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万見
- EMDB-39913: Local refinement of DSR2-tail tube-NAD+ complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39913
タイトルLocal refinement of DSR2-tail tube-NAD+ complex
マップデータ
試料
  • 複合体: DSR2-tail tube protein-NAD complex
キーワードNADase / anti-phage defense / tail-tube protein / NAD / IMMUNE SYSTEM
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Wang R / Xu Q / Wu Z / Li J / Yang R / Shi Z / Li F
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32370742 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271264 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200129 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The structural basis of the activation and inhibition of DSR2 NADase by phage proteins.
著者: Ruiwen Wang / Qi Xu / Zhuoxi Wu / Jialu Li / Hao Guo / Tianzhui Liao / Yuan Shi / Ling Yuan / Haishan Gao / Rong Yang / Zhubing Shi / Faxiang Li /
要旨: DSR2, a Sir2 domain-containing protein, protects bacteria from phage infection by hydrolyzing NAD. The enzymatic activity of DSR2 is triggered by the SPR phage tail tube protein (TTP), while ...DSR2, a Sir2 domain-containing protein, protects bacteria from phage infection by hydrolyzing NAD. The enzymatic activity of DSR2 is triggered by the SPR phage tail tube protein (TTP), while suppressed by the SPbeta phage-encoded DSAD1 protein, enabling phages to evade the host defense. However, the molecular mechanisms of activation and inhibition of DSR2 remain elusive. Here, we report the cryo-EM structures of apo DSR2, DSR2-TTP-NAD and DSR2-DSAD1 complexes. DSR2 assembles into a head-to-head tetramer mediated by its Sir2 domain. The C-terminal helical regions of DSR2 constitute four partner-binding cavities with opened and closed conformation. Two TTP molecules bind to two of the four C-terminal cavities, inducing conformational change of Sir2 domain to activate DSR2. Furthermore, DSAD1 competes with the activator for binding to the C-terminal cavity of DSR2, effectively suppressing its enzymatic activity. Our results provide the mechanistic insights into the DSR2-mediated anti-phage defense system and DSAD1-dependent phage immune evasion.
履歴
登録2024年4月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年9月11日-
現状2024年9月11日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39913.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39913.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.2 Å/pix.
x 360 pix.
= 432. Å		1.2 Å/pix.
x 360 pix.
= 432. Å		1.2 Å/pix.
x 360 pix.
= 432. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-1.3787457 - 2.182494
平均 (標準偏差)-0.00020070926 (±0.0474566)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 432.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39913_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39913_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DSR2-tail tube protein-NAD complex

全体名称: DSR2-tail tube protein-NAD complex
要素
  • 複合体: DSR2-tail tube protein-NAD complex

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超分子 #1: DSR2-tail tube protein-NAD complex

超分子名称: DSR2-tail tube protein-NAD complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
100.0 mMNaClsodium chloride
0.5 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine

詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.5 mM TCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I
詳細10mg/ml

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 57864
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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