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- EMDB-40086: The Type 9 Secretion System Extended Translocon - delta GldL, Pea... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40086
タイトルThe Type 9 Secretion System Extended Translocon - delta GldL, Peak I, consensus volume
マップデータvolume
試料
  • 複合体: Type 9 Secretion System Extended Translocon
    • タンパク質・ペプチド: SprE
    • タンパク質・ペプチド: PorV
    • タンパク質・ペプチド: SprA
  • タンパク質・ペプチド: PPI
  • タンパク質・ペプチド: SkpA
  • タンパク質・ペプチド: RemZ
キーワードT9SS / type IX secretion system translocon / protein secretion Complex / MEMBRANE PROTEIN
生物種Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア) / Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Deme JC / Lea SM
資金援助 英国, European Union, 米国, 6件
OrganizationGrant number
Wellcome Trust219477/Z/19/Z 英国
Wellcome Trust107929/Z/15/Z 英国
European Research Council (ERC)833713European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S007474/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S021264/1 英国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CCR Core Funding for Lea Group 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / : 2024
タイトル: The Type 9 Secretion System caught in the act of transport
著者: Lauber F / Deme JC / Liu X / Kjaer A / Miller HL / Alcock F / Lea SM / Berks BC
履歴
登録2023年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2024年1月31日-
現状2024年1月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40086.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈volume
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 448 pix.
= 372.736 Å
0.83 Å/pix.
x 448 pix.
= 372.736 Å
0.83 Å/pix.
x 448 pix.
= 372.736 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0106
最小 - 最大-0.026563406 - 0.088366024
平均 (標準偏差)-0.00015498206 (±0.0019590394)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 372.73602 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_40086_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
追加マップ: postprocessed

ファイルemd_40086_additional_1.map
注釈postprocessed
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_40086_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_40086_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Type 9 Secretion System Extended Translocon

全体名称: Type 9 Secretion System Extended Translocon
要素
  • 複合体: Type 9 Secretion System Extended Translocon
    • タンパク質・ペプチド: SprE
    • タンパク質・ペプチド: PorV
    • タンパク質・ペプチド: SprA
  • タンパク質・ペプチド: PPI
  • タンパク質・ペプチド: SkpA
  • タンパク質・ペプチド: RemZ

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超分子 #1: Type 9 Secretion System Extended Translocon

超分子名称: Type 9 Secretion System Extended Translocon / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: SkpA-SprE-Nterm SprA part of complex
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)

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分子 #1: SprE

分子名称: SprE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列: MKKNTLKYSF FLIFFLFLIA CSTKNNTFVN RNSHALSTKY NILYNGGLGL EKGLQAIKAN DQDNFWKMLP IEKMQFDENF SEGEKTKNPD FEKAETKATK AIQKHSMNIG GRERNYQIDE AYLMLGKARY YDQRFIPALE AFNYILYKYP NSSNIYTAKI WREKTNMRLG ...文字列:
MKKNTLKYSF FLIFFLFLIA CSTKNNTFVN RNSHALSTKY NILYNGGLGL EKGLQAIKAN DQDNFWKMLP IEKMQFDENF SEGEKTKNPD FEKAETKATK AIQKHSMNIG GRERNYQIDE AYLMLGKARY YDQRFIPALE AFNYILYKYP NSSNIYTAKI WREKTNMRLG NDAIVVKNIN QLLKKTDLNK QTFSDANALL AEAFLNLEER DSAVAKLRIA EQFSRINEDR ARYKFILGQM YQEVGNKDSA TYYYDGVIHM NRKADRKYMM HAYAKKAQMY DYEKGNDTIF LKTYNKLVAD RENRPYYDVL FYEMGVFYDK KKDKENALKF YNKSLGRKSK DPYLMASAYR NIGNMYFKNT DYTMAAKYYD STLTKLNPKT REFAFIEKNR KNLDNVIKYE GIAKRNDSII KVYGMPDSER KIYFESYIAE LKKKDEAKRI LEEKEKEKLA NVERNNSASS APTAVNPNSL GKPANMDTDG IRPPSGNDAV STFYFYNPTT VAYGKLQFKK MWGNRTIGGN WRLSAIKAAN DAAMLNDSIN EAEANKLKDT VVIEKYTTAF YEKQLPKTQI AIDSIGKERN FAYYQLGLIY KEKFKEYTLA SDKLEQLLRN NPEEKLILPS MYNLYKIYQI TDPAKAEKIK SDITNNYPGS RYAQILNNTN TDDIPSPEKE YQKWYKLFQE EKFDVVLDNI DNLINQYSGD EIVSKFELLK ANTLGKVNGL EAYKKGLENV ADNYPNSDEG KNAREILEKQ VPTLERLNFT TEDNKNWKIL YLISNNDTKT LKQIEEAIRV FLLVENFERL TTSFDKYNRT QSFVAIHGLK SEAYAQDVAG VFRDDKKYKI AQPAIIISTE NYKVVQIKKN LEAYLTPKNP

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分子 #2: PorV

分子名称: PorV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列: MKKISLLLIC LLITTFAKAQ DIERPITTGV PFLLVAADAR AAGLGDQGVA TSSDVFSQQW NPAKYAFAED AQGLSISYTP YLTDLANDIS LGQVTYYNKI NDRSAFAGSF RYFGFGGIEL RQTGDPNEPT REVNPNEFAL DGSYSLKLSE TFSMAVAARY IRSNLKVATE ...文字列:
MKKISLLLIC LLITTFAKAQ DIERPITTGV PFLLVAADAR AAGLGDQGVA TSSDVFSQQW NPAKYAFAED AQGLSISYTP YLTDLANDIS LGQVTYYNKI NDRSAFAGSF RYFGFGGIEL RQTGDPNEPT REVNPNEFAL DGSYSLKLSE TFSMAVAARY IRSNLKVATE EIDASAAGSF AVDVAGFYQS EEIAYSDFNG RWRAGFNIQN LGPKISYDHD DLSANFLPAN LRVGGGFDFI FDDYNKLGVS LELTKLLVPT PPGPGTPYDA NGDGDFTDPG DISQSQADEA NYKKYKDIGW VSGIFKSFGD APGGFSEELK EITYSAAAEY MYQDAFAMRL GYYHESPMKG AKQFFSLGAG FKYSMIKVDV SYLFSASKVK NPLENTLRFS LTFNFGDKYE TY

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分子 #3: SprA

分子名称: SprA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列: MRKICIFLLV LFCGNVLRSQ VKPAVQDTTK TQFSVGKMEL ENPPSILSAY KYDPITDRYI YTTSVDGFSI DYPLVLTPKE YEDLLLKESR RDYFRKKMDA IDGKKTGAEA AKKDLLPRYY INSSLFESIF GSNTIDVKPT GSVEMDLGVR YTKQDNPAFS PRNRSSLTFD ...文字列:
MRKICIFLLV LFCGNVLRSQ VKPAVQDTTK TQFSVGKMEL ENPPSILSAY KYDPITDRYI YTTSVDGFSI DYPLVLTPKE YEDLLLKESR RDYFRKKMDA IDGKKTGAEA AKKDLLPRYY INSSLFESIF GSNTIDVKPT GSVEMDLGVR YTKQDNPAFS PRNRSSLTFD FDQRISMSLM GKIGTRLEVN ANYDTQSTFA FQNLFKLAYT PSEDDIIQKV EVGNVSMPLN STLIRGAQSL FGVKTQLQFG RTTITGVFSE QKSQTKSVVA ENGGTVQNFD LYALDYDNDR HFFLSQYFRN KYDVSLKNYP FIDSRVQITR LEVWVTNKQN RVTTTGGGNN LRNIIALQDL GEAQVSGVPD NEVVVISSTA GFFNNPIDSP TSNTNNKYDP ATIGQAGSFL NSNIREIVTA KSGFNNTNVS EATDYSVLEN ARKLTTNEYT FNPQLGYISL QQRLANDEIL AVAFEYTVGG KVYQVGEFGS DGVDATVVTG NNSSNQAIIT QSLVLKMLKS NLTNVKNPVW NLMMKNVYQI PQAYQIKQDD FRLNILYTDP SPINYITPVQ GSSFPPNPAP DSKVEQTPLL NVFNLDRLNY NNDPQAGGDG FFDYIPGVTV DVQNGRVIFT TKEPFGELIF NKLQTGAGES YNDPTTYNAN QQKYVFRNMY RNTQAGALQD SDKNKFLLRG KYKSSGSNGI PIGAFNVPQG SVVVTAAGRV LVEGIDYSVD YQLGRVQILD PSLQASNTPI EVSLENNSIF GQQTRRFMGF NIEHKISDKF VIGGTYLKMT ERPFTQKSTY GQESVNNTIF GFNGNYSTEV PFLTRLANKL PNIDTDVPSN LSIRGEVAFL RPDAPKASDF QGEATIYVDD FEGSQSTIDM RSAYAWSLAS TPFITSINDN TFNANSNTLE YGFKRAKLSW YTIDPVFYSS KPSGISNDDL SLNTTRRIYS RELYPNTDIA QGQIQVVNTL DLTYYPGERG PYNNNPSFGA SNPSANFGGI MRALNSTNFE QGNVEYIQFW VLDPYVGNGE SPATNAGKIY FNLGEISEDV LKDGRKQYEN GLGPDQVMVN PQPLWGDVPA SQSLIYAFDT NPDNRKNQDV GLDGLPSSRE GSIYTNYAGE ADPAGDDYTY YLNADGGVLE RYKNYNGTEG NSAVSINDPN RGSTTLPDVE DINRDNTMST INAYYEYSID VKPGMQVGEN YITDIREVTN VDLPNGGTTN ARWIQFKIPV SQPQNTIGNI TDFRSIRFMR MFMTGFNSQM TVRFGALDLV RGEWRRYTGT LDANDQNPDD DGVEFDVAAV NIQENGTKCP VNYVMPPGVQ REQLYNNNTV INQNEQALAV RIGGAGLQYQ DSRAVFKNVS VDMRQYKKLK MFLHAESLPN QPTLEDDEMV GFIRFGNDFT QNFYQVEIPL KVTKTGGSCS ISPDLVWMDD NSIDLALDLL TRMKIKAMSI DINSSKRDVN GIYYPDNDPD LEGGDGDGKL TLGIKGNPNF GLVRNLMVGV KSRADHKDIK GEVWFNELRL ADLENKGGMA AILNVDTNMA DFATVSATGR KSTIGFGSLE QGANERDRED VQQYNIVTNL NLGKLLPKKW GINLPFNYAI GEEVITPEYD PFNQDIKLDQ LIRETTDQAE KDNIRTRAID YTKRKSINFI GVRKDRAPEQ KPHVYDIENF TFSQSYNQVE RHDYEVADYE DEQSNSAVNY AYTFQPKEVV PFKSTKFMKK SEYWKLLSDF NFNYLPSNIS FNTNILRQSN RQQFREVEVE GIGLDPLYRR NFAFNYQYGF GFNLTKSLKL NYSATSNNIV RNFLNDDNSP KEDFNIWDDY LDIGTPNQHA QQLVLNYDIP INKIPIFGFV KASYSYTADY MWQRSSTAFS EYEDPNGTVY DLGNTIQNSN SNTLTTTLNM NTLYKYLGLT PGAKKTAKPK TAAPPKPGEK IVNTAKPVVS SSPFYDGLIG VLTSIKNVQI NYTKNSGTVL PGYTPSVGFL GTSKPSLGFV FGSQDDVRYE AAKRGWLTTY QDFNQSFTQV SNKLLKVTAN IDLLPDLKVD LSMDRSYSEN TSEQYSVDPS TNEYKPLSPY TYGMFSISTV MIKTAFSPSD ETQSAAFDDF RSNRLIIANR LAEGHYGSGV AIPRYGDANN PIPAETDPNY AVYTANQGYP IGYTKSNQAV LLPAFLAAYT GSDASSSSTN IFRSFPIPNW SIKYNGLMRY KYFKDKFKRF SLQHNYRASY TINQFRSNFD YNSSPKVQDV NTNFYNEIIM SNVNLVEQFS PLIRMDFELK SSLRVLSEIK KDRALSMSFD NNLLTEVKGM EYIIGLGYRF KDVIFSSRLA DNPTGIIKSD INIKADFSLR NNETLVRYLD YDNNQLAAGQ NIWSLKLTAD YSFSKNLTAI FYYDHSFSKA VISTSFPLTN IRSGFTLRYN FGN

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分子 #4: PPI

分子名称: PPI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MKQLLTALLS LTLFISCSKD KDEVKDYTAE NEKEIVDYLA QNNLTAQRTN SGLYYIITKE GSSESEGENP GEEENTGEGE NTEENENDGH PTLNSNITVI YKGYFTNGKV FDESTEGVSY SLRTLIPGWK EGIPLLKSGG EIQLFVPAHL GYGSNGNKTV PGGAVLIFEI TLVSVN

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分子 #5: SkpA

分子名称: SkpA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列: MRKQFLFIFL ALIVANTSQA QGKTTRIGYI DMEYILENVS DYKEAKSQLE LKAQKWKQEI EAKKLNINSL KEGLKTEKAL LTKELIEERE TEIKFQENEM LDYQQKQFGA DGNLMRQKAA LAKPIQDQVF TAVQDIAEAK NYDFIFDKSS DLTMLFSNKR FDISDQVIRI ...文字列:
MRKQFLFIFL ALIVANTSQA QGKTTRIGYI DMEYILENVS DYKEAKSQLE LKAQKWKQEI EAKKLNINSL KEGLKTEKAL LTKELIEERE TEIKFQENEM LDYQQKQFGA DGNLMRQKAA LAKPIQDQVF TAVQDIAEAK NYDFIFDKSS DLTMLFSNKR FDISDQVIRI LNRTDKREQL NKKQLKEQEA KENRENEIDE NPAMADRQKA LDERRAAREK LIEDRRLEQE AKKKEYDDRR KAMQAERDAK KNGTVSETAK TTEAAKTTEA VKTDATAKPA STTETTTTPA ETAASKAEER QKLYEQRKKE LEERRKKILE EREAAKKAKE AETQKTNTTN N

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分子 #6: RemZ

分子名称: RemZ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列: MDVQAWGGGG AGGGASGAVL DGRAAAGGGG GAYARSNITV AAGATLNASV AGTTTNALVS GAAVNGAAGG SSTILGFETS ILALGGGGGG ANNAGGTPAG GAGGSAASSV GNVSKLDGAA GGNGVTGAIG LLTVSGAGGT AGGGGGAGGA GVASVALGNG PGNAGTAPGG ...文字列:
MDVQAWGGGG AGGGASGAVL DGRAAAGGGG GAYARSNITV AAGATLNASV AGTTTNALVS GAAVNGAAGG SSTILGFETS ILALGGGGGG ANNAGGTPAG GAGGSAASSV GNVSKLDGAA GGNGVTGAIG LLTVSGAGGT AGGGGGAGGA GVASVALGNG PGNAGTAPGG GGSGAMQSLL GGAQIGGSGA AGRVIITYTC PTYSITGISA ANVCNSVGTT SVVTLTSSGG GLPIGPYVVT YNRSNPSGTG LTAIMNVTTP GTGTFTAAGL NVIGTSNITV TNLTSAACSS NISTNNVASL TVFAATVGGT LAGTATVCSG ATSGTLTLSG QTGSIIKWES SVSPFTVWTT IPNTTNTYTS GALTETSQFR AVIQNGNCAV VNSSIATITV NPLPQGSLSA NGPFCVTGSG QLTFTATAGT GPYTIVYKEN GGADRTAANI SSGVAFPTFT TPVTTTTVYT LVSVTGANTC SRSSGFTNNT ATITVNSRIA TPGFGTVTQP DCVTSTGSVV LTGLPAGSWT ITQSGTASQT YNSSGTTYTI SNLAVGNYTF TVQDAANCPS LATSTLTLIA PVVNIWNGTS WSKGSPPIST DVVRFSGNYS TTGNLSGCSL IVDSGFTVTV NSNHTLTISN AVTNNGGQLI FENNSSLLQT NNVTNVGNIT YKRITPPVRR YDLTYWSSPI TRTPPFTLYD LSPGTLADKY YSYDPVAGWV ISFNGTQQMV PGRGYVVRAP QTNDLNTGAN YLGAFVGVPN NGPISVSLGT AEAFQLLGNP YPSAIYADQF IANNSANLYG TLYFWTHNSL PSSSTPGGAQ YNYDNNDYAV YNLSGSIIVG GMTGQGATTP GNQSAPLGYI AAGQGFFVVS KTAGNAVFTN SMRVAANNTQ FYKTNKSAIE RHRVWINLTN TQGAFKQLLI GYIEGATNFW DHNYDAITAD ANPHLDFYSI NEGQNLVIQG RSLPFNESDV VPLGYRSAIA GEFSISLDHA DGDLTNHAVY LEDKLTNTLH NLQTSNYTFN TAIGTFSDRF VIRYTTATLG TDDFENQTNS FYVSVKDKTI KLNSTEDVMR EVSIFDISGK LLYNNKKVEN TEFQVSNFQS GNQVLIVKVT LDNGNIITKK IVFN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 61.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 546490
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る