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万見
- PDB-8xku: Cryo-EM structure of the Ycf2-FtsHi motor complex from Arabidopsi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xku
タイトルCryo-EM structure of the Ycf2-FtsHi motor complex from Arabidopsis in ATP-bound state
要素
  • (Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI ...) x 4
  • (UNK) x 5
  • ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 12, chloroplastic
  • Aspartyl/glutamyl-tRNA (Asn/Gln) amidotransferase subunit B
  • At4g28210
  • AtTam46
  • Embryo defective 2737
  • Malate dehydrogenase, chloroplastic
  • Protein Ycf2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ATP-motor / Ycf2 / FtsHi
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of photorespiration / chloroplast protein-transporting ATPase activity / Ycf2/FtsHi complex / plastid stroma / plastid fission / protein import into chloroplast stroma / chloroplast fission / stromule / chloroplast inner membrane / chloroplast membrane ...regulation of photorespiration / chloroplast protein-transporting ATPase activity / Ycf2/FtsHi complex / plastid stroma / plastid fission / protein import into chloroplast stroma / chloroplast fission / stromule / chloroplast inner membrane / chloroplast membrane / chloroplast organization / malate dehydrogenase / embryo development ending in seed dormancy / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / apoplast / chloroplast envelope / plasmodesma / plant-type vacuole / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / plastid / chloroplast stroma / ATP-dependent peptidase activity / chloroplast thylakoid membrane / tricarboxylic acid cycle / cell redox homeostasis / response to cold / chloroplast / metalloendopeptidase activity / defense response to bacterium / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / proteolysis / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised protein family Ycf2 / Ycf2 family / : / Malate dehydrogenase, type 1 / Peptidase M41 / Peptidase M41-like / Peptidase family M41 / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal ...Uncharacterised protein family Ycf2 / Ycf2 family / : / Malate dehydrogenase, type 1 / Peptidase M41 / Peptidase M41-like / Peptidase family M41 / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / NAD(P)-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 2, chloroplastic / Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 5, chloroplastic / Embryo defective 2737 / Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 4, chloroplastic / Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 1, chloroplastic / Protein Ycf2 / Aspartyl/glutamyl-tRNA (Asn/Gln) amidotransferase subunit B / At4g28210 ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 2, chloroplastic / Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 5, chloroplastic / Embryo defective 2737 / Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 4, chloroplastic / Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 1, chloroplastic / Protein Ycf2 / Aspartyl/glutamyl-tRNA (Asn/Gln) amidotransferase subunit B / At4g28210 / ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 12, chloroplastic / Malate dehydrogenase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Liang, K. / Zhan, X. / Xu, Q. / Wu, J. / Yan, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271239 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the chloroplast protein import in land plants.
著者: Ke Liang / Zeyu Jin / Xiechao Zhan / Yuxin Li / Qikui Xu / Yanqiu Xie / Yi Yang / Shaojie Wang / Jianping Wu / Zhen Yan /
要旨: Chloroplast proteins are imported via the translocon at the outer chloroplast membrane (TOC)-translocon at the inner chloroplast membrane (TIC) supercomplex, driven by an ATPase motor. The Ycf2-FtsHi ...Chloroplast proteins are imported via the translocon at the outer chloroplast membrane (TOC)-translocon at the inner chloroplast membrane (TIC) supercomplex, driven by an ATPase motor. The Ycf2-FtsHi complex has been identified as the chloroplast import motor. However, its assembly and cooperation with the TIC complex during preprotein translocation remain unclear. Here, we present the structures of the Ycf2-FtsHi and TIC complexes from Arabidopsis and an ultracomplex formed between them from Pisum. The Ycf2-FtsHi structure reveals a heterohexameric AAA+ ATPase motor module with characteristic features. Four previously uncharacterized components of Ycf2-FtsHi were identified, which aid in complex assembly and anchoring of the motor module at a tilted angle relative to the membrane. When considering the structures of the TIC complex and the TIC-Ycf2-FtsHi ultracomplex together, it becomes evident that the tilted motor module of Ycf2-FtsHi enables its close contact with the TIC complex, thereby facilitating efficient preprotein translocation. Our study provides valuable structural insights into the chloroplast protein import process in land plants.
履歴
登録2023年12月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 4, chloroplastic
B: ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 12, chloroplastic
C: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 5, chloroplastic
D: Protein Ycf2
E: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 1, chloroplastic
F: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 2, chloroplastic
G: AtTam46
H: At4g28210
I: Malate dehydrogenase, chloroplastic
J: Malate dehydrogenase, chloroplastic
K: Aspartyl/glutamyl-tRNA (Asn/Gln) amidotransferase subunit B
L: UNK
M: UNK
N: UNK
O: UNK
P: UNK
R: Embryo defective 2737
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,068,52625
ポリマ－1,066,73117
非ポリマー1,7958
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI ... , 4種, 4分子 ACEF

#1: タンパク質 Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 4, chloroplastic / AtFTSHI4 / Protein EMBRYO DEFECTIVE 3144 / Protein FTSH INACTIVE PROTEASE 4


分子量: 96975.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: F4KF14
#3: タンパク質 Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 5, chloroplastic / AtFTSHI5 / Protein EMBRYO DEFECTIVE 2458 / Protein FTSH INACTIVE PROTEASE 5


分子量: 152479.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: F4J3N2
#5: タンパク質 Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 1, chloroplastic / AtFTSHI1 / Protein ACCUMULATION AND REPLICATION OF CHLOROPLASTS 1 / Protein ARC1 / Protein FTSH ...AtFTSHI1 / Protein ACCUMULATION AND REPLICATION OF CHLOROPLASTS 1 / Protein ARC1 / Protein FTSH INACTIVE PROTEASE 1


分子量: 105677.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O22993
#6: タンパク質 Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 2, chloroplastic / AtFTSHI2 / Protein EMBRYO DEFECTIVE 2083 / Protein FTSH INACTIVE PROTEASE 2


分子量: 100019.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A8MPR5

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タンパク質 , 7種, 8分子 BDGHIJKR

#2: タンパク質 ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 12, chloroplastic / AtFTSH12


分子量: 115267.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SAJ3, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#4: タンパク質 Protein Ycf2


分子量: 269925.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56786
#7: タンパク質 AtTam46


分子量: 45844.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#8: タンパク質 At4g28210 / Embryo defective 1923


分子量: 38379.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9M0I6
#9: タンパク質 Malate dehydrogenase, chloroplastic / Chloroplastic malate dehydrogenase / Chloroplastic MDH / cpNAD-MDH / Plastidic NAD-dependent malate ...Chloroplastic malate dehydrogenase / Chloroplastic MDH / cpNAD-MDH / Plastidic NAD-dependent malate dehydrogenase / pNAD-MDH


分子量: 42452.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SN86, malate dehydrogenase
#10: タンパク質 Aspartyl/glutamyl-tRNA (Asn/Gln) amidotransferase subunit B / At5g22210


分子量: 9327.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9C567
#16: タンパク質 Embryo defective 2737


分子量: 37382.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: F4JYR0

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タンパク質・ペプチド , 5種, 5分子 LMNOP

#11: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 1962.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#12: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 1232.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#13: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 3781.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#14: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 1934.522 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#15: タンパク質・ペプチド UNK


分子量: 1635.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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非ポリマー , 4種, 8分子

#17: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#18: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#19: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#20: 化合物 ChemComp-PX2 / 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE


分子量: 535.671 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H52O8P

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The Ycf2-FtsHi motor complex from Arabidopsis / タイプ: COMPLEX
Entity ID: #2, #9, #4, #1, #5, #3, #7, #6, #16, #8, #10, #13, #12, #11, #14-#15
由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 738896 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00446368
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7762663
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.0826184
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0457035
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0057989

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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