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万見
- EMDB-39883: ExoC110T class 1 channelrhodopsin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39883
タイトルExoC110T class 1 channelrhodopsin
マップデータ
試料
  • 複合体: exoC110T
    • タンパク質・ペプチド: C110T-class1
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: RETINAL
  • リガンド: water
キーワードChannelrhodopsin / MEMBRANE PROTEIN
生物種Hyphochytrium catenoides (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhang MF
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Channelrhodopsins with distinct chromophores and binding patterns.
著者: Yuanyue Shan / Liping Zhao / Meiyu Chen / Xiao Li / Mingfeng Zhang / Duanqing Pei /
要旨: Channelrhodopsins are popular optogenetic tools in neuroscience, but remain poorly understood mechanistically. Here we report the cryo-EM structures of channelrhodopsin-2 (ChR2) from Chlamydomonas ...Channelrhodopsins are popular optogenetic tools in neuroscience, but remain poorly understood mechanistically. Here we report the cryo-EM structures of channelrhodopsin-2 (ChR2) from Chlamydomonas reinhardtii and H. catenoides kalium channelrhodopsin (KCR1). We show that ChR2 recruits an endogenous N-retinylidene-PE-like molecule to a previously unidentified lateral retinal binding pocket, exhibiting a reduced light response in HEK293 cells. In contrast, H. catenoides kalium channelrhodopsin (KCR1) binds an endogenous retinal in its canonical retinal binding pocket under identical condition. However, exogenous ATR reduces the photocurrent magnitude of wild type KCR1 and also inhibits its leaky mutant C110T. Our results uncover diverse retinal chromophores with distinct binding patterns for channelrhodopsins in mammalian cells, which may further inspire next generation optogenetics for complex tasks such as cell fate control.
履歴
登録2024年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月4日-
マップ公開2024年9月4日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39883.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39883.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.35 Å/pix.
x 640 pix.
= 224. Å		0.35 Å/pix.
x 640 pix.
= 224. Å		0.35 Å/pix.
x 640 pix.
= 224. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.40058815 - 0.5848772
平均 (標準偏差)-0.0001374122 (±0.01360053)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 224.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39883_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39883_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : exoC110T

全体名称: exoC110T
要素
  • 複合体: exoC110T
    • タンパク質・ペプチド: C110T-class1
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: RETINAL
  • リガンド: water

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超分子 #1: exoC110T

超分子名称: exoC110T / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Hyphochytrium catenoides (真核生物)

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分子 #1: C110T-class1

分子名称: C110T-class1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hyphochytrium catenoides (真核生物)
分子量理論値: 29.854945 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PFYDSRPPEG WPKGSINDMD YPLLGSICAV CCVFVAGSGI WMLYRLDLGM GYSCKPYKSG RAPEVNSLSG IICLLCGTMY AAKSFDFFD GGGTPFSLNW YWYLDYVFTT PLLILDFAFT LDLPHKIRYF FAVFLTLWCG VAAFVTPSAY RFAYYALGCC W FTPFALSL ...文字列:
PFYDSRPPEG WPKGSINDMD YPLLGSICAV CCVFVAGSGI WMLYRLDLGM GYSCKPYKSG RAPEVNSLSG IICLLCGTMY AAKSFDFFD GGGTPFSLNW YWYLDYVFTT PLLILDFAFT LDLPHKIRYF FAVFLTLWCG VAAFVTPSAY RFAYYALGCC W FTPFALSL MRHVKERYLV YPPKCQRWLF WACVIFFGFW PMFPILFIFS WLGTGHISQQ AFYIIHAFLD LTCKSIFGIL MT VFRLELE EHTEVQGLPL NE

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分子 #2: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 24 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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分子 #3: RETINAL

分子名称: RETINAL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: RET
分子量理論値: 284.436 Da
Chemical component information

ChemComp-RET:
RETINAL

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 36 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 154800
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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