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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3996 | |||||||||
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タイトル | N4 ring of PilQ from Thermus thermophilus | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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生物種 | Thermus thermophilus HB27 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å | |||||||||
データ登録者 | D'Imprima E / Vonck J / Sanchez R | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: Cryo-EM structure of the bifunctional secretin complex of . 著者: Edoardo D'Imprima / Ralf Salzer / Ramachandra M Bhaskara / Ricardo Sánchez / Ilona Rose / Lennart Kirchner / Gerhard Hummer / Werner Kühlbrandt / Janet Vonck / Beate Averhoff / 要旨: Secretins form multimeric channels across the outer membrane of Gram-negative bacteria that mediate the import or export of substrates and/or extrusion of type IV pili. The secretin complex of is an ...Secretins form multimeric channels across the outer membrane of Gram-negative bacteria that mediate the import or export of substrates and/or extrusion of type IV pili. The secretin complex of is an oligomer of the 757-residue PilQ protein, essential for DNA uptake and pilus extrusion. Here, we present the cryo-EM structure of this bifunctional complex at a resolution of ~7 Å using a new reconstruction protocol. Thirteen protomers form a large periplasmic domain of six stacked rings and a secretin domain in the outer membrane. A homology model of the PilQ protein was fitted into the cryo-EM map. A crown-like structure outside the outer membrane capping the secretin was found not to be part of PilQ. Mutations in the secretin domain disrupted the crown and abolished DNA uptake, suggesting a central role of the crown in natural transformation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3996.map.gz | 510.9 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3996-v30.xml emd-3996.xml | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3996_fsc.xml | 4.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3996.png | 14.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3996 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3996 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3996_validation.pdf.gz | 217.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3996_full_validation.pdf.gz | 216.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3996_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3996 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3996 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3996.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.63 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : PilQ complex with 13-fold symmetry
全体 | 名称: PilQ complex with 13-fold symmetry |
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要素 |
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-超分子 #1: PilQ complex with 13-fold symmetry
超分子 | 名称: PilQ complex with 13-fold symmetry / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus HB27 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 1 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blotting for 8-10 seconds. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - エネルギー下限: 18 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 18 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-45 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 33.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 30675 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.2 mm / 倍率(公称値): 20000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL / ホルダー冷却材: NITROGEN |