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万見
- EMDB-39655: Subtomogram averaging of 8-nm-repeat triplet microtubule with inn... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39655
タイトルSubtomogram averaging of 8-nm-repeat triplet microtubule with inner scaffold and incomplete C tubule within basal bodies from mouse ependymal cells
マップデータCryo-EM density map of 8-nm-repeat triplet microtubule with inner scaffold and incomplete C tubule from mouse ependymal cells
試料
  • 細胞: Primary culture of mouse ependymal cells
キーワードbasal body / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.2 Å
データ登録者Luo S / Guo Q / Ma S / Li Z
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371191 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32230027 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: In situ cryo-electron tomography reveals the progressive biogenesis of basal bodies and cilia in mouse ependymal cells.
著者: Shanshan Ma / Luan Li / Zhixun Li / Shenjia Luo / Qi Liu / Wenjing Du / Benhua Qiu / Miao Gui / Xueliang Zhu / Qiang Guo /
要旨: Cilia, essential organelles for cell motility and signaling, comprise an axoneme extended from the basal body (BB). The assembly process of BBs and axonemes during ciliogenesis, however, remains ...Cilia, essential organelles for cell motility and signaling, comprise an axoneme extended from the basal body (BB). The assembly process of BBs and axonemes during ciliogenesis, however, remains largely unknown due to the lack of structural information. Here, we leverage in-situ cryo-electron tomography to capture within mouse ependymal cells the dynamic processes of BB biogenesis and multiciliogenesis at various stages. This approach enables 3D visualization of the complete motile machinery, revealing the continuous microtubule-based scaffold from BBs to axonemes at sub-nanometer resolution with unprecedented structural details. Furthermore, we elucidate along BBs and cilia heterogeneous landscapes of microtubule-binding proteins underlying the establishment of structural periodicity and diverse subregions. Notably, the chronological binding patterns of microtubule-inner proteins (e.g., CEP41) correlate with the progressive assembly of ciliary beating machinery. We also resolve a substructure that borders the BB and the axoneme. Our findings provide key insights into intricate orchestrations during ciliogenesis.
履歴
登録2024年4月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月4日-
マップ公開2025年6月4日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39655.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39655.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 80.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM density map of 8-nm-repeat triplet microtubule with inner scaffold and incomplete C tubule from mouse ependymal cells
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.33 Å/pix.
x 276 pix.
= 918.528 Å		3.33 Å/pix.
x 276 pix.
= 918.528 Å		3.33 Å/pix.
x 276 pix.
= 918.528 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.328 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.46
最小 - 最大-1.5565441 - 2.8171506
平均 (標準偏差)0.02108226 (±0.32172748)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ276276276
Spacing276276276
セルA=B=C: 918.528 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_39655_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_39655_half_map_1.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_39655_half_map_2.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Primary culture of mouse ependymal cells

全体名称: Primary culture of mouse ependymal cells
要素
  • 細胞: Primary culture of mouse ependymal cells

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超分子 #1: Primary culture of mouse ependymal cells

超分子名称: Primary culture of mouse ependymal cells / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 2.08 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 7016
抽出トモグラム数: 177 / 使用した粒子像数: 7016
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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