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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4000
タイトルSubtomographic reconstruction of a single VP4 spike from Halorubrum pleomorphic virus 1.
マップデータNone
試料
  • ウイルス: Halorubrum pleomorphic virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP4
生物種Halorubrum pleomorphic virus 1 (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.0 Å
データ登録者Butcher SJ / Liljeroos L / Manole V
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2012
タイトル: Virion architecture unifies globally distributed pleolipoviruses infecting halophilic archaea.
著者: Maija K Pietilä / Nina S Atanasova / Violeta Manole / Lassi Liljeroos / Sarah J Butcher / Hanna M Oksanen / Dennis H Bamford /
要旨: Our understanding of the third domain of life, Archaea, has greatly increased since its establishment some 20 years ago. The increasing information on archaea has also brought their viruses into the ...Our understanding of the third domain of life, Archaea, has greatly increased since its establishment some 20 years ago. The increasing information on archaea has also brought their viruses into the limelight. Today, about 100 archaeal viruses are known, which is a low number compared to the numbers of characterized bacterial or eukaryotic viruses. Here, we have performed a comparative biological and structural study of seven pleomorphic viruses infecting extremely halophilic archaea. The pleomorphic nature of this novel virion type was established by sedimentation analysis and cryo-electron microscopy. These nonlytic viruses form virions characterized by a lipid vesicle enclosing the genome, without any nucleoproteins. The viral lipids are unselectively acquired from host cell membranes. The virions contain two to three major structural proteins, which either are embedded in the membrane or form spikes distributed randomly on the external membrane surface. Thus, the most important step during virion assembly is most likely the interaction of the membrane proteins with the genome. The interaction can be driven by single-stranded or double-stranded DNA, resulting in the virions having similar architectures but different genome types. Based on our comparative study, these viruses probably form a novel group, which we define as pleolipoviruses.
履歴
登録2016年5月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年6月1日-
マップ公開2016年6月1日-
更新2017年8月2日-
現状2017年8月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4000.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4000.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 106.4 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
11.5 Å/pix.
x 30 pix.
= 345. Å		11.5 Å/pix.
x 30 pix.
= 345. Å		11.5 Å/pix.
x 30 pix.
= 345. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 11.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1. / ムービー #1: 1
最小 - 最大-1.3713543 - 3.4430778
平均 (標準偏差)0.33850947 (±0.31467143)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin21134
サイズ303030
Spacing303030
セルA=B=C: 345.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z11.511.511.5
M x/y/z303030
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z345.000345.000345.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS13214
NC/NR/NS303030
D min/max/mean-1.3713.4430.339

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Halorubrum pleomorphic virus 1

全体名称: Halorubrum pleomorphic virus 1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Halorubrum pleomorphic virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP4

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超分子 #1: Halorubrum pleomorphic virus 1

超分子名称: Halorubrum pleomorphic virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 634168 / 生物種: Halorubrum pleomorphic virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Halorubrum sp. PV6 (古細菌)

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分子 #1: VP4

分子名称: VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halorubrum pleomorphic virus 1 (ウイルス)
配列文字列: msvnrssiks llmvfmivs s sllapvgg aa adefrtp aas dtspea gecs nlddf imfls vgri nadscs rqa yvdaavq dm kdsdanqt k vdiysaaag vkggsetwaa pydnylndt e siawmkae sa iaqsyse ges kteakv aaka aiady ...文字列:
msvnrssiks llmvfmivs s sllapvgg aa adefrtp aas dtspea gecs nlddf imfls vgri nadscs rqa yvdaavq dm kdsdanqt k vdiysaaag vkggsetwaa pydnylndt e siawmkae sa iaqsyse ges kteakv aaka aiady yatkq knli eqwnfa naq mftlreq ar medgisrn y vepayrnve ktnspdysla ysnttveks l vdgttvnt tg vsmdvtv qht tvsdva tvss gpvra gkynn qyne wkatyy sws vepasps qd tlyavhfq p yadrwqriv dmngalqsea dnfvnatwd d ydtgqina sd vlsanta mse ygvrsg sese glwrs taals mmgy dtpnln nsg mmtveyk nv qhtgllma k napngswqv nttyntsnid gpvfmatte g tkldfadg ee ftivgmt akd gtavns tqtt kyryk tantt elle vqnqli elr qeiedre pe aggffgsg s tdtmlvgll alagvlllaq snnrggrr

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
1.5 MNaCl
100.0 mMMgCl2
2.0 mMCaCl2
20.0 mMTris-HCl
グリッドモデル: Quantifoil R 2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa / 詳細: Almost at sea level
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細The sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4080 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4080 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 15.0 µm / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 倍率（公称値）: 26000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD
詳細: R-weighted back-projection. The resolution was not estimated quantitatively for this structure, however, I estimate it qualitatively to be around 4 nm.
使用したサブトモグラム数: 1019
抽出トモグラム数: 17 / 使用した粒子像数: 3588 / 手法: volumes picked interactively / ソフトウェア - 名称: JSUBTOMO
ソフトウェア - 詳細: Particles were iteratively centered, first against a spherical model of a 17.3-nm radius and then against their own 3D radial density profile, without any symmetry ...ソフトウェア - 詳細: Particles were iteratively centered, first against a spherical model of a 17.3-nm radius and then against their own 3D radial density profile, without any symmetry imposed. These particles were all roughly spherical and were assumed to have the membrane at a similar radius in subsequent steps. This enabled the automatic selection of 3,588 membrane subvolumes from all over the surface of the centered particles, on a regular grid, irrespective of whether or not the volume contained spikes, in a box of 30 by 30 by 30 pixels. A surface normal in each location defined the orientation of each subvolume relative to the viral surface.
詳細: 78 initial subtomograms each contained one virus particle were first extractd. These were further dissected to recover 3588 subtomograms containing spikes.
CTF補正詳細: Data were truncated to the first zero of the CTF
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD
詳細: The tilt angles are recorded in the microscope software and utilised in the

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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