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万見
- EMDB-39872: Cryo-EM Structure of the Arabidopsis thaliana TIC Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39872
タイトルCryo-EM Structure of the Arabidopsis thaliana TIC Complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Arabidopsis thaliana TIC Complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein TIC 214
    • タンパク質・ペプチド: Protein TIC 20-I, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Actin T1-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Protein TIC 100
    • タンパク質・ペプチド: Protein TIC 56, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Nucleusenvelope protein
キーワードComplex / Translocase / Channel / Membrane protein.
機能・相同性
機能・相同性情報


protein import into chloroplast stroma / chloroplast inner membrane / chloroplast organization / embryo development ending in seed dormancy / chloroplast envelope / plastid / chloroplast thylakoid membrane / protein transmembrane transporter activity / chloroplast / nucleus ...protein import into chloroplast stroma / chloroplast inner membrane / chloroplast organization / embryo development ending in seed dormancy / chloroplast envelope / plastid / chloroplast thylakoid membrane / protein transmembrane transporter activity / chloroplast / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein TIC214 / Ycf1 / Chloroplast protein import component Tic20 / Protein TIC56 / Chloroplast import apparatus Tic20-like / GYF domain 2 / GYF domain 2 / MORN motif / MORN repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein TIC 214 / Actin T1-like protein / Protein TIC 56, chloroplastic / Protein TIC 20-I, chloroplastic / Protein TIC 100 / Nucleusenvelope protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wu J / Yan Z / Jin Z / Xu Q
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the chloroplast protein import in land plants.
著者: Ke Liang / Zeyu Jin / Xiechao Zhan / Yuxin Li / Qikui Xu / Yanqiu Xie / Yi Yang / Shaojie Wang / Jianping Wu / Zhen Yan /
要旨: Chloroplast proteins are imported via the translocon at the outer chloroplast membrane (TOC)-translocon at the inner chloroplast membrane (TIC) supercomplex, driven by an ATPase motor. The Ycf2-FtsHi ...Chloroplast proteins are imported via the translocon at the outer chloroplast membrane (TOC)-translocon at the inner chloroplast membrane (TIC) supercomplex, driven by an ATPase motor. The Ycf2-FtsHi complex has been identified as the chloroplast import motor. However, its assembly and cooperation with the TIC complex during preprotein translocation remain unclear. Here, we present the structures of the Ycf2-FtsHi and TIC complexes from Arabidopsis and an ultracomplex formed between them from Pisum. The Ycf2-FtsHi structure reveals a heterohexameric AAA+ ATPase motor module with characteristic features. Four previously uncharacterized components of Ycf2-FtsHi were identified, which aid in complex assembly and anchoring of the motor module at a tilted angle relative to the membrane. When considering the structures of the TIC complex and the TIC-Ycf2-FtsHi ultracomplex together, it becomes evident that the tilted motor module of Ycf2-FtsHi enables its close contact with the TIC complex, thereby facilitating efficient preprotein translocation. Our study provides valuable structural insights into the chloroplast protein import process in land plants.
履歴
登録2024年4月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39872.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39872.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 202.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 376 pix.
= 408.712 Å		1.09 Å/pix.
x 376 pix.
= 408.712 Å		1.09 Å/pix.
x 376 pix.
= 408.712 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.772
最小 - 最大-3.5341883 - 5.8860593
平均 (標準偏差)0.00006304538 (±0.10018925)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ376376376
Spacing376376376
セルA=B=C: 408.712 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39872_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_39872_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Arabidopsis thaliana TIC Complex

全体名称: Arabidopsis thaliana TIC Complex
要素
  • 複合体: Arabidopsis thaliana TIC Complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein TIC 214
    • タンパク質・ペプチド: Protein TIC 20-I, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Actin T1-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Protein TIC 100
    • タンパク質・ペプチド: Protein TIC 56, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Nucleusenvelope protein

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超分子 #1: Arabidopsis thaliana TIC Complex

超分子名称: Arabidopsis thaliana TIC Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Protein TIC 214

分子名称: Protein TIC 214 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 214.072812 KDa
配列文字列: MMVFQSFILG NLVSLCMKII NSVVVVGLYY GFLTTFSIGP SYLFLLRARV MDEGEEGTEK KVSATTGFIA GQLMMFISIY YAPLHLALG RPHTITVLAL PYLLFHFFWN NHKHFFDYGS TTRNEMRNLR IQCVFLNNLI FQLFNHFILP SSMLARLVNI Y MFRCNNKM ...文字列:
MMVFQSFILG NLVSLCMKII NSVVVVGLYY GFLTTFSIGP SYLFLLRARV MDEGEEGTEK KVSATTGFIA GQLMMFISIY YAPLHLALG RPHTITVLAL PYLLFHFFWN NHKHFFDYGS TTRNEMRNLR IQCVFLNNLI FQLFNHFILP SSMLARLVNI Y MFRCNNKM LFVTSSFVGW LIGHILFMKW VGLVLVWIQQ NNSIRSNVVI RSNKYKFLVS ELRNSMARIF SILLFITCVY YL GRIPSPI FTKKLKGTSE TGGTKQDQEV STEEAPFPSL FSEEGEDLDK IDEMEEIRVN GKDKINKDDE FHVRTYYNYK TVS ENLYGN KENSNLEFFK IKKKEDHFLW FEKPFVTLVF DYKRWNRPNR YIKNDKIENI VRNEMSQYFF YTCQSDGKER ISFT YPPNL STFFEMIQKR IPSFTKEKKT FDQVSTYWSL IHEEKRENLK KEFLNRIEAL DKEWSVENIL EKTTRFCYNE AKKEY LPKI YDPFLHGISR GRIKKLPPFQ IITETYRKNN LGGSWINKIH GLLLKINYKK FEQTIEKFNR KSLSIEKKLS FFSEPQ QEE KINSEEEIKT FKFLFDIVRT DSNDQTLIKN FMDFPEINKK VPRWSYKLIS ELEELEGENE ENVPMEPGIR SRKAKRV VV FTDKEPHGEI YTNLKDNQNS DQNDEMALIR YSQQSDFRRE IIKGSMRSQR RKTVIWEFFQ AKVHSPLFFD RIDKLFFF S FDIWGLKKKI IKNFIWKKKI DKKEEEQSKR EETRRIEIAE TWDSFLFAQI IRGSLLVTQS ILRKYIILPL LIIIKNSVR MLLFQFPEWS QDLKDWKREM HVKCTYNGVQ LSETEFPRNW LTDGIQIKIL FPFYLKPWHK SKFQASQKAR LKKTKDKGEK NDFCFLTVW GMETELPFGS AQRKPSFFEP ISKELKKRIK KLKKKSFVVL KIFKERAPIF LKVAKETKNW ILKNFIFIKG I SKRNLIPL FGPREIYELN EPKKDSIISN QMIHELSVQN KSLEWTNSSL SEKKIKNLID RKKTIRNQIE EISKEKQNLT NS CTKLRYD SKIIESSKKI WQTFKRKNTR LIRKSIFFFK FCIEQMSIAI FLGIINIPRI TTQLFFESTK KILDKYIYKN EEN GEKKKN TLYFISTIKN LISNKKKMSY DLCSLSQAYV FYKLSQIKVS NFCKLKAVLE YNICITSFFV KNKIKVFFQE HGIF HYELK NKTFLNSEVN QWKNWLRSQY QYNLPQISWA RLVTQNWKNK INKDSLVLNP SLTKEDSYEK KKFDNYKKQK FFEAD SLLN PKHNVKKDSI YNLFCYKSIH STEKNFDMSI GIALDNCLVS SFLEKYNIRG MGEIRHRKYL DWRILNFWFT KKVTIE PWV DTKSKKKYIN TKVQNYQKID KITQTDLANK KRNFFDWMGM NEEILNQRIT NFEFFFFPEF FLFSSTYKMK PWVIPIK LL LLNFNENINV NKKIIRKKKG FIPSNEKESL RFYNLNKEEK ESAGQVELES DKETKRNPEA ARLNQEKNIE ENFAESTI K KRKNKKQYKS NTEAELDLFL TRYSRFQLRW NCFFNQKILN NVKVYCLLVR LNNPNEIAVS SIERGEMSLD ILMIEKNFT FAKLMKKGIL IIEPVRLSVQ NDGQLIIYRT IGISLVHKNK HKISKRYKKK SYINKKFFEK SITKYQNKTV NKKKNNYDFF VPEKILSPK RRREFRILIC FNLKKKNARD TNSRFDKNIQ NLTTVLHKKK DLDLDKDKNN LINLKSFLWP NFKLEDLACM N RYWFNTTN GNHFSMIRIR MYTRFPIP

UniProtKB: Protein TIC 214

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分子 #2: Protein TIC 20-I, chloroplastic

分子名称: Protein TIC 20-I, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 31.235424 KDa
配列文字列: MITGYSTPSA HVLMSSRAFK SSSYRAAAGQ TQHYLARSSL PVVKNSWGSP PSPFNELPRV SRGVPLSYLS ASSSLLLNGE QGSLSGTLP VLPVRRKTLL TPRASKDVPS SFRFPPMTKK PQWWWRTLAC LPYLMPLHET WMYAETAYHL HPFLEDFEFL T YPFLGAIG ...文字列:
MITGYSTPSA HVLMSSRAFK SSSYRAAAGQ TQHYLARSSL PVVKNSWGSP PSPFNELPRV SRGVPLSYLS ASSSLLLNGE QGSLSGTLP VLPVRRKTLL TPRASKDVPS SFRFPPMTKK PQWWWRTLAC LPYLMPLHET WMYAETAYHL HPFLEDFEFL T YPFLGAIG RLPSWFLMAY FFVAYLGIVR RKEWPHFFRF HVVMGMLLEI ALQVIGTVSK WMPLGVYWGK FGMHFWTAVA FA YLFTVLE SIRCALAGMY ADIPFVCDAA YIQIPYD

UniProtKB: Protein TIC 20-I, chloroplastic

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分子 #3: Actin T1-like protein

分子名称: Actin T1-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 12.114693 KDa
配列文字列:
MEKYFGNAYR GDPGVPHADA DRFVNIWIGS AAFSVLTWVN PYMWQLSNQF NYHDKWMLFE QYHWKKARAK KQPYEFKWNK IPKEVRDSY YYNWPVYFP

UniProtKB: Actin T1-like protein

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分子 #4: Protein TIC 100

分子名称: Protein TIC 100 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 100.060797 KDa
配列文字列: MANEELTESQ QQEDPSQQLP NADEEKGSDS DSNSDSDASS QSSGDDFYIS ESENEAEGDN TIFNYVRPSD IPPDPNANPE TNIRRFNRV LDGKRVKRMQ EEEEDKYTFY EDLFDFPRDP ERWKEQDLRE IWADGPLEMT KPGWDPAWAD EDDWDVVNDE I QEGRDPGI ...文字列:
MANEELTESQ QQEDPSQQLP NADEEKGSDS DSNSDSDASS QSSGDDFYIS ESENEAEGDN TIFNYVRPSD IPPDPNANPE TNIRRFNRV LDGKRVKRMQ EEEEDKYTFY EDLFDFPRDP ERWKEQDLRE IWADGPLEMT KPGWDPAWAD EDDWDVVNDE I QEGRDPGI QPFYVPYRKP YPAIPDNHYD IENAKGVVEE LDRIEEFLQW VSYIFPDGSS YEGTVWDDLA QGKGVYIAEN GL VRYEGEW LQNDMEGHGV IDVDIPDIEP IPGSKLEAKM RAEGRIIKRD YMTPEDRKWL EMDVEDSVAL TDGNFQVPFY ENE EWVTQF GEKPEKGRYR YAGQWKHSRM HGCGVYEVNE RILYGRFYFG ELLEEEHGCT VDICALHSGL AEVAAAKARM FVNK PDGMI REERGPYGDP QHPYFYEEDD VWMAPGFINQ FYEVPEYWET YVGEVDQERE MWLNSFYKAP LRLPMPAELE HWWEN VEVT PEFVLLNKEP EPDPNDPSKL VQKEDPVILH TPTGRIINYV EDEKHGIRLF WQPPLEEGEE VDPSKVEFLP LGFDEF YGK EVVVKKEHPI KSFVLGIEKS VKPMLDGLEK WTEEKKKAYE ERKEMIQQEL ELVEAEICLE EAIEDMDEEL KKKEQEE EK KTEMGLTEED EDVLVPVYKE EKVVTAKEKI QENKQEEKYK DDDDEDDDDG DDDDDDDDDD DLGPSSFGSA DKGRRNSP F SSSSLSFASC TLFPAVQSRL ESSFLAWKQH RAEPSKVNTG IIKGADTASA SIHFPPLSSN NARLKMGKVA NRGCVQRSY GSSRSQSQLM SLSRLLSCNA SSSSSPPDSS SSEYLKDSGL WETPVGDMSV VLSLQIQTKC SDLFAETPAV S

UniProtKB: Protein TIC 100

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分子 #5: Protein TIC 56, chloroplastic

分子名称: Protein TIC 56, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 61.710707 KDa
配列文字列: MSSMNFNPFQ NWFEKPPNPV PSINFVSLAD SFFPKSQSPN FASIGLPKFS KKSPKPETAG TDEPGPYKQI AEQFLWECEN IPDYRHTPE VDKLLNEDPV FEKKENPSTE EIEAEQKWWE SFRASPVVQF MTRAEEIADD MNKMELEDND TPYRKEDKDY W RAIPHVPG ...文字列:
MSSMNFNPFQ NWFEKPPNPV PSINFVSLAD SFFPKSQSPN FASIGLPKFS KKSPKPETAG TDEPGPYKQI AEQFLWECEN IPDYRHTPE VDKLLNEDPV FEKKENPSTE EIEAEQKWWE SFRASPVVQF MTRAEEIADD MNKMELEDND TPYRKEDKDY W RAIPHVPG FDGRPMPRKA IKSKEESDDK FWDFMKQFLF GLWGFRQRPY PPGRPIDVAQ AIGYKRLEKR YYDFIMKTGG WW YKDRLGR SRGPCEIITL KTAYGAGIID RDTFIWGEDM DEWAPIHMVY GLEPAIATWE VRLGAAATAF LHKLQKGIPP WVP LKGREP KTYKQLQKEA IESKKRDMAV LEANGGVWPG VRTPSHALFL WASGSELTTV LESDHMPNKF IPKQLRLELA KVIP GLRPW EVISIEQAMD QISYGGEWYR EPLGTYTTGP PYIREWNRSV MRLFRIFYNL SVRVGQKLER TVPGFDTIMD KVQKD YDKR IARRMKRREE ELREEDLKHY SGRTDEDEEE EEEEDDDSNS KKD

UniProtKB: Protein TIC 56, chloroplastic

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分子 #6: Nucleusenvelope protein

分子名称: Nucleusenvelope protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 30.739518 KDa
配列文字列: MSFTQANCFR PSYYPARITR PNCISSVPIR SSVRFDHFPR TSFTLRATAA VSTQFSPLLD HRRRLPTGKS KQSSAVCLFG GKDKPDGSD EISPWKAIEK AMGKKSVEDM LREQIQKKDF YDTDSGGNMP PRGGGSGGGG GNGEERPEGS GGEDGGLAGI A DETLQVVL ...文字列:
MSFTQANCFR PSYYPARITR PNCISSVPIR SSVRFDHFPR TSFTLRATAA VSTQFSPLLD HRRRLPTGKS KQSSAVCLFG GKDKPDGSD EISPWKAIEK AMGKKSVEDM LREQIQKKDF YDTDSGGNMP PRGGGSGGGG GNGEERPEGS GGEDGGLAGI A DETLQVVL ATLGFIFLYT YIITGEELVK LARDYIRFLM GRPKTVRLTR AMDSWNGFLE KMSRQRVYDE YWLEKAIINT PT WYDSPEK YRRVIKAYVD SNSDEAYVES NSDEVSY

UniProtKB: Nucleusenvelope protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 316225
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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