and tRNA (in the transcription-translation complex)

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超分子 #1: Cryo-EM composited map of the E. coli transcription-translation c...

超分子名称: Cryo-EM composited map of the E. coli transcription-translation complex (RNAP adopts an anti-swiveled conformation)
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0
分子量理論値: 2.9 MDa

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超分子 #2: Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase Elongation complex in...

超分子名称: Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase Elongation complex in the Transcription-Translation Complex (RNAP in an anti-swiveled conformation)
タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 400 KDa

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超分子 #3: Cryo-EM structure of E. coli 70S Ribosome containing mRNA and tRN...

超分子名称: Cryo-EM structure of E. coli 70S Ribosome containing mRNA and tRNA (in the transcription-translation complex)
タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 2.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ri9

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: This is a composited map. The resolution reported here is the one obtained only for one of the components of the map that was focus refined (see EMD-29214).
使用した粒子像数: 18000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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