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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3968 | |||||||||
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タイトル | The in situ structure of the Chlamydomonas COPI coat: average of all data | |||||||||
![]() | The in situ structure of of the Chlamydomonas COPI coat | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
![]() | Bykov YS / Schaffer M / Dodonova SO / Albert S / Plitzko JM / Baumeister W / Engel BD / Briggs JAG | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of the COPI coat determined within the cell. 著者: Yury S Bykov / Miroslava Schaffer / Svetlana O Dodonova / Sahradha Albert / Jürgen M Plitzko / Wolfgang Baumeister / Benjamin D Engel / John Ag Briggs / ![]() ![]() 要旨: COPI-coated vesicles mediate trafficking within the Golgi apparatus and from the Golgi to the endoplasmic reticulum. The structures of membrane protein coats, including COPI, have been extensively ...COPI-coated vesicles mediate trafficking within the Golgi apparatus and from the Golgi to the endoplasmic reticulum. The structures of membrane protein coats, including COPI, have been extensively studied with reconstitution systems using purified components. Previously we have determined a complete structural model of the reconstituted COPI coat (Dodonova et al., 2017). Here, we applied cryo-focused ion beam milling, cryo-electron tomography and subtomogram averaging to determine the native structure of the COPI coat within vitrified cells. The native algal structure resembles the mammalian structure, but additionally reveals cargo bound beneath β'-COP. We find that all coat components disassemble simultaneously and relatively rapidly after budding. Structural analysis , maintaining Golgi topology, shows that vesicles change their size, membrane thickness, and cargo content as they progress from to , but the structure of the coat machinery remains constant. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 187 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The in situ structure of of the Chlamydomonas COPI coat | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.42 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Whole Chlamydomonas cells
全体 | 名称: Whole Chlamydomonas cells |
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要素 |
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-超分子 #1: Whole Chlamydomonas cells
超分子 | 名称: Whole Chlamydomonas cells / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Grown suspended in TAP media, with normal atmosphere aeration and constant light |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: mat3-4 / Organelle: Golgi |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: TAP media |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Blotted from the back side for 10 seconds with 10 blot force before plunging. |
詳細 | The cells were frozen onto grids, then thinned using cryo-focused ion beam milling. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-12 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 1.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 倍率(公称値): 42000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: TOM, AV3) / 使用したサブトモグラム数: 3579 |
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抽出 | トモグラム数: 29 / 使用した粒子像数: 53109 / 参照モデル: None / ソフトウェア: (名称: TOM, AV3) 詳細: Subtomograms were extracted uniformly around the membrane surface with initial angles normal to it. |
CTF補正 | ソフトウェア: (名称: CTFFIND, CTFPHASEFLIP) |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: AV3 |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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