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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-39809 | |||||||||
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タイトル | Beta-Galactosidase with N-terminus poly-histidine tag | |||||||||
マップデータ | relion sharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | hydrolase / enzyme | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Yadav S / Vinothkumar KR | |||||||||
資金援助 | インド, 2件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024 タイトル: Factors affecting macromolecule orientations in thin films formed in cryo-EM. 著者: Swati Yadav / Kutti R Vinothkumar / 要旨: The formation of a vitrified thin film embedded with randomly oriented macromolecules is an essential prerequisite for cryogenic sample electron microscopy. Most commonly, this is achieved using the ...The formation of a vitrified thin film embedded with randomly oriented macromolecules is an essential prerequisite for cryogenic sample electron microscopy. Most commonly, this is achieved using the plunge-freeze method first described nearly 40 years ago. Although this is a robust method, the behaviour of different macromolecules shows great variation upon freezing and often needs to be optimized to obtain an isotropic, high-resolution reconstruction. For a macromolecule in such a film, the probability of encountering the air-water interface in the time between blotting and freezing and adopting preferred orientations is very high. 3D reconstruction using preferentially oriented particles often leads to anisotropic and uninterpretable maps. Currently, there are no general solutions to this prevalent issue, but several approaches largely focusing on sample preparation with the use of additives and novel grid modifications have been attempted. In this study, the effect of physical and chemical factors on the orientations of macromolecules was investigated through an analysis of selected well studied macromolecules, and important parameters that determine the behaviour of proteins on cryo-EM grids were revealed. These insights highlight the nature of the interactions that cause preferred orientations and can be utilized to systematically address orientation bias for any given macromolecule and to provide a framework to design small-molecule additives to enhance sample stability and behaviour. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_39809.map.gz | 117.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-39809-v30.xml emd-39809.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_39809_fsc.xml | 11.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_39809.png | 42.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-39809.cif.gz | 4.4 KB | ||
その他 | emd_39809_half_map_1.map.gz emd_39809_half_map_2.map.gz | 96.8 MB 96.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39809 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39809 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_39809_validation.pdf.gz | 905.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_39809_full_validation.pdf.gz | 904.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_39809_validation.xml.gz | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_39809_validation.cif.gz | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39809 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39809 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_39809.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | relion sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: unsharpened half map
ファイル | emd_39809_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: unsharpened half map
ファイル | emd_39809_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Beta-Galactosidase with N-terminus poly-histidine tag
全体 | 名称: Beta-Galactosidase with N-terminus poly-histidine tag |
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要素 |
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-超分子 #1: Beta-Galactosidase with N-terminus poly-histidine tag
超分子 | 名称: Beta-Galactosidase with N-terminus poly-histidine tag タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 466 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 24.0 e/Å2 詳細: Images were collected in movie mode @40 frames per second. Total of 24 frames were saved. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 130841 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |